甘肃巴丹吉林沙漠细菌多样性及其产酶特性

为系统地探索甘肃巴丹吉林沙漠土壤中细菌多样性并评估其潜在的应用价值,采集6个代表性样点的沙漠土壤,运用高通量测序技术评估沙漠土壤细菌的群落结构和预测功能特征,同时选用5种培养基对其中细菌进行分离培养,并对代表性的菌株进行酶活性筛选。免培养结果显示,甘肃巴丹吉林沙漠土壤中的细菌分属于30门70纲155目227科343属,这些微生物主要参与碳氮硫等元素循环和有机物降解,此外还检测到1.5%的未知微生物。通过纯培养方法共获得368株细菌,归类于4门20目37科64属,其中24株属于潜在新分类单元,菌株中18.3%有淀粉酶活性,51.7%产蛋白酶以及55.5%有酯酶活性。结果表明甘肃巴丹吉林沙漠土壤中蕴藏着多样性较高、功能酶丰富的微生物资源,具有重要的研究意义和应用价值。     

新型隐球菌临床菌株中CNAG_01032基因的鉴定和功能研究

新型隐球菌是一种具有荚膜的重要临床致病真菌。本课题组在前期工作中发现CNAG_01032基因可能引起不同来源菌株的表型差异,本研究在此基础上以新型隐球菌临床来源菌株IFM56800（C1）、IFM56769（C2）为背景构建CNAG_01032基因敲除突变体,并检测突变株和野生型菌株经典毒力因子变化情况;使用API 20C AUX测试系统测试突变株和野生型菌株对19种糖的利用情况;使用尾静脉注射法感染BALB/c雌性小鼠进行致病性检测。结果显示：成功构建以临床株C1、C2为背景的CNAG-01032基因敲除突变株;突变株在37℃生长、黑色素产生与野生型菌株无显著差异,但荚膜厚度分别比C1、C2减少16.4%、18.2%;两基因敲除菌株均不能分解利用纤维二糖;致病性与野生型菌株无显著差异。新型隐球菌CNAG_01032基因可能参与临床来源菌株IFM56800、IFM56769的荚膜合成和纤维二糖的代谢。     

结核分枝杆菌Rv1385的抗原表位预测分析

结核分枝杆菌生长缓慢,难以获得足量的天然蛋白抗原。而利用基因工程技术制备重组蛋白抗原,存在着表达量低、不易纯化,以及特异性较低等不利因素。随着生物信息技术的发展,研究者可根据生物信息学软件预测,选择合成优势抗原肽段,而不需克隆整个蛋白,具有简便、经济、特异性高等特点。因此,本研究应用生物信息学方法,预测结核分枝杆菌Rv1385蛋白的抗原表位并分析其优势表位,对了解Rv1385蛋白的免疫学特性及其与结核分枝杆菌致病的关系具有重要意义。首先,从NCBI数据库下载Rv1385的氨基酸序列,然后采用生物信息学软件PSIPRED Server预测蛋白质二级结构;BepiPred 1.0 Server和ABCpred预测该蛋白的B细胞抗原表位;BIMAS、SYFPEITHI及NetCTLpan 1.1 Server预测该蛋白的CTL表位;SYFPEITHI和NetMHCIIpan 3.2 Server预测该蛋白的Th细胞表位。最后综合分析预测结核分枝杆菌Rv1385的优势候选抗原表位。结果显示,Rv1385蛋白二级结构中,α螺旋占51.8%,β折叠占41.6%,无规卷曲占6.6%;共有4个B细胞抗原位点,位于109～124、152～169、178～192、198～209氨基酸区段;3个CTL表位,位于263～271、87～95、240～248氨基酸区段;5个Th表位,位于77～91、87～101、234～247、70～84、46～60氨基酸区段。生物信息学分析显示Rv1385含有潜在的B细胞和T细胞抗原表位,为该蛋白抗原表位的进一步研究及应用奠定了基础。     

非小细胞肺癌组织PD-L1、TTF-1、SYN表达与临床病理特征及预后的关系研究

摘要 目的：探讨非小细胞肺癌（NSCLC）组织程序性细胞死亡蛋白1配体（PD-L1）、甲状腺转录因子-1（TTF-1）、突触素（SYN）表达与临床病理特征及预后的关系。方法：对2013年2月至2015年2月期间在我院治疗的97例NSCLC患者进行研究。检测NSCLC组织以及癌旁组织中PD-L1、TTF-1、SYN表达。分析PD-L1、TTF-1、SYN表达与临床病理特征的相关性。Kaplan-Meier生存曲线分析不同PD-L1、TTF-1、SYN表达患者总生存率的差异。Cox比例风险回归分析NSCLC患者预后的影响因素。结果：与癌旁组织相比,NSCLC组织中PD-L1、TTF-1阳性表达升高,SYN阴性表达升高（P<0.05）。PD-L1、TTF-1、SYN表达均与TNM分期和淋巴结转移相关（P<0.05）。PD-L1、TTF-1阴性患者的生存率分别高于PD-L1、TTF-1阳性患者,SYN阴性患者的生存率低于SYN阳性患者（P<0.05）。Cox比例风险回归分析结果显示,TNM分期、PD-L1阳性表达、TTF-1阳性表达、SYN阴性表达、淋巴结转移是NSCLC患者预后的影响因素（P<0.05）。结论：NSCLC组织中PD-L1、TTF-1阳性表达升高,SYN阴性表达升高,并且均与TNM分期、淋巴结转移和预后相关,其在NSCLC的诊断和预后评估中具有一定临床价值。     

基于生物信息学方法分析人CREB结合蛋白的结构与功能

为了预测分析人CREB结合蛋白(CREB-binding protein,CBP)的结构和功能。本研究利用生物信息学相关数据库及软件对人CBP蛋白的理化性质、保守性、亚细胞定位、信号肽、跨膜结构域、二级结构、三级结构、相互作用蛋白及功能进行预测。结果表明,人CBP蛋白是一种定位于核内的不稳定亲水性蛋白质,无跨膜区和信号肽。其二级结构以无规卷曲和α-螺旋为主,并且该蛋白质HAT结构域在各物种间高度保守,推测与其酶活性密切相关的氨基酸残基为Tyr1433、Leu1434、Asp1435、Arg1664。此外,人CBP蛋白能够与TP53、CREB1、NCAO3等多种转录因子或转录辅激活因子发生相互作用,主要参与转录调控、细胞分化、组织发育、信号转导及细胞凋亡等生物学过程。本研究为进一步研究CBP在恶性肿瘤发生发展中的作用机制提供了理论依据。