基于CNV区域网络识别神经胶质瘤的重要功能区域

目的：基于基因拷贝数变异（CNV）区域网络识别神经胶质瘤的重要功能区域。方法：运用独特的计算样本的共相关性值的方法,使CNV数据与基因数据产生联系;基于蛋白质互作关系,在CNV区域与基因之间搭建桥梁,构建CNV区域网络;分析网络拓扑性质,识别出神经胶质瘤的重要功能CNV区域。结果：本文共识别出了11个与神经胶质瘤相关的候选重要功能CNV区域,通过功能注释和通路分析,确认了识别到的区域与神经胶质瘤有重要联系。结论：通过基因与表型之间的联系,利用已知表型基因在同源、功能、互作、结构域上的特征将CNV区域与基因联系起来,通过基因的功能可以了解到CNV区域的功能,对于疾病的预测和诊断有重要的意义。     

综合多组学数据的肝细胞癌分层策略及进展

肝细胞癌（hepatocellular carcinoma,HCC）是最常见和致命的肝脏恶性肿瘤。这种疾病的治疗一直受到其异质性的阻碍,极大限制了其个性化治疗的进展。因此,将高度异质的HCC分成具有相似特征的分子亚类对其临床治疗有着重要意义。随着高通量技术的不断发展,多种组学数据的关联研究可以加深了解HCC发生背后的生物学机制,也为HCC分层研究打开了新的思路。本文对当前HCC多组学分层策略及其相关研究进行了综述,并总结了当前HCC亚型的多组学特征。     

四川省北川县发现中华白蛉

四川省北川县发现中华白蛉吴远祥,李国茹,高斌,唐泽民四川省寄生虫病防治研究所成都６１００４１四川省北川县卫生防疫站北川县位于四川盆地西北边缘、龙门山北段西侧,全境以山地为主,占９８％,海拔２０００－４０００ｍ,山高谷深,相对高差较大,西北以变质岩层洞...     

MHC-Ⅰ类肽组装复合体组分重要性的定量分析

TAP2、tapasin和calreticulin(CRT)是MHC-Ⅰ类内源性抗原加工和递呈途径肽组装复合体(PLC)中的3个重要蛋白质.虽然对于肽组装复合体及其单个蛋白组分在抗原加工递呈中的作用,国内外已有大量的研究,但是由于研究手段的缺乏,其在复合体中的相对重要性还未得到清楚和定量的分析.本文中我们建立了一种新型的抗原递送方法,利用猪链球菌溶血酶(SLY)对鼠纤维母细胞系K41及其CRT缺陷细胞系K42、tapasin缺陷细胞系90a及tapasin、TAP2双缺陷细胞系91a进行穿孔并定量递送入鸡卵清白蛋白(ovalbumin,OVA),使其被内源性加工处理后的多肽SIINFEKL与小鼠H2-Kb装配成复合物并被递呈至细胞表面.通过利用小鼠T杂交瘤细胞B3Z和单克隆抗体25D1.16识别并检测不同细胞表面SIINFEKL与小鼠H2-Kb复合物,我们发现CRT缺陷细胞系K42的抗原提呈能力相比91a及90a,较K41有着更大幅度的下降,说明CRT在提呈过程中可能有着较预期更重要的作用.本文是首个对抗原递呈途径蛋白相对重要性的研究,其研究结果对于进一步研究MHC-Ⅰ类抗原加工和递呈途径相关蛋白的作用提供了理论依据与研究手段.     

Identification and function of coactivator of estrogen receptor: ERIAP

With one million new cases in the world each year, breast cancer is the most common malig- nancy in women and comprises 18% of all female cancers. The incidence and mortality of breast cancer in China have been significantly increased in the past years. It has been known that several risk factors are associated with breast cancer[1], including inherited mutation in the BRCA1 and BRCA2 genes, increasing age, early onset of menstruation, late menopause, never having had chil- dren or havin…     

自然腹泻黄犊牛肠道菌群变化及其与粪便乳酸含量的关系

犊牛腹泻症的病因和发病机制,近年来国内外学者进行了大量的研究。结果表明,在世界不少国家和地区,轮状病毒感染、肠道菌群紊乱和营养物质吸收利用率降低是新生犊牛腹泻症的主要病因。本项研究的目的在于探讨淮北地区黄犊牛腹泻的发生是否与肠道菌群紊乱、乳酸利用率降低有关。     

两种跨膜蛋白携带myc于细胞表面的能力比较

在细胞表面表达具有某种功能的蛋白后,这些细胞就具备了某些新功能,可以对其进行功能研究和应用.将功能蛋白连接到某些跨膜蛋白的胞外区是实现目的蛋白表达于细胞表面的手段之一.本研究比较了2种跨膜蛋白A2TM和△LNGFR携带外源蛋白-myc于细胞表面的能力.利用重叠PCR法合成的A2TM和△LNGFR基因片段与载体pEF/myc/ER和载体LL3.7进行酶切、连接、转化、鉴定,成功构建了pEF-A2TM、pL-A2TM和pL-LN真核表达载体.利用磷酸钙沉淀法转染293FT细胞,荧光显微镜下观察EGFP的表达、流式细胞术检测myc在细胞表面的表达情况,Western blotting检测myc目的蛋白的表达.pL-A2TM和pL-LN转染293FT细胞36 h后的荧光强度基本相同,表明A2TM和△LNGFR在细胞内表达的强度相似.流式细胞术分析显示,△LNGFR和A2TM均可在细胞表面表达,但A2TM只有在指示蛋白EGFP表达非常高的情况下才能在细胞表面被检测到.Western blotting显示△LNGFR表达量很高,而A2TM没有达到检测水平.结果表明,以糖基化形式存在的△LNGFR比没有糖基化的内源A2TM的表达更稳定,A2TM在表达量低时可能易被细胞内的蛋白酶降解,因而△LNGFR是一种能携带外源蛋白于细胞表面的比较理想的跨膜蛋白.     

城市化下平原河流水系变化及空间响应

针对平原河网地区水系形态难以刻画并且受城市化的空间影响难以定量等问题，以太湖平原杭嘉湖地区为例，基于地形图获取的1980s与2010s水系数据和遥感影像等资料，运用多重分形理论及地理加权回归模型，定量揭示了20世纪80年代以来城市发展对河网水系演变的影响。结果表明：（1）杭嘉湖地区河网密度和水面率均呈减小趋势，衰减率分别为10%、13%；区内水系分布集中，均匀性下降；河流曲度降幅为0.5%，干流面积长度比在中、高城市化区域增幅较大。（2）水系变化对城市化的响应在空间上存在较为明显的异质性。城市化水平越低，水系形态演变越剧烈，空间分布不规则性越明显。（3）杭嘉湖地区存在"低-低"、"低-中"、"低-高"、"中-高"4种不同的城市化水平转变类型。城市化水平未发生转变时，水面率衰减更为剧烈，且水系空间分布均匀性下降，水系形态变化较大；城市化水平转变幅度越大，水系均匀化分布趋势越明显；受政策影响"中-高"发展区域仅河网密度变化较为明显。本研究将为城市河网水系保护和生态环境可持续发展提供科学参考。     

基于多组学数据的早期宫颈鳞状细胞癌分类

从分子层面对泛癌进行研究已经得到了很大的进展，但是对宫颈鳞状细胞癌的分子分类研究仍然需要更多的探索. 为了找到宫颈鳞状细胞癌潜在的子类，本文提出了一个基于多维组学数据的癌症亚型分类分析流程. 通过统计学方法对癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas，TCGA）宫颈鳞状细胞癌的mRNA表达数据、小分子核糖核酸（microRNA，miRNA）表达数据、DNA甲基化数据以及拷贝数变异数据4个维度包含的分子进行筛选，然后对筛选后的分类特征进行整合聚类，进一步筛选能够区分不同子类的关键分类特征，并使用这些关键分类特征建立宫颈鳞状细胞癌分类模型. 本研究为宫颈鳞状细胞癌分子层面子类的识别提供了分析流程，得到了两个临床生存水平具有显著性差异的宫颈鳞状细胞癌子类，并确定了8个宫颈鳞状细胞癌的关键分类特征. 本研究中识别的宫颈鳞状细胞癌子类和关键分类特征为宫颈鳞状细胞癌早期分类及分类标志物的鉴定提供了重要参考.