DNA在鸟类分子系统发育研究中的应用

鸟类分子系统发育研究中常用的DNA技术有DNA杂交、RFLP和DNA序列分析等。DNA杂交技术曾在鸟类中有过大规模的应用,并由此诞生了一套新的鸟类分类系统。在鸟类的RFLP分析中,用的最多的靶序列是线粒体DNA。DNA序列分析技术被认为是进行分子系统发育研究最有效、最可靠的方法。在DNA序列分析中,线粒体基因应用最广泛,但由于其自身的一些不足,近年来,不少学者把目光投向了核基因,将线粒体基因和核基因结合起来进行系统发育研究。目前在鸟类分子系统发育中,应用较多的核基因是scnDNA,其内含子可以用于中等阶元水平的系统研究,而外显子主要用于高等阶元的系统研究。除了分子标记自身的问题之外,鸟类分子系统发育研究中还存在着方法上的问题,包括分子标记的选择,样本数量以及数据处理等。今后鸟类分子系统发育研究应该更加注重方法的标准化。     

杭州地区猪尸体上昆虫群落的组成 与演替的初步观察

对杭州地区猪尸体的腐败过程及尸体上昆虫群落的演替规律,进行了初步观察和研究。结果表明,室外地表上猪尸体的腐败过程可以划分为新鲜、肿胀、腐烂、干化和残骸5个连续的阶段;常见昆虫包括3目、19科、33种,其中双翅目的巨尾阿丽蝇、丝光绿蝇、南岭绿蝇、大头金蝇、肥须亚麻蝇等为优势种。尸体上昆虫群落的演替有明显的时间规律可循。许多昆虫类群的出现时间与尸体腐败阶段有明确的对应关系,这种对应关系可以为法医科学中推测死后间隔时间(postmortem interval, PMI)提供依据。     

基于线粒体细胞色素b基因序列的雀形目18种鸟系统发育关系

采用线粒体细胞色素b(cytochrome b)基因,利用DNA测序的方法研究了雀形目18种鸟类的分子系统发育关系。通过序列分析比对,运用邻接法和最大似然法构建了雀形目18种鸟类的系统发育树,结果表明,燕雀类和类的分歧程度达到了科级水平,建议分别独立成科;长尾山雀可从山雀科中分离出来,单列成科;柳莺归入柳莺亚科(Phylloscopinae),树莺归入大苇莺亚科(Acrocephalinae)。Cytb基因的各主要分支中存在着相对恒定的分子钟,根据鸟类mtDNA的cytb进化速度大约是每百万年1.6%,得到18种鸟的科间分歧时间在10.5百万年左右,科内分歧在9.0百万年左右。     

莠去津降解菌泛基因组测序及比较基因组分析

Arthrobacter aurescens TC1和Pseudomonas sp. ADP是目前莠去津降解菌的模式菌株,筛选出Microbacterium sp.HBT4,旨在挖掘这3株不同种属细菌基因组间生物学信息的异同,并预测重要基因。通过Illumina Hiseq 4000测序平台采用DNA小文库制备和测序技术,进行了泛基因组测序,使用相关软件进行基因组组分分析、基因功能注释、基因间变异检测和比较基因组学分析,将分离得到的微杆菌HBT4与模式菌株进行核苷酸组成、共线性及菌株间变异差异分析。得到该菌株基因组大小约为3.53Mb,预测到菌株HBT4编码基因3 397个、重复序列含量为1.33%、非编码RNA 63个,通用数据库基因功能注释共3 324个,专用数据库基因功能注释共1 149个,通过菌株间差异变异分析发现SNP、Small InDel和水平转移基因,未发现结构变异基因,获得该菌株特有基因中GO注释到的基因在细胞组分、分子功能和生物学进程中的数量和比例,从KEGG代谢通路富集图中发现特有基因编码的二氢硫基赖氨酸残基琥珀酰转移酶位于三羧酸循环中α-酮戊二酸和琥珀酰辅酶A的代谢通路之间。获得3个菌株核心基因组与非必需基因组比例分布、系统进化树和共线性关系,发现三者之间共有基因家族986个、菌株HBT4特有基因家族1 171个。得到的菌株HBT4与两株模式菌株相比,其基因家族之间既有相同之处,又有较大差异。     

SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测埃博拉病毒方法的建立

为了建立一种快速准确的检测埃博拉病毒(EBOV)亚型的方法。本研究根据GenBank中公布的EBOV NP基因序列,通过设计引物和优化反应条件,建立了一种SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR检测方法检测EBOV。以体外转录的EBOV RNA为模板进行试验,该方法检测的灵敏度可以达到1.0×102个拷贝/μL,检测范围达到9个数量级为102～1010,可检测5种亚型EBOV。建立的方法对马尔堡病毒(MARV)、登革病毒(DENV)、新疆出血热病毒(XHFV)、乙型脑炎病毒(JEV)、流感病毒(H1N1和H3N2)和猪繁殖和呼吸综合征病毒(PRRSV)E基因组RNA无非特异性扩增。本文将荧光定量RT-PCR技术用于埃博拉病毒的定量检测中,并且建立了EBOV SYBRGreenⅠ荧光定量RT-PCR检测方法。     

革兰氏阳性菌苏云金芽孢杆菌和革兰氏阴性菌大肠杆菌诱导的柞蚕蛹生理指标变化

【目的】明确柞蚕Antheraea pernyi对外源微生物防御性生理变化规律,为柞蚕的病害防治和合理饲养提供理论依据。【方法】本研究选用革兰氏阳性菌苏云金芽孢杆菌Bacillus thuringeinsis(Bt)和革兰氏阴性菌大肠杆菌Escherichia coli(Ec)为外源诱导微生物,调整至10~6～10~8cfu/m L菌液,灭活后处理柞蚕蛹,诱导24,48,72和96 h后不同时间测定血淋巴蛋白含量、PO活性、CAT活性、抗菌活性和溶菌酶活性等生理指标。【结果】Ec和Bt诱导柞蚕蛹导致各生理指标出现显著变化,但两种菌株诱导生理指标变化规律差异明显,Ec高浓度诱导72 h会增加血淋巴蛋白含量,而Bt各浓度诱导会在24,48和96 h增加血淋巴蛋白含量。免疫防御关键酶系PO和CAT活性变化规律在不同菌株诱导后差异更明显,Ec诱导后,PO活性随着时间增加表现为先升高后降低的趋势,CAT活性呈现"升高-降低-升高"的规律;而Bt诱导后PO活性表现为"升高-降低-升高"的规律,CAT活性随诱导时间增加变化规律不明显,但有随菌液浓度增加而降低的趋势。对抗菌活性测定表明,Ec和Bt诱导都会显著增加蛹粗酶液抗菌活性,溶菌酶活性也会极显著增加,但2个指标高峰值出现的时间会有明显差别。【结论】本研究结果表明Ec和Bt不同处理均可诱导柞蚕蛹产生明显防御反应,但柞蚕蛹生理指标变化规律与不同种类微生物及处理时间和浓度有关,推测革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌具有不同的诱导防御反应机制。研究结果可以为外源微生物侵染柞蚕后的免疫防御反应规律提供理论指导。     

家蚕拟浆细胞具有吞噬功能

目的：通过观察家蚕Bombyx mori吞噬细胞的微细结构,来确定拟绛色细胞是否也具有吞噬功能。方法：用荧光小球微量注射家蚕pnd pS品系的幼虫,经荧光染色剂丫啶橙和碘化丙啶染色循环血细胞后,在荧光显微镜下观察并扫描拍摄。结果：观察发现除颗粒细胞和浆血细胞外,一些原血球细胞（血干细胞）和拟绛色细胞（多酚氧化酶）也能吞噬荧光小球。在拟绛色细胞里还发现许多和颗粒细胞一样的能被丫啶橙染色的颗粒。尽管在小球细胞中没有发现被吞噬的荧光小球,但该类血球有比较多的能被丫啶橙染色的大颗粒,这表明它们可能是已经被吞噬的凋亡小体。结论：除颗粒细胞和浆血细胞外,一些原血球细胞和拟绛色细胞也能吞噬荧光小球。说明拟绛色细胞也具有吞噬功能。