海洋尾丝虫(Uronema marinum)的DNA微量提取研究

以分离自青岛的海洋盾纤类纤毛虫 ,海洋尾丝虫 (Uronemamarinum)为材料 ,就微量条件下提取DNA的方法进行了探讨。成功地获得了活体直接提取、活体苯酚 /氯仿抽提、固定标本直接提取以及固定标本苯酚 /氯仿抽提等四种简便有效的微量DNA提取法。     

利用核糖体DNA限制性酶切谱(ARDRA)分子技术和小亚基单位核糖体RNA(SSrRNA)基因序列分析对五种双眉虫(原生动物,纤毛门,游仆目)种内及种间关系的探讨

从12种限制性内切酶中筛选出6种可获得种间多样性的内切酶:Alu Ⅰ,Taq Ⅰ,Hae Ⅲ,Hinf Ⅰ,Msp Ⅰ,Xba Ⅰ,对广义双眉虫Diophrys-complex5个种(伪寡毛双眉虫Diophrys apoligothrix、悬游双眉虫D.appendiculata、盾圆双眉虫D.scutum、秀丽拟双眉虫Paradiophrys irmgard、针毛类双眉虫Diophryopsis hystrix)共7个种群的核糖体基因(18S小亚基、部分23S大亚基及其内转录间隔区域)进行多位点酶切。结果显示,种间差异明显大于种内差异。利用RAPDistance1.04软件构建的邻接树表明,盾圆双眉虫的3个种群表现出高度的同源性;3个近缘属(双眉虫属、拟双眉虫属、类双眉虫属)可以被明确区分,并支持类双眉虫属与拟双眉虫属的独立性。从GenBank/EMBL数据库中获得广义双眉虫及相近种的小亚基单位核糖体RNA(SSrRNA)基因序列,利用邻接法(NJ),贝叶斯法(Bayesian)和最大简约法(MP)构建的系统发生树具有基本一致的拓扑结构,结果显示:狭义双眉虫属Diophrys为单源发生系,并与类双眉虫属Diophryopsis组成姐妹群;尽管拟双眉虫属Paradiophrys具有广义双眉虫典型的形态学特征,但与尾刺虫属Uronychia有着较近的亲缘关系。本工作同时表明,核糖体DNA限制性酶切(ARDRA)技术可靠地区分纤毛虫的形态相似种,并在双眉虫属间水平的系统关系推定中存在一定的适用性。     

旋唇纲纤毛虫系统发育分子树构建的影响因素

以36种旋唇类高等类群纤毛虫的核糖体小亚基核苷酸(Small subunit ribosomal RNA,SS rRNA)基因序列为素材,比较研究了不同条件(包括外类群、内类群的选择,同一基因不同序列长度的组合,不同建树方法和不同分析软件的使用)对纤毛虫分子系统树构建结果的影响。结果表明,上述因素均可不同程度地影响拓扑结构。结果同时提示,在利用有限数据进行相关研究,特别是在对未明类群的系统关系分析中,必须充分考虑因建树条件的不同所带来的影响。作者同时也建议,在当前可用的分子信息欠充分的前提下,对于纤毛虫任何类群的分子系统学探讨而言,慎重形成结论并尽可能地结合和参照形态学、发生学等资讯,仍是需优先考虑的工作路线。     

五个红罗非鱼群体的遗传多样性分析

实验采用微卫星标记技术,选用22对微卫星引物对5个红罗非鱼群体进行遗传多样性分析。经PCR扩增,16个微卫星位点扩增产物在关岛红罗非鱼（GD）、珍珠白红罗非鱼（ZZ）、佛罗里达红罗非鱼（FL）、明月红罗非鱼（MY）、马来西亚红罗非鱼（ML）中均获得了清晰稳定的条带。分析结果显示:16个微卫星标记共检测到146个等位基因。5个群体的平均等位基因数（N_a）在6.5625-8.5625,平均有效等位基因数（N_e）在4.1495-6.1330,平均杂合度（H_e）在0.7491-0.8247,平均多态信息含量（PIC）在0.6939-0.7840,说明它们的遗传多态性丰富。卡方检验表明5个红罗非鱼群体的大部分位点偏离Hardy-Weinberg平衡。在5个群体中,关岛红罗非鱼（GD）与珍珠白红罗非鱼（ZZ）遗传相似系数（0.6171）最小,遗传距离（0.4827）最大,说明两者亲缘关系最远;佛罗里达红罗非鱼（FL）与马来西亚红罗非鱼（ML）遗传相似系数（0.9069）最大,遗传距离（0.0977）最小,可推断两者亲缘关系最近。采用UPGMA进行聚类分析,结果表明:佛罗里达与马来西亚先聚成一支,二者再与珍珠白聚在一起,接着三者与明月聚在一起,最后,四者与关岛聚到一起。聚类结果说明关岛群体与其他4个群体亲缘关系最远;佛罗里达与马来西亚亲缘关系最近,珍珠白群体次之,明月群体再次之。以上结果可推断5个红罗非鱼群体遗传多态性丰富,具有较大的选育潜力。     

利用RAPD技术对三种伪角毛虫及五种全列虫(原生动物,纤毛虫)的属间及属内关系探讨

利用11种随机引物对腹毛类纤毛虫中两个相近属内8个海洋种(3种伪角毛虫和5种全列虫)进行了种间及种内关系的RAPD分析,所得清晰条带显示种间均具有明显的差异.计算和比较了种群间、同属种间及不同属间的相似性指数.利用RAPDistance软件构建的邻接(NJ)树表明:伪角毛虫属与全列虫属之间能很好地分开,而不同种群间表现了很好的同源性.本工作表明RAPD技术可以很可靠的用来区分形态相似种,同时也表明RAPD分析在纤毛虫属间水平的系统关系推定中存在一定的适用性.