乙型肝炎病毒B2和C2亚型中SSRs的比较分析

乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)属于嗜肝DNA病毒科(hepadnaviridae),它分布在世界各地并严重危害人类的健康。本文从NCBI的GenBank中下载了106条B2亚型和130条C2亚型的基因组全长序列,以下载的数据为材料,分析简单重复序列(simple sequence repeats,SSRs)在B2和C2亚型基因组序列中的分布情况。结果显示,简单重复序列的重复次数比较少;二型简单重复序列在研究的五种简单重复序列类型中占绝对优势;这可能与B2和C2亚型基因组序列有较高的突变率有关。同时还发现最普遍的SSRs、序列间SSRs的平均相对丰度和平均相对密度在B2和C2亚型中分布情况相似。     

基于相对密码子频率的芜菁花叶病毒基因组序列的进化分析

现有92株芜菁花叶病毒(TuMV)的全基因组序列已在GenBank报道,据分析报道其中58株不含重组序列。利用系统聚类法对92株TuMV的全基因组序列和58株TuMV全基因组序列的相对密码子频率RSCU值进行聚类分析。同时利用系统发育分析方法分析了这92株和58株TuMV全基因组序列。结果发现,92株芜菁花叶病毒株的密码子偏性聚类树与其系统进化树的一致度很低;而不含重组序列的58株芜菁花叶病毒株的密码子偏性聚类树与其系统进化树的一致度却非常高,且与寄生宿主类型基本对应。这表明在不存在重组的情况下,TuMV密码子频率的偏性可能是宿主内的一种选择压力,影响TuMV基因组的点突变进化方向,促使TuMV适应宿主内环境。     

柑橘衰退病毒基因组的简单重复序列分布分析

柑橘衰退病毒（Citrus tristeza virus,CTV）属于长线性病毒科（Closteroviridae）,是目前已知植物病毒中基因组最大的病毒,其引起的柑橘衰退病对全世界的柑橘产业造成着严重影响。本文以在GenBank登录的32条全长CTV基因组序列为材料,分析简单重复序列（Simple Sequence Repeats,SSRs）在其基因组序列中的分布情况。研究结果显示,在所有的CTV基因组中均有SSRs的分布,SSRs重复次数较少,二型SSRs占主导地位,未在CTV基因组序列中发现五型和六型SSRs。在32条基因组全长序列中仅在5条序列中发现四型SSRs。这是首次以柑橘病毒为材料进行的SSRs分析研究。     

有尾噬菌体目中微卫星和复合型微卫星的发生及分析

简单重复序列亦称微卫星,被成功应用于许多真核生物、原核生物和病毒的基因组和进化研究,但是噬菌体中的微卫星目前很少被研究。因此对60条尾病毒目基因组中的微卫星和和复合型微卫星(由两个或两个以上直接相邻的微卫星组成)做综合性分析,在这60个基因组中总共观察到11 874个微卫星和449个复合型微卫星。相关性分析表明微卫星个数与基因组大小成正线性相关(ρ=0.899, P<0.01)。参考序列中的微卫星个数少于对应的随机序列中微卫星个数,这种反常现象主要是因为参考序列含有较少的单核苷酸和二核苷酸重复。A/T和AT/TA重复是单核苷酸和二核苷酸重复中最主要的类型,因此单核苷酸重复中的GC含量明显低于相应的序列中的GC含量;相比之下,微卫星中的二核苷酸和三核苷酸重复的GC含量与对应的参考序列的GC含量无明显区别。尾病毒目基因组中的这些结果与其它生物体基因组存在一定的差别。有助于了解尾病毒目中微卫星的分布、进化和生物学功能。     

甲型流感病毒HA基因的简单重复序列分布分析

以GenBank公开的甲型流感病毒亚型的血凝素(hemagglutinin,HA)核苷酸序列为材料,从简单重复序列(simple se-quence repeat,SSR)分布的分析角度出发,分析了来自于亚洲、非洲、北美洲、南美洲、欧洲、大洋洲的49个地区的76株甲流病毒的HA片段。分析表明:所分析序列的SSRs的分布都很相似,其中单碱基重复的相对丰度值和相对密度值均高于其它五种碱基重复的相对丰度值和相对密度值;甲流病毒HA片段的SSRs与HIV-1[16]基因中的SSRs相比,前者的相对丰度值和相对密度值高于后者。这些结果表明甲流病毒基因中的SSRs可能与甲流病毒的快速变异相关。     

人腺病毒B、D亚种基因组中简单重复序列分析

本文以人腺病毒B亚种31条基因组序列及D亚种39条基因组序列为研究材料,利用ImperfectMicrosatelliteExtractor和DNAMAN软件对这些基因组序列中简单重复序列(SSR)的分布情况进行了系统性分析和比较。分析结果显示:人腺病毒B、D亚种基因组中简单重复序列的平均相对密度是十分接近的,但在不同类型SSR中分布情况又有所不同。D亚种中二型SSR明显高于B亚种,在两亚种一型SSR中(A)n、(T)n都是比较多的,而在两亚种二型SSR中的(CG/GC)n表现出了较高的偏好性。在同亚种多序列比对分析中,D亚种表现出了更高的稳定性。B、D亚种中SSR的这种特异性分布可能与它们的进化机制和致病性有关。     

埃博拉病毒基因组中微卫星序列的分布分析

微卫星或简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)在真核和原核生物以及病毒基因组中普遍存在,并被广泛用于遗传与进化研究。本研究从NCBI中下载埃博拉病毒属的四个不同种的埃博拉病毒全基因组序列,筛选36条作为实验材料,利用IMEx在线提取软件提取SSRs,用Python编程统计数据,从而分析SSRs在埃博拉病毒全基因组序列中的分布情况。分析得出,埃博拉病毒基因组序列中二型SSRs含量最为丰富,其次是一型SSRs,三型SSRs有少量,四型SSRs则更少,没有发现五型和六型SSRs。在更深入的分析中得出在埃博拉病毒属四个种中,含A/T碱基的SSRs含量远远大于含C/G碱基的SSRs。分析得出一型SSRs中(A)n/(T)n远多于(G)n/(C)n,二型SSRs中不存在(GC/CG)n,三型中也不存在(GGC/CGG/GCG/CCG/CGC/GCC) n。上述发现可能跟埃博拉病毒的致病机理有密切联系。通过对埃博拉病毒基因组序列中SSRs的分析,为研究埃博拉病毒的变异情况及致病机制提供更多参考。