凡纳滨对虾肠道红杆菌科细菌富集碳源筛选及其定向分离

【目的】红杆菌科(Rhodobacteraceae)细菌为凡纳滨对虾肠道微生物的优势类群,在健康对虾肠道中具有较高的相对丰度,是指示对虾健康的关键类群,探究对虾肠道红杆菌科细菌定向富集和分离方法,可为对虾养殖益生菌菌剂的研发提供基础。【方法】利用16S rRNA基因高通量测序技术研究不同碳源添加对凡纳滨对虾肠道中红杆菌科细菌的富集作用,筛选对红杆菌科细菌有显著富集作用的碳源;利用纯培养技术从红杆菌科细菌富集的样品中定向分离红杆菌科细菌,并对其进行鉴定和遗传多样性分析。【结果】添加短链脂肪酸(乙酸、丙酸、丁酸、戊酸)和碳酸氢钠对红杆菌科细菌有显著富集作用,主要富集到Cribrihabitans、Tritonibacter、Rhodovulum、Ruegeria、Sagittula和Thalassobius属相关菌株;对红杆菌科细菌相对丰度最高的样品进行稀释涂布培养,共分离纯化出303株细菌,分属于2门12科,其中红杆菌科细菌为主导类群共119株,主要包括Tritonibacter (90株)、Phaeobacter (25株)、Sulfitobacter (1株)、Ruegeria (1...     

中华绒螯蟹两种微卫星DNA分型方法的应用比较

为对比荧光标记毛细管电泳和聚丙烯酰胺凝胶电泳在微卫星等位基因分型上的效果,试验选择6对微卫星引物,对60个中华绒螯蟹个体基因组DNA进行PCR扩增,荧光标记法共检测出等位基因129个,平均每个位点21.5个等位变异,聚丙烯酰胺凝胶电泳共检测出等位基因174个,平均每个位点29个等位变异。对位点Esin67的PCR产物分别进行重复检测,发现荧光标记法的重复率为100%,而聚丙烯酰胺凝电泳法两次结果存在较大差异,证实了荧光标记法检测的可靠性显著高于聚丙烯酰胺凝胶电泳。对两种方法的检测效率和经济成本的分析表明,荧光标记法虽然成本较高,但效率高于聚丙烯酰胺凝胶电泳法。建立单重PCR的多重毛细管电泳技术是提高效率、降低成本的有效途径。