一株烟草青枯雷尔氏菌烈性噬菌体RS-PⅡ-1的分离及全基因组分析

分离鉴定一株侵染烟草青枯雷尔氏菌的烈性噬菌体,观察其形态特征,并进行全基因组测序与分析,为采用噬菌体疗法防治烟草青枯病提供技术储备。以烟草青枯菌TB15-15为宿主菌,从土壤中筛选分离得到噬菌体;分离得到的噬菌体经纯化浓缩,采用透射电子显微镜观察其形态特征;提取噬菌体DNA,进行全基因组高通量测序,分析其全基因组的结构特征,比较基因组分析明确其进化关系。以TB15-15为宿主菌,从长期种植烟田土壤中分离得到一株青枯雷尔氏菌烈性噬菌体。电镜观察显示,该噬菌体属于有尾噬菌体目、短尾噬菌体科。基因组全长42 042bp,GC含量为63.2%,含有46个开放阅读框,比较基因组分析确定该噬菌体为一株新的青枯雷尔氏菌烈性噬菌体,命名为RS-PⅡ-1。以烟草青枯菌为宿主菌,分离到一株新的青枯雷尔氏菌烈性噬菌体RS-PⅡ-1,明确了其形态和基因组特征,为防治青枯病的噬菌体疗法奠定基础。     

蚜虫中携带马铃薯卷叶病毒检测方法的改进

马铃薯卷叶病毒( Potato leafroll virus,PLRV)对马铃薯生产的危害极大,是一种极为重要的马铃薯病毒病。 RT－PCR是马铃薯卷叶病毒检测较为常用的方法,该方法检测准确率高、成本低、适用范围广。但在实际生产中其检测对象多为染病植株,对PLRV传播的主要介体桃蚜( Myzus persicae)的检测,则由于蚜虫体积小、RNA提取难度大、成本高、且不能复检,因而在生产中不能被广泛使用。该研究以马铃薯感病植株和带毒蚜虫为材料,利用改进的RNA提取方法从它们中提取到PLRV的RNA,并以CP 基因设计特异性引物,进行PCR检测。结果表明：该方法提取的RNA完整性好,可用于蚜虫中PLRV检测,且同样适用于对马铃薯感病植株的检测。另外,通过对田间有翅蚜和无翅蚜携带 PLRV 情况进行检测发现,无翅蚜 PLRV 检出率为100％,有翅蚜PLRV检出率也高达60％,证明该体系在生产中的实用性。该研究使用改进的RNA提取方法,提取蚜虫中RNA,并利用RT－PCR进行了PLRV检测,与以前的方法相比简单实用,可被应用于生产检测中。该研究结果为马铃薯生产中PLRV的防控提供了一种新的手段。     

中华苜蓿根瘤菌噬菌体的分离及主要壳蛋白基因g23的系统进化分析

【目的】揭示苜蓿根瘤菌噬菌体的形态学特征及主要壳蛋白g23基因的分布地位,为根瘤菌噬菌体的生态学研究提供数据支持。【方法】以中华苜蓿根瘤菌(Sinorhizobium meliloti USDA1002T)为宿主,采用双层平板法分离土壤环境中的苜蓿根瘤菌噬菌体,利用电子显微镜观察纯化的噬菌体形态特征;提取噬菌体DNA,PCR扩增编码噬菌体壳蛋白的g23基因,构建系统进化树,以形态学鉴定和分子生物学相结合的方法,明确分离获得的苜蓿根瘤菌噬菌体g23基因的系统进化地位。【结果】分离获得了3株噬菌体,头部均呈二十面体,直径大小为81–86 nm,尾部有收缩尾鞘,长度大约为54–70 nm。克隆测序结果显示,获得的3株噬菌体g23基因株间相似度较高,但与可培养的Exo T-、Schizo T-、T-、Pseudo T-evens相似度较低。系统进化分析表明,获得的3株噬菌体不隶属于目前已划分的不同环境噬菌体g23基因的分类类群中。【结论】3株噬菌体均属于肌尾噬菌体科的裂性噬菌体,与目前获得的所有噬菌体g23基因相似性较低,属于新的侵染中华苜蓿根瘤菌的噬菌体株。     

黑龙江马铃薯Y病毒P1基因的特点北大核心CSCD

【目的】本研究通过对不同PVY分离物基因的测序及分析,从而了解PVY株系的多样性,进而对PVY病毒的分子检测及防治提供重要的资料和参考。【方法】本研究针对黑龙江15个马铃薯Y病毒样品的P1基因进行克隆测序和进化树分析。【结果】经比对分析,样品被分成两组,有10个样品的基因类型高度同源,且相对保守,是本地区的优势群组,无论是与国内其它地区样品比较还是与国外样品比较,其亲缘关系都有一定距离;而另一组中的5个样品的P1基因与本地优势组群有较大差异,且这5个样品间也有一定的差异,并与国内其它地区和国外一些样品的P1基因序列比较接近。通过比对Gen Bank中已上传的序列提供的PVY株系的信息,得知本次试验的P1基因与PVY^(NTN-NW)株系是相似的,且这15个样品与国内其他样品一样都是由PVY^N株系演变而来。【结论】由P1基因分析表明,PVY受环境影响较大,黑龙江10个样品的PVY在长期的进化中产生了具有地方特点的变化,而后来的5个样品说明中国大部分PVY有可能是跟随国外品种资源的引进进入,同时PVY也随国内不同区域间资源交流和种薯调运而传播。