表皮生长因子受体基因突变检测方法改进及初步临床验证

目的:改进现有的检测表皮生长因子受体(EGFR)基因突变的荧光PCR法并开发出新的试剂盒,将其与直接测序法和ARMS法进行对比,验证该试剂盒用于临床诊断的敏感性、特异性和准确性。方法:收集2013年6月至2015年8月手术确诊的141例非小细胞肺癌(NSCLC)的石蜡包埋组织标本。采用盲法分别使用直接测序法、ARMS法和新试剂盒检测EGFR突变,比较新试剂盒与其他两种检测方法的差异,结果不一致时采用三种方法分别重复检验一次。结果:三种方法检测成功率均为100%,新试剂盒与直接测序法测得结果完全一致的比率达75.9%(107/141),在直接测序法测得的96例突变阳性中,92例在新试剂盒检测中得到验证(95.8%)。而直接测序法显示突变阴性的45例中,新试剂盒检测发现了23例突变阳性,两种检测方法的结果存在统计学差异(x2=40.745,P0.05)。与直接测序法进行比较,新试剂盒检测EGFR突变的敏感性、特异性分别为95.8%、48.9%,阳性预测值、阴性预测值分别为80.0%、84.6%,检测准确度为80.9%。以ARMS检测法为金标准,新试剂盒测得结果完全一致的比率达84.4%(119/141),两者的一致性比较好(K=0.749,P0.05),敏感性、特异性分别为94.1%、86.4%。结论:改进后EGFR基因突变检测的试剂盒在技术上较好地控制了检测结果的假阳性和假阴性,该检测方法较直接测序法具有更好的敏感性和准确性,与现有的ARMS法一致性较高。     

云南沾益海峰湿地鱼类区系及地理成因分析

对云南海峰自然保护区鱼类区系调查,结果共获鱼类11种,隶属4目6科11属。其中引入种9种,土著种仅2种,无特有种类。海峰湿地间歇性干涸明显,是一较为封闭的高原水域生态系统。以湿地鱼类区系组成为线索,认为在湿地内无土著种,更未形成狭域分布的特有种。此事实强烈地暗示,海峰湿地的形成历史可能极近,只在数万年之内。海峰湿地属于内陆湿地中的时令湖生态系统,还兼有人工湿地中蓄水区湿地类型的特点。     

不同植物群落下酸化尾矿养分状况及土壤酶活性

调查不同植被群落下铜尾矿的养分状况及土壤酶活性的变化动态,通过常规方法测定了尾矿的pH和电导率,以及有机质,总氮,有效磷,速效钾的含量。用底物反应法测定了过氧化氢酶,芳基硫酯酶,脲酶,酸性磷酸化酶和脱氢酶的活性。结果表明,与酸化的裸露尾矿相比,定居其上的芦苇(Phragmites australis)、狗牙根(Cynodon dactylon)和双穗雀稗(Paspalum distichum)均能显著增加尾矿基质pH值(从3.6上升到5.4),降低电导率,减缓尾矿酸化过程。芦苇和狗牙根能够显著提高尾矿基质中N、K和有机质含量(P<0.05),增加尾矿中的养分。3种植物群落下有效磷较裸露尾矿没有显著增加。植物的定居显著提高了尾矿中过氧化氢酶、芳基硫脂酶和脲酶的活性(P<0.05);但酸性磷酸化酶和脱氢酶活性没有显著提高。研究表明,植物对尾矿有明显的改良作用,而且芦苇和狗牙根优于双穗雀稗。在各种植被条件的尾矿中除酸性磷酸化酶以外的其它实验土壤酶活性均与尾矿中有机质和总氮呈极显著正相关(P<0.01)。     

糖尿病肾病与非糖尿病肾病维持性血液透析患者血钙、血磷及甲状旁腺激素水平的分析

目的：探讨糖尿病肾病（diabtic nephropgthy,DN）与非糖尿病肾病（non-DN）维持性血液透析患者（maintenance hemodialysis,MHD）血钙、血磷、甲状旁腺激素（intact parathyroid hormone,iPTH）水平的差异;分析其血钙、血磷、iPTH和糖化血红蛋白（glycosylated hemoglobin,HbA1c）水平的相关性。方法：选择沈阳军区总医院血液透析中心收治的148例MHD患者,分为糖尿病组（58例）和非糖尿病组（90例）,比较两组间血钙、血磷、甲状旁腺激素水平的差异,并分析其血钙、血磷、iPTH、HbA1c水平的相关性。结果：糖尿病组iPTH、血磷水平均明显低于非糖尿病组（P〈0.05）,两组血钙水平比较无明显差异。在非DN组中,iPTH与血钙水平呈显著负相关（r=-0.320,P=0.036）,iPTH与血磷水平呈明显正相关（r=0.426,P=0.005）。在DN组中,iPTH与血钙、血磷无显著相关性,而iPTH与HbA1C水平呈显著负相关（r=-0.732,P=0.007）。结论：糖尿病肾病血液透析患者的iPTH水平和血磷水平明显低于非糖尿病肾病血液透析患者,HbA1c可能抑制iPTH的分泌。     

云南萨尔温江水系3条一级支流鱼类区系存在度及其在鱼类保护区设置中的意义

将经典动物区系与区系存在度分析方法相结合, 探讨云南萨尔温江水系的南滚河、南汀河及勐波罗河3条一级支流的鱼类多样性相对于萨尔温江中游水系鱼类的代表性, 比较其鱼类区系存在度差异, 分析区系组成特征及科、属在区系建成中的重要性, 旨在探讨区系存在度指标对鱼类保护区设置的指导作用。结果显示, 萨尔温江中游水系(云南段)共记录土著鱼类74种, 分隶于5目12科45属。3条支流共有土著鱼类53种, 分隶于5目12科38属, 其中南滚河鱼类有9科23属32种, 南汀河有11科33属47种, 勐波罗河有10科26属33种。按种类的绝对数排序, 3条支流均是鲤科、鮡科和条鳅科排前3位。而按区系存在度结果排序, 均是鳗鲡科、鳢科、刺鳅科、合鳃鱼科和鮡科等5个科位列前5位。两种方法排序结果显示, 3条支流表现出完全的一致性。同一属级分类阶元的区系存在度在不同支流间变异较大, 属级和种级分类阶元的地域性分布特点渐趋明显。这3条一级支流鱼类均是以老第三纪原始类群为主体, 南方类群次之, 还有少量青藏高原类群。结合鱼类区系存在度研究结果, 在设置淡水鱼类保护区时, 应考虑在大水系的上中下游分别选择1条或多条一级支流建立保护区; 如果目、科级存在度高的阶元在鱼类保护区规划时涵盖得多, 则保护了较多的高级阶元, 但并非是必须考虑的阶元; 而属级存在度值则是保护区规划时需要特别关注的事项。     

融合酰基载体蛋白可增强大肠杆菌重组蛋白的可溶性和热稳定性

目前,蛋白质可溶性和热稳定性已成为重组蛋白高效生产、功能应用和长久保存不可回避的问题,而使用酸性蛋白融合标签可能是其有效解决策略。酰基载体蛋白(ACP)是脂肪酸生物合成途径的必要组分,在大肠杆菌中为一个高度酸性的小分子多肽。将大肠杆菌ACP与几个热不稳定的靶蛋白[如小桐子抗坏血酸过氧化物酶1(Jc APX1)、大豆核酮糖-1,5-二磷酸羧化/加氧酶的活化酶2(GmRCA2)、大肠杆菌高丝氨酸O-转琥珀酰酶(EcMetA)]进行基因融合并使其在大肠杆菌中诱导表达,发现ACP融合能显著增强这些重组靶蛋白的可溶性。另外,对重组蛋白的热处理和酶活性分析发现,融合ACP还能极大提高这三个靶蛋白的热稳定性,并有效保护JcAPX1酶活免遭热失活,使其耐热性提高了至少2℃。ACP的这种效果推测可能与其高酸度特性有关,可以作为一个新的功能酸性融合标签。     

甘蔗属种及其近缘属种蔗茅的全基因组密码子偏好性分析

【目的】为解析甘蔗基因组的密码子使用特征,提高异源基因在甘蔗中的表达效率。【方法】以已发布的甘蔗属种（热带种LA-purple、割手密NP-X和AP85-441）及其近缘属种蔗茅（Yunnan2009-3）基因组为数据,利用Python、CodonW1.4.2进行密码子偏好性分析,同时通过中性绘图、ENC-plot、PR2-plot等分析探讨密码子偏好性形成的影响因素,并结合转录组测序数据分析密码子偏好性参数与基因表达水平的相关性。最后,基于RSCU均值与7个主要模式生物种（玉米、高粱、水稻、拟南芥、烟草、大肠杆菌、酿酒酵母）的密码子使用模式进行比较分析。【结果】显示热带种、割手密和蔗茅的基因组都富含GC,平均GC含量为56.3%,且GC3>GC1>GC2,倾向于使用以G/C结尾的密码子,平均ENC值为48.45,偏好性较低。中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析表明它们的密码子偏好性受到自然选择、突变压力等多种因素的共同影响,其中自然选择占主导作用。相关性分析表明密码子偏好性参数与基因实际的转录表达水平存在显著相关性,但相关性不强。根据RSCU和?RSCU值,确...     

基于CA模型的上海九段沙互花米草和芦苇种群扩散动态

基于1997年以来上海九段沙栽种芦苇和互花米草种群扩散格局的多年现场调查与遥感解译分析,并结合3S技术,构建了适合滩涂盐沼植物种群动态的元胞自动机（CA）模型．结果表明：该模型能较好地模拟九段沙上芦苇和互花米草种群扩散的格局和趋势,并验证了互花米草和芦苇的空间抢先占有模型以及锋面状连续扩散格局;土著植物芦苇与外来植物互花米草占据相同的生态位,而互花米草的种群扩散速度是芦苇的3—5倍,随着九段沙的不断淤涨,互花米草种群的快速扩展还将持续．构建的CA模型有助于深入研究外来物种扩散格局与其生态学过程之间的相互关系,对湿地生物多样性保护和资源管理具有重要意义．     

826株临床分离葡萄球菌的鉴定和耐药性研究

目的：研究葡萄球菌感染病原菌的分类、分布特点及对常用抗生素的耐药性。方法：应用MicroScan WalkAway-40全自动微生物分析仪对临床标本中分离的826株葡萄球菌进行鉴定和药敏试验。结果：826株葡萄球菌感染中,其中金黄色葡萄球菌(SA)294株占35．6％,表皮葡萄球菌为主的凝固酶阴性细菌(CNS)532株占65．4％。葡萄球菌分离株主要来源于呼吸道(46％)和泌尿道(23．7％)。MRS的产生率分别为金黄色葡萄球菌77．9％,表皮葡萄球菌80．3％,溶血葡萄球菌74．8％,腐生葡萄球菌82．5％,其他78．5％。MRSA、MRCNS对青霉素G、氨苄西林、苯唑西林几乎全部耐药,对万古霉素、阿米卡星、利福平、头孢哌酮／舒巴坦仍敏感,但发现3例万古霉素低敏株。结论：葡萄球菌感染仍以呼吸道和泌尿道为主,MRS菌株高达70％以上,万古霉素、阿米卡星、利福平、头孢哌酮／舒巴坦仍是治疗的首选药物。     

长白山低山区森林土壤有机碳及养分空间异质性

以吉林延边汪清林业局金仓林场境内森林土壤为对象,采用多元线性回归方法和地统计学回归克里格方法,研究了土壤有机碳及养分的垂直分布规律,预测了其空间分布,并对预测结果进行插值.结果表明: 0～60 cm深度土壤有机碳密度为(16.14±4.58) kg·m^-2.随土壤深度增加,土壤有机碳含量、有机碳密度以及土壤全N、全P、全K、有效P及速效K含量都呈减小趋势,其中不同土层间土壤有机碳含量、有机碳密度差异显著(P<0.01).0～60 cm土层土壤有机碳含量和碳密度的拟合方程中,地形因子中高程和坡向余弦值是最优的拟合因子,方程的决定系数分别为0.34和0.39(P<0.01).0～20和0～60 cm土层的半方差函数模型分别为高斯模型和指数模型,利用回归克里格插值方法得到土壤有机碳的空间分布图.与普通克里格法相比,回归克里格法的空间预测精度改进了18%～58%.利用回归克里格插值方法预测了土壤全N的空间分布特征.