破解大熊猫密码

大熊猫是中国的国宝,其憨态可掬的形象为世界各地人们所熟知和喜爱,在一些特定场合甚至成了中国元素的标志。大熊猫至今已经在地球上生活了几百万年,是名副其实的"活化石"。近年来,我国虽然为保护这种珍稀物种投入了大量人力、物力,也取得了举世瞩目的成就,但在大熊猫基因组学上的研究却进展缓慢。2008年,深圳华大基因在深圳宣布,成功完成了大熊猫基因组序列图谱绘制工作,填补了大熊猫基因测序方面的空白,为大熊猫的保护开启了一扇崭新的大门。     

从“人类”基因组计划到“千人”基因组计划

国际人类基因组计划被誉为生物学的曼哈顿原子弹计划和阿波罗登月计划,在2000年,其绘制的人类基因组草图也正式发表。国际顶尖的两大科学杂志《自然》和《科学》同日发表了多国基因组学家联合发表     

一种结合单张芯片序列捕获和高通量测序技术测序外显子组的方法

随着高通量测序技术的发展,全外显子测序已经成为一种研究人类疾病的重要方法.本文展示了一种通过Nimblegen2.1M芯片进行外显子DNA序列捕获和高通量测序的方法,包括两步法文库制备.测序的平均覆盖深度达33倍时,95.6%的34M目标区域得到均衡覆盖,特异性达到80%.对比全基因组鸟枪法测序的结果,此方法在检测SNP时的假阳性率为0.97%,假阴性率为6.27%.本方法对于全基因组扩增的DNA也适用.结果显示,全外显子测序技术可以在大规模的群体研究和医学研究中起到重要作用.     

使用边扩增边连接技术以两步PCR反应制备两个癌症候选基因的重测序DNA文库

近年来应大规模基因组学和遗传学研究发展的需要,能够提供“高通量、低成本、低劳动量”测序服务的新一代大规模并行测序技术应运而生.辅助其应用的生物信息分析软件和实验方法也层出不穷.而在关联研究如癌症研究中有广泛应用的基于PCR的基因组学和遗传学研究方法,却因其研究的目标区域较短,而较少地受益于采用“鸟枪法测序”策略的新一代测序技术.尽管已提出诸如“芯片捕获法”、“目标选择法”等技术克服这一难题,但这些方法对仪器和实验室操作的额外要求限制了它们的应用和推广.本实验提出一种能简便克服这一难题的“边扩增边连接方法”（Ligation by Amplification,LBA）：使用一对“公用接头”和两步PCR反应将多个目标区域随机连接起来,其随机连接而成的长链产物可被简易地随机片段化并在新一代测序仪上测序.使用专门设计的、包含公用接头的LBA引物,将人类基因组保守编码序列中两个癌症相关基因：BRCA1和BRCA2的外显子进行扩增,并将所得到的70个扩增产物在一步PCR过程中进行边扩增边连接.所得的长链LBA产物经随机片段化后制备成可被传统Sanger测序法和新一代边合成边测序技术测序的DNA文库,分别在ABI3730xl测序仪和Illumina/Solexa Genome Analyzer测序仪上进行测序.对目标序列的覆盖度、覆盖深度和单核苷酸多态性检测的有效性的生物信息学分析证明：运用本方法可高效地在新一代测序仪上进行基于PCR的重测序和遗传多态性研究,推动各种基于PCR的基因组学和遗传学研究的发展.     

雾霾中的“危险分子”

正清华大学医学院与环境学院的科学家利用微生物宏基因组测序技术鉴定了雾霾空气中的微生物,发现约有1 300种微生物飘浮在北京的雾霾中,虽然大多数微生物是无害的,但已知有些物种会引发人类的过敏和肺部疾病。这项发表在美国权威学术期刊《环境科学与技术》杂志上的研究成果为环境科学家、医务工作者和城市规划者提供了重要参考。国际顶尖学术期刊《自然》也报道评价了该项研究成果。     

破解大熊猫密码

大熊猫是中国的国宝,其憨态可掬的形象为世界各地人们所熟知和喜爱,在一些特定场合甚至成了中国元素的标志。大熊猫至今已经在地球上生活了几百万年,是名副其实的“活化石”。     

我的未来不是梦——关注大熊猫基因组图

遗传学家,DNA结构发现者,诺贝尔奖得主,詹姆斯·沃森曾经说过:"过去,我们认为命运是天数;现在,我们知道命运在很大程度上取决于基因"。如今,几乎所有生物学领域、任何研究对象的科学研究都离不开基因。同是诺贝尔奖获得者的约翰·萨尔斯顿更是用一句话解析了基因研究在现代生命科学研究领域的重要地位"现代的生物学研究,已经离不开基因库"。     

从“人类”基因组计划”到“千人”基因组计划

“国际人类基因组计划”被誉为生物学的“曼哈顿原子弹计划”和“阿波罗登月计划”，在2000年，其绘制的人类基因组草图也正式发表。国际顶尖的两大科学杂志《自然》和《科学》同日发表了多国基因组学家联合发表的学术论文，