柑橘EST-SSR分子标记分析

对来源于甜橙（Citrus sinensis Osbeck）、枳壳（Poncirus trifoliata Raf．）和其他柑橘非冗余EST数据库的38124条单-基因（Unigene）序列进行了简单重复序列SSRs（Simple Sequence Repeat）搜索,所分析的柑橘非冗余核酸序列总长23．29Mb,从中获得了8218条SSR,其中包括单碱基重复4913条（59．8％）,2碱基重复1419条（17．3％）,3碱基重复1709条（20．8％）,4碱基重复114条（1．39％）,5碱基重复23条（0．28％）,6碱基重复40条（0．49％）。大约每2．8kb长度的单-基因序列中即存在1个SSR,即平均4．6个单-基因中存在1个SSR。随碱基重复单元（motif）的不同,SSR的最大长度在40-105之间,全部重复序列的平均长度为20．9bp。各种SSR（1-,2-,3-,4-,5-,6-核苷酸重复）的发生频率在甜橙和枳壳间非常接近。其中单碱基重复序列是最丰富的重复单元,其次为3碱基重复。在所得的SSR的重复单元中,富含A碱基的重复单元的分布占据优势地位,出现的频率与密度均较高,而富含CG碱基的重复单元出现频率和密度较低。用25对EST-SSR引物对6个柑橘品种的多样性进行了PCR检测,结果表明,所有25对引物在6个柑橘品种间均扩增到多样性条带,证实通过柑橘EST数据库的发掘能够高效地筛选到基因水平的SSR标记。     

两对互补的显性基因控制着柑桔属和枳属的无融合生殖

无融合生殖具有重要的学术价值和应用价值。这种生殖方式普遍存在于 柑桔属及其近缘属植物中,对母本分别为单胚（即有性生殖）的宽皮柑桔品种克力迈丁和韦尔金,父本分别为多胚（即无融合生殖）的甜橙品种锦橙,新会橙,桃叶橙和哈姆林的杂种F1代群体总计8个杂交组合的229个开花结果后代,进行了胚性分离的调查,发现F1代中既有有性生殖,也有无融合生殖,有性生殖与无融合生殖的分离比例,在韦尔金后代中接近1：2,而在克力迈丁后代中接近1：1。根据该结果,结合前人的研究资料,提出在柑桔属和枳属或者还包括其他柑桔近缘属中,无融合生殖受到位于细胞核的两对互补的显性基因A1和A2的调控,且其中一对基因,设为A1表现显性纯合致死效应,两对基因的分离重组符合孟德尔的分离定律和自由组合定律,按该模式可以较为合理地解释已有的大部分常规杂交资料。     

植物环状RNA研究进展北大核心CSCD

随着高通量测序技术的发展,环状RNA (circular RNA, circRNA)逐渐成为非编码RNA研究领域的热点。CircRNA是由3′端下游供体和5′端上游受体经反向剪接形成的共价闭合环状分子,普遍存在于真核生物中。CircRNA过去被认为是错误剪接的副产物,近年来相关研究爆炸式增长,才将这种错误概念推翻。相较于动物中的大量研究,植物circRNA的研究还处于起步阶段。文中从植物circRNA的发现引入,总结了植物circRNA的环化特征、表达特异性、保守性和稳定性等特征;关注了circRNA的鉴定工具、主要类型和生成机制;归纳了植物circRNA作为microRNA(miRNA)海绵和翻译模板的潜在功能,以及在生物/非生物胁迫应答中的重要作用;简单概括了植物circRNA的降解与定位。最后讨论了植物circRNA研究存在的问题并对进一步开展植物circRNA研究进行了展望。     

大麦DNA单限制性酶切选择性扩增多态性技术及其优化

建立和优化了大麦DNA单限制性酶切选择性扩增多态性技术体系(SADF).分别用限制酶PstI、EcoRI和MseI酶切大麦基因组DNA,再与各自相应的人工接头连接,使用带三个选择碱基的引物进行选择性扩增.结果表明:采用分别优化建立的标准PCR扩增检测体系,六个识别碱基的PstI和EcoRI的SADF均能得到丰富稳定的带形,四个识别碱基的MseI不能得到明显谱带.SADF扩增产物片段大小范围为:PstI一般在200～2000bp,而EcoRI在200～1000bp;两者在不同大麦品种中均能检测到多态性,可用于不同大麦品种的检测,但PstI得到的带型明显优于EcoRI,在大麦中得到的片段具有范围宽、分布均匀、易于观察、多态性高等特点。 Abstract:A method named selective amplification DNA fragments (SADF) using single restrictive enzyme was established and optimized in barley.The barley genome DNA was first restricted into fragments of varied length with PstI,EcoRI and MseI respectively,then ligated with synthetic adapters.The ligated sets of fragments were used as templates for PCR amplification.Ideal amplification results could be obtained with different amplification procedure for PstI and EcoRI.Except MseI,both PstI and EcoRI could obtain abundant and reproducible bands,but SADF of PstI was more suitable for barley studies because of wider,more recognizable and polymorphic distribution of bands.     

柑桔BES SSR标记开发及连锁图延伸和加密

为了系统性地开发和拓展柑桔SSR标记,通过对公布的柑桔BAC文库末端序列(BAC-End sequence,BES)进行SSR分析,选择1500个SSR位点设计合成并检测323对引物。结果表明:(1)从总长度为28.1 Mb的46 339条序列中共检测出22 403个SSR位点,约每2条序列就会出现一个SSR位点,发生频率为48%,相当于平均1.25kb的序列中就会出现1个SSR,频率约为柑桔EST的2倍,且不同核心重复序列的SSR发生特点与EST也不同。(2)所合成的323对引物中,有效扩增316对,扩增率约98%,173对表现多态性,总多态性比率约55%,多态性引物中单核苷酸重复类型15对,双核苷酸重复类型100对,三核苷酸及以上重复类型58对,表明柑桔BES中具有较为丰富的多态性SSR标记。(3)结合已发表的遗传作图数据,对总计349个多态性位点进行遗传连锁分析,获得的新遗传连锁图谱共含有9个连锁群、334个SSR标记、总长844.2cM、平均图距2.53cM,延长和加密了先前的图谱。该研究开发的新SSR标记为开展柑桔遗传鉴定分析和遗传图谱构建提供了新的标记来源,加密的遗传图谱为柑桔的基因定位、图位克隆和标记辅助育种等奠定了基础,SSR分析结果也为其他物种SSR标记的开发提供了参考。     

MIME--有丝分裂替代减数分裂及其在作物无融合生殖中的应用

无融合生殖因其在杂种优势固定中的巨大潜力而受到广泛关注,人工创制无融合生殖是当前无融合生殖研究的重要方向,有丝分裂替代减数分裂(Mitosis instead of Meiosis,MIME)能产生与母本遗传组成完全一致的二倍体配子,是人工创制无融合生殖的关键步骤。文中对MIME的发生及其在作物无融合生殖中的应用以及MIME应用中的问题进行综述,以期为扩大MIME在作物无融合生殖中的应用提供参考。