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| 柑桔BES SSR标记开发及连锁图延伸和加密 | |
| 引用本文： | 马喜军,龚桂芝,彭祝春,韩学智,洪棋斌.柑桔BES SSR标记开发及连锁图延伸和加密[J].西北植物学报,2012,32(6):1112-1117. |
| 作者姓名： | 马喜军 龚桂芝 彭祝春 韩学智 洪棋斌 |
| 作者单位： | 1. 西南大学园艺园林学院,重庆400716;中国农业科学院柑桔研究所,国家柑桔工程技术中心,重庆400712 2. 中国农业科学院柑桔研究所,国家柑桔工程技术中心,重庆400712 3. 西南大学园艺园林学院,重庆,400716 |
| 基金项目： | 重庆市自然科学基金（2009BB1311）；西南大学基本科研业务费专项资金（XDJK2012C081）；国家科技计划课题（2011AA100205） |
| 摘 要： | 为了系统性地开发和拓展柑桔SSR标记,通过对公布的柑桔BAC文库末端序列(BAC-End sequence,BES)进行SSR分析,选择1500个SSR位点设计合成并检测323对引物。结果表明:(1)从总长度为28.1 Mb的46 339条序列中共检测出22 403个SSR位点,约每2条序列就会出现一个SSR位点,发生频率为48%,相当于平均1.25kb的序列中就会出现1个SSR,频率约为柑桔EST的2倍,且不同核心重复序列的SSR发生特点与EST也不同。(2)所合成的323对引物中,有效扩增316对,扩增率约98%,173对表现多态性,总多态性比率约55%,多态性引物中单核苷酸重复类型15对,双核苷酸重复类型100对,三核苷酸及以上重复类型58对,表明柑桔BES中具有较为丰富的多态性SSR标记。(3)结合已发表的遗传作图数据,对总计349个多态性位点进行遗传连锁分析,获得的新遗传连锁图谱共含有9个连锁群、334个SSR标记、总长844.2cM、平均图距2.53cM,延长和加密了先前的图谱。该研究开发的新SSR标记为开展柑桔遗传鉴定分析和遗传图谱构建提供了新的标记来源,加密的遗传图谱为柑桔的基因定位、图位克隆和标记辅助育种等奠定了基础,SSR分析结果也为其他物种SSR标记的开发提供了参考。 |
| 关 键 词： | 柑桔 遗传图谱 分子标记 SSR |
Development of SSR Markers from Citrus BAC End Sequences and Their Integration into Linkage Map |
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| MA Xi jun,GONG Gui zhi,PENG Zhu chun,HAN Xue zhi,HONG Qi bin.Development of SSR Markers from Citrus BAC End Sequences and Their Integration into Linkage Map[J].Acta Botanica Boreali-Occidentalia Sinica,2012,32(6):1112-1117. | |
| Authors: | MA Xi jun GONG Gui zhi PENG Zhu chun HAN Xue zhi HONG Qi bin |
| Institution: | 1 College of Horticulture and Landscaping,Southwest University,Chongqing 400716,China;2.Citrus Research Institute,Chinese Academy of Agricultural Sciences,National Citrus Engineering Research Center,Chongqing 400712,China) |
| Abstract: | |
| Keywords: | citrus genetic linkage map molecular marker SSR |
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