构建基于EBI数据库的本地SRS服务系统

为了建立基于EBI数据库的本地SRS服务系统,进而为生物医学研究人员提供方便、快速搜索EBI常用生物数据库的web服务,同时提供一套技术机制为其他生物医学研究机构建设自己的SRS服务系统提供参考。在Linux系统和Tomcat环境下安装调试EBI提供的SRS8.1学术版软件,并利用perl和shell程序设计语言开发EBI数据库的自动下载和定期更新模块。完成了本地SRS系统的安装和测试,实现了EBI数据库的自动下载和更新机制,目前系统已经正常运行。     

RNA-Seq本地分析平台的构建

目的:构建一个本地化的RNA-Seq数据处理分析平台,为RNA-Seq研究人员提供数据分析平台。方法:在调研现有的RNA-Seq数据分析研究成果的基础上,构建一套本地化的RNA-Seq分析平台,平台首先将测序数据中的低质量数据进行过滤,然后使用Top Hat将过滤后的数据与参考基因组数据进行比对,利用比对结果进行可变剪切分析、基因差异表达分析等,最后通过R语言工具包对分析结果进行可视化绘图。结果:通过对2组小鼠的RNA-Seq测序数据进行分析,构建的分析平台能够较好地过滤低质量测序数据,并且分析出2组数据间的差异表达基因,同时还可以图形化表示这些差异表达基因。结论:分析平台能够实现对RNA-Seq测序数据的质量控制、差异表达分析及分析结果的可视化。