构建基于EBI数据库的本地SRS服务系统

为了建立基于EBI数据库的本地SRS服务系统,进而为生物医学研究人员提供方便、快速搜索EBI常用生物数据库的web服务,同时提供一套技术机制为其他生物医学研究机构建设自己的SRS服务系统提供参考。在Linux系统和Tomcat环境下安装调试EBI提供的SRS8.1学术版软件,并利用perl和shell程序设计语言开发EBI数据库的自动下载和定期更新模块。完成了本地SRS系统的安装和测试,实现了EBI数据库的自动下载和更新机制,目前系统已经正常运行。     

Spindlin在银鲫卵母细胞中磷酸化修饰分析

Spindlin最早在小鼠中被发现和命名,是MOS/MAP激酶通路的底物。实验室之前在银鲫卵母细胞中克隆并分离鉴定出具有同小鼠相似序列特征和表达特性的Spindlin,命名为CagSpin(Carassius auratus gibelio Spindlin)。CagSpin是一个母源表达的蛋白,存在于卵母细胞生长、减数成熟以及早期胚胎发育过程中。研究结合去磷酸化和Western blot分析,检测到CagSpin在卵母细胞中发生磷酸化。进一步通过毛细管电泳(Capillary Electrophoresis,CE)对蛋白水解后的氨基酸残基进行分析,确定在银鲫卵母细胞中CagSpin蛋白的苏氨酸残基(threonine,Thr)被磷酸化,这一结果为CagSpin在卵母细胞中的磷酸化修饰提供了证据,表明磷酸化的CagSpin在银鲫卵子发生、卵母细胞成熟和卵—胚转换中可能起了重要作用。       

人源microRNA前体的全基因组预测

microRNA（miRNA）是一类不编码蛋白的调控小分子RNA,在真核生物中发挥着广泛而重要的调控功能.由于miRNA的表达具有时空特异性,因而通过计算方法预测miRNA而后有针对性的实验验证是miRNA发现的一条重要途径.降低假阳性率是miRNA预测方法面临的重要挑战.本研究采用集成学习方法构建预测miRNA前体的分类器SVMbagging,对训练集、测试集和独立测试集的结果表明,本研究的方法性能稳健、假阳性率低,具有很好的泛化能力,尤其是当阈值取0.9时,特异性高达99.90%,敏感性在26%以上,适合于全基因组预测.采用SVMbagging在人全基因组中预测miRNA前体,当取阈值0.9时,得到14933个可能的miRNA前体.通过与高通量小RNA测序数据的比较,发现其中4481个miRNA前体具有完全匹配的小RNA序列,与理论估计的真阳性数值非常接近.最后,对32个可能的miRNA进行实验验证,确定其中2条为真实的miRNA.     

RNA-Seq本地分析平台的构建

目的:构建一个本地化的RNA-Seq数据处理分析平台,为RNA-Seq研究人员提供数据分析平台。方法:在调研现有的RNA-Seq数据分析研究成果的基础上,构建一套本地化的RNA-Seq分析平台,平台首先将测序数据中的低质量数据进行过滤,然后使用Top Hat将过滤后的数据与参考基因组数据进行比对,利用比对结果进行可变剪切分析、基因差异表达分析等,最后通过R语言工具包对分析结果进行可视化绘图。结果:通过对2组小鼠的RNA-Seq测序数据进行分析,构建的分析平台能够较好地过滤低质量测序数据,并且分析出2组数据间的差异表达基因,同时还可以图形化表示这些差异表达基因。结论:分析平台能够实现对RNA-Seq测序数据的质量控制、差异表达分析及分析结果的可视化。     

人类和模式生物标准转录数据库Web服务系统"StdTransDb"的技术实现

以RefSeq数据库和已测序基因组序列为模板,通过大规模计算得到代表转录各层次信息的"标准转录数据库",并利用通用网关接口技术,建立了人类和模式生物标准转录数据集Web服务系统。用户提交RefSeq记录号或自由注释词,可检索获得序列的全部信息,实现对基因结构解析的在线计算。目前系统覆盖了人、拟南芥、水稻、大鼠、小鼠、斑马鱼等6个物种,拥有数据记录18万余条。为深入研究人类及其他物种转录组提供了重要工具,并为进一步分析真核基因的可变剪接方式提供了坚实的数据基础。     

基于遥感生态指数的阜新市生态质量评估

城市化建设的不断推进及发展给生态环境带来了日益增加的压力,如何多方位、客观准确并且快速地对区域生态环境质量进行评估是目前研究的一个重要方向。以辽宁省阜新市为研究区域,选取2000年、2008年和2016年的遥感影像作为基础研究数据,借助ENVI5.1软件作为数据处理平台,再结合主成分分析方法,借助遥感生态环境质量评价指数RSEI对阜新市的生态质量进行评估。结果表明:2000年、2008年和2016年,阜新市的生态质量总体呈上升趋势;2000—2016年间,研究区RSEI主要由1、2级向3、4、5级转变,生态质量变好和变坏的面积分别占总面积的53.28%和2.38%,生态质量变差的区域主要集中在阜新市东北的风沙区和西南部盆地区;而阜新市西南部盆地区主要是市区,该区生态环境质量变差主要在于近年来的城市快速发展,东北部的风沙区与科尔沁沙地接壤,该区的环境变差在于所处地理位置以及防风固沙林中部分林木出现退化现象等,因此能否在快速城市化建设的同时重视生态环境的保护与修复,成为阜新市生态环境质量变化的重要决定因素。