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目的 建立分析肠道内硫酸盐还原菌(Sulfate-reducing bacteria,SRB)组成的变性梯度凝胶电泳(Denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)技术,并用于分析10例健康人粪便样品中的SRB组成.方法 从GenBank中下载13株脱硫弧菌科细菌的腺苷酰硫酸还原酶α亚基基因(aprA)的序列,利用Clustal X、Simulated PCR (SPCR)软件比较、评估了2对针对aprA 基因的引物(AprA-3-FW/APS-RV和AprA-1-FW/AprA-5-RV)用于扩增粪便样品中的SRB的特异性.确定PCR引物和条件,进一步摸索并建立DGGE分析体系.结果 Clustal X和SPCR软件分析的结果均表明引物AprA-3-FW/APS-RV优于AprA-1-FW/AprA-5-RV.实际PCR的结果也显示AprA-1-FW/AprA-5-RV扩增效率低并有非特异扩增.建立DGGE体系,对10例健康人肠道中SRB的分析显示,每个个体肠道中SRB的种类有l到5种不等.结论 基于aprA序列的DGGE技术是分析肠道SRB组成的有效方法. 相似文献
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本研究旨在利用生物信息学方法构建经铜诱导的ATP7B基因敲除HepG2细胞系的转录调控网络。探讨关键转录因子在肝豆状核变性发生、发展中的潜在作用机制。收集公共基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)中包含野生型、ATP7B基因敲除型、铜诱导的野生型和铜诱导的ATP7B基因敲除型HepG2细胞系数据。筛选由铜诱导产生的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)后进行基因本体论(gene ontology,GO)、京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析。基于蛋白相互作用网络,识别疾病关键基因和功能模块,并对关键功能模块中的基因进行富集分析。最后,构建转录调控网络,筛选核心转录因子。共筛选出1 034个差异表达基因,其中上调525个,下调509个。上、下调关键功能模块分别包括了3 785个和3 931个基因。关键功能模块中的基因主要定位于细胞-基质连接、染色体、剪接复合体、核糖体等区域,共同参与了mRNA加工、组蛋白修饰、RNA剪切、DNA代谢调节、蛋白磷酸化等生物学过程,且与转录共调控活性、DNA转录因子结合、泛素样蛋白连接酶结合等分子功能相关。KEGG分析表明功能模块中的基因显著富集的通路包括乙型肝炎、有丝分裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)信号通路、细胞衰老和凋亡、神经营养信号通路和神经变性途径等。肝豆状核变性转录调控网络包括11个差异表达转录因子和96个差异表达基因,其中U2AF1、NFRKB、FUS、MAX、SRSF1、CEBPA和RXRA为核心差异表达转录因子。该研究为肝豆状核变性转录调控相关分子的生物学功能研究提供了重要的参考依据。 相似文献
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高通量测序技术的发展正在逐渐改变诸多生物学领域的研究方法.为应对突发疫情以及新发未知微生物威胁的需求,微生物鉴定技术逐渐从传统的物理化学方法及核酸杂交等分子水平方法进一步走向利用无需培养的测序数据进行快速分析检测.随之而来的是对高通量数据分析在精度及速度的要求.基于高通量测序数据的微生物检测数据分析方法在近些年得到了快速的发展.本文分析了目前基于高通量测序数据的微生物检测数据分析方法,对其数据分析的处理流程和计算方法进行了研究,比较了各个微生物检测数据分析方法的特点及适用场景.最后结合本实验室工作总结微生物检测数据分析方法在实际应用中可能遇到的问题,希望对该应用领域的研究有一定的参考意义. 相似文献
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蛋白质的O-GlcNAc糖基化现象发现迄今已有30多年历史.动物中,O-GlcNAc糖基化在调控细胞信号转导、基因转录、表观遗传和新陈代谢等方面发挥重要作用.而植物中,O-GlcNAc糖基化在近几年才得到关注并进行初步研究.本文对植物中O-GlcNAc修饰的糖供体合成途径、O-GlcNAc修饰关键酶、O-GlcNAc修饰蛋白的检测及功能等方面的研究工作进行归纳总结,发现O-GlcNAc糖基化在植物的生长发育、激素网络调控、信号转导、植物病毒侵染等过程均发挥重要作用,为进一步研究植物中O-GlcNAc糖基化的生物学功能提供参考. 相似文献
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目的:探讨乌司他丁对重型颅脑损伤(SCCI)对患者脑氧代谢、炎性因子及肾功能的影响。方法:将98例SCCI患者随机分为对照组和观察组,每组患者49例。对照组患者给予常规对症支持治疗,观察组患者在此基础上给予乌司他丁滴注治疗。比较两组治疗前及治疗第3 d、7 d的脑氧代谢(SjvO_2、CaO_2、A-vDO_2和CERO_2)、炎性因子(TNF-α、IL-6和IL-10)及肾功能(BUN和Cr)的变化。结果:治疗前,两组患者的SjvO_2、CaO_2、A-vDO_2、CERO_2、TNF-α、IL-6、IL-10、BUN和Cr水平比较差异均无统计学意义(P0.05);治疗3 d、7 d,观察组患者的SjvO_2、CaO_2和IL-10水平均显著高于对照组,A-vDO_2、CERO_2、TNF-α、IL-6、BUN和Cr水平均显著低于对照组,差异显著具统计学意义(P0.05)。结论:乌司他丁治疗SCCI可有效改善患者的脑氧代谢、肾功能,减轻炎症反应。 相似文献
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单倍体胚胎干细胞研究一直以来吸引着研究者们的注意,它可以用作基因修饰的工具或是用于药物筛选。随着孤雄胚胎干细胞系的成功建立,更扩展了单倍体胚胎干细胞的应用前景。但单倍体孤雄胚胎发育率低,胚胎质量差,制约着孤雄单倍体胚胎干细胞的建系。为改善孤雄单倍体胚胎发育潜能及胚胎干细胞建系效率低的问题,我们检测了小鼠(Mus musculus domesticus)孤雄单倍体胚胎的体外发育过程和该过程中Xist基因表达情况。结果发现,孤雄单倍体胚胎囊胚发育率只有10%~14%,发育至囊胚所需时间差异较大,从3.5~5.5 d不等。通过核糖核酸荧光原位杂交实验(RNA-FISH)跟踪Xist基因表达情况,发现其在发育至囊胚阶段的胚胎中呈抑制状态,而在早期胚胎中多呈表达状态。通过si RNA扰低Xist表达,虽然没有改变孤雄单倍体胚胎发育到囊胚的比例,但显著提高了囊胚质量,并提高了接种胚胎内细胞团(ICM)后建立细胞系的效率。结果说明,Xist基因的表达可能是导致小鼠孤雄单倍体胚胎质量差、干细胞建系率低的原因之一。 相似文献
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目的分离培养普通卷甲虫肠道中的可培养细菌,筛选有产消化酶活性的细菌,推测其在协助普通卷甲虫消化食物中的作用。方法通过传统分离培养法分离普通卷甲虫肠道中的可培养细菌,利用平板透明圈法筛选产淀粉酶、蛋白酶、纤维素酶和脂肪酶活性的细菌,利用水解圈与菌落直径的比值,比较不同细菌的产消化酶活性。利用SPSS 20.0软件进行统计学分析,组间比较采用单因素方差分析。结果在普通卷甲虫肠道中分离出4个属9种细菌,其中气单胞菌属3种,假芽胞杆菌属和柠檬酸杆菌属各2种,芽胞杆菌属和假单胞菌属各1种。9种细菌中弗氏柠檬酸杆菌、豚鼠气单胞菌、南海假芽胞杆菌等3种细菌可产蛋白酶,嗜水气单胞菌、波特卡伦柠檬酸杆菌、水生气单胞菌、豚鼠气单胞菌和南海假芽胞杆菌等5种细菌可产纤维素酶,嗜水气单胞菌、波特卡伦柠檬酸杆菌、印度芽胞杆菌、水生气单胞菌、嗜盐假芽胞杆菌、豚鼠气单胞菌和南海假芽胞杆菌等7种细菌可产淀粉酶,未筛选到产脂肪酶细菌。统计学分析表明,3种产蛋白酶细菌和5种产纤维素酶细菌的产酶活性差异无统计学意义。而7种产淀粉酶细菌产酶的活力间差异有统计学意义,水生气单胞菌的产淀粉酶活性能力最强。结论普通卷甲虫肠道可培养细菌结构简单,但有消化酶活性的细菌种类多,5种细菌有产2种以上消化酶功能,说明肠道细菌可能在普通卷甲虫食物消化中起着重要作用。 相似文献
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赤水河是长江上游少有的仍保持自然流态的大型一级支流,是长江鱼类重要的繁衍场和珍稀物种的保护地,摸清其鱼类多样性现状及鱼类群落结构特征对赤水河水生态恢复评估极为重要。于2021年9月对赤水河流域开展了鱼类多样性、分布及其特征调查,全流域共设置52个采样点,采用环境DNA技术采集并研究了赤水河鱼类的组成及其分布。结果显示通过环境DNA方法共调查到鱼类6目18科62属77种,包含16种长江特有鱼类。以鲤形目为主,占总数的87.87%。赤水河鱼类食性以杂食性和肉食性鱼类为主,群落结构上,处于下层水环境鱼类较多;赤水河鱼类优势种为宽鳍鱲(Y=0.205)、西昌华吸鳅(Y=0.085)、麦穗鱼(Y=0.068)、乌苏拟鲿(Y=0.033)、云南光唇鱼(Y=0.027);赤水河上游和下游鱼类群落(P<0.01)和Shannon-Wiener指数差异均显著(P<0.05)。海拔、流速、pH、电导率和温度是影响赤水河鱼类多样性的主要环境因素。为环境DNA技术在赤水河鱼类多样性调查中的应用提供了探索性研究,将有助于赤水河生物多样性的保护。 相似文献
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目的:分析26例高脂血症性胰腺炎的治疗及预后,探讨高脂血症性胰腺炎的治疗特点。方法:总结我科03.8-06.10间收治的高脂血症性胰腺炎病人26例的治疗及预后。结果:在高脂血症性胰腺炎26例,其中重症病例11例,重症病例中死亡二例,手术三例,合并糖尿病4例、合并高血压、冠心病5例,在所有高脂血症性胰腺炎中除重症中2例死亡外,其余根据胰腺炎的严重程度不同采用相应的治疗办法而全部治愈。结论:高脂血症性胰腺炎的发病率相对较高,其并发病多、死亡率高,治疗以降血脂为主的多方位的综合治疗,血液净化是重症高脂血症性胰腺炎早期治疗一种较有用的方式。 相似文献