SEF14菌毛基因操纵子在肠炎沙门氏菌和D-群沙门氏菌的变异分析

【目的】本文旨在探索SEF14菌毛特异性表达于D-群沙门氏菌,特别是肠炎沙门氏菌以及都柏林沙门氏菌的原因。【方法】应用PCR扩增以及序列测定检测了18株鸡白痢沙门氏菌,11株肠炎沙门氏菌以及1株都柏林沙门氏菌标准株中sefA,sefD和sefR基因序列,并分析比对其序列变异。【结果】以11株肠炎沙门氏菌以及1株都柏林沙门氏菌染色体DNA为模板能成功扩增sefA,sefD以及sefR基因;从18株鸡白痢沙门氏菌中均能成功扩增sefA基因,但只有分离于1980年之前的7株分离菌能成功扩增sefD和sefR基因,而另11株1980年后分离菌PCR扩增sefD和sefR基因却无任何产物。比对PCR扩增产物测序结果发现,11株肠炎沙门氏菌以及1株都柏林沙门氏菌株中sefA,sefD以及sefR基因序列和已发表的序列(GenBank登录号为L11008,U07129和AF233854)100%同源;7株鸡白痢沙门氏菌sefD基因测序结果表明,在196位点处发生碱基缺失,造成移码突变,提前于氨基酸残基71位点处产生终止密码子。优化菌毛表达条件,体外抽提和纯化菌毛并进一步试验证明:肠炎沙门氏菌以及都柏林沙门氏菌体外能很好表达SEF14菌毛,但鸡白痢沙门氏菌在相同培养条件下却无任何表达迹象。【结论】SEF14菌毛操纵子亚单位基因sefA,sefD以及调节基因sefR在不同沙门氏菌中的变异情况可能是SEF14菌毛局限性表达的原因之一。     

环境病毒的宿主鉴定技术进展

病毒是地球上丰度最高的微小生命粒子,通过调控宿主的群落结构、介导宿主死亡和参与水平基因转移等方式影响着生物地球化学循环和地球生命演化。近年来,宏基因组学的发展实现了在全球尺度上对环境病毒的大规模探索和研究,大量新的病毒基因组被发掘,病毒在全球生态过程和生物地球化学循环中的角色和贡献也得到进一步认知。病毒在环境中的重要作用是通过感染宿主实现的。然而,环境病毒的宿主鉴定工作远落后于环境病毒基因组测序研究。本文综述了目前病毒宿主鉴定的主要技术及其优缺点和应用场景,总结了病毒的宿主鉴定在病毒生态学研究和生物工程领域的重要价值,并初步展望了未来病毒宿主鉴定技术的发展方向。