4种河鲀全基因组微卫星分布特征分析

本研究利用MISA软件对四种河鲀全基因组中的微卫星进行筛选并分析.结果如下:在红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)(391.49 Mb)、菊黄东方鲀(T.flavidus)(366.29 Mb)、双斑东方鲀(T.bimaculatus)(371.68 Mb)及黑青斑河鲀(Tetraodon nigroviridis)(342.40 Mb)全基因组中,分别筛选出142 885个、135 009个、147 549个和179 703个完整型微卫星.相对丰度分别为365个/Mb,369个/Mb,397个/Mb和525个/Mb.微卫星总长度分别为2 876 322 bp,2 689 710 bp,3 140 445 bp 和3 615 069 bp,分别占基因组序列总长度的0.73％,0.73％,0.84％和1.06％.在1～6个不同碱基重复类型完整型微卫星中,四种河鲀的6种碱基类型数目排序是一致的.均是单碱基重复数目最多,然后依次是二碱基、三碱基、四碱基、五碱基和六碱基.其中AC,A,C,AG,AGG,AT,AAT和AAC是四种河鲀共有的常见核心重复类别.东方鲀属(Takifugu)三种河鲀基因组微卫星分布特征极为相似,分析红鳍东方鲀和双斑东方鲀的遗传距离可能更为接近.鲀属(Tetraodon)黑青斑河鲀与其他三种东方鲀属河鲀除部分微卫星特征相似外,在微卫星总数、微卫星相对丰度和密度、部分碱基类型数目及类别方面和东方鲀属差距较大.这可能与两属鱼类地理分布及进行滑动复制的碱基组成有关,推测东方鲀属和鲀属基因组可能具有独特的进化机制.本研究为多种河鲀基因组特征分析、多种河鲀微卫星引物设计、不同属种河鲀遗传距离及亲缘关系的探究等奠定了基础.     

棉籽粕和菜籽粕替代部分鱼粉对黄颡鱼肉质及肌肉发育相关基因表达的影响

文章旨在研究菜籽粕与棉籽粕复合替代饲料鱼粉对黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)肌肉品质及肌纤维发育相关基因表达的影响。实验设计了5组等氮等能的饲料,以含鱼粉25%的处理组为对照饲料(FM),以菜籽粕与棉籽粕3﹕2混合后分别替代其中的10%、20%、30%和40%鱼粉,设置了RM10、RM20、RM30和RM40四个试验组。使用初始体质量为(2.38±0.10) g的黄颡鱼幼鱼,分别用上述5种饲料饲喂10周。试验表明,与对照组相比,菜粕棉粕混合替代水平达到20%及以上时黄颡鱼肌肉中的粗蛋白与粗脂肪显著降低,而水分和灰分则无显著差异;肌肉中的羟脯氨酸含量呈现下降的趋势;肌纤维中直径≥50μm的纤维数量随着替代水平达到20%后不断减小,而≤20μm的纤维数量则呈现上升趋势;植物蛋白源的替代也会对黄颡鱼的肌肉质构产生一定的影响。此外,肌肉纤维发育相关基因myod、myog和mrf4的mRNA水平随着替代水平上升而逐渐升高,而myf5与mstn的基因表达在各组间无显著差异。TOR通路相关基因中的akt、tor和s6k1等基因随着替代水平升高而下降, 4e-bp1则随着替代水...     

发酵菜籽粕对黄颡鱼表观消化率、肝脏及肠道健康的影响

为探究发酵菜籽粕对黄颡鱼的饲料表观消化率、肝脏及肠道健康的影响,实验以黄颡鱼(Tachysurus fulvidraco)为研究对象,共设置3组饲料,分别为对照组(Control)、未发酵菜籽粕组(URSM)和发酵菜籽粕组(FRSM),养殖实验共持续7周。研究结果表明, FRSM组的增重率(WGR)显著高于USRM组(P<0.05),而饲料系数(FCR)和肝体比(HSI)显著低于URSM组(P<0.05)。与未发酵菜籽粕原料相比,黄颡鱼对发酵菜籽粕原料的干物质、粗蛋白、粗脂肪和能量的表观消化率均增加。肝脏组织结构结果表明, URSM组黄颡鱼肝细胞空泡化的相对面积显著高于对照组和FRSM组(P<0.05)。肠道组织结构及紧密连接相关基因试验结果表明, 3组间的黄颡鱼肠道绒毛宽度无显著性差异(P>0.05),而FRSM组黄颡鱼的绒毛长度和肠道zo-1和zo-2的mRNA表达水平显著高于URSM组(P<0.05)。炎症因子相关基因测定结果表明,与URSM组相比, FRSM组黄颡鱼肝脏tnf-α、tnf-β和il-1β的mRNA表达水平显著下调,肠道tnf-α和i...