固氮粪产碱菌谷氨酰胺合成酶的构象变化及调节作用

应用园二色谱测定了粪产碱菌谷氨酰胺合成酶（ＧＳ）各构象,结果表明在Ｇｌｕ培养下ａ螺旋为２８％,β折叠为２２％,无规则卷曲占５０％;而在ＮＨ４＾＋培养下,三者相应为２０％,２０％,６０％。荧光光谱及付立叶红外光谱也证明,两种培养条件下ＧＳ的构象存在着差异。不同氮源对粪产碱菌ＧＳ的形成有显著的影响。高浓度ＮＨ４＾＋培养下ＧＳ合成受到阻遇,而Ｇｌｕ或低浓度ＮＨ４＾＋则对ＧＳ合成无明显的影响。ＮＨ４＾＋培     

固氮粪产碱菌谷氨酰胺合成酶的分离纯化及其特性

联合固氮细菌粪产碱菌Ａ１５０１菌体经超声破碎后,无细胞粗提液以ＰＥＧ－６０００分级沉淀,丙酮沉淀,再经蓝球脂糖亲和层析分离、纯化。获得的纯谷氨酰胺合成酶（ＧＳ）在ＳＤＳ－ＰＡＧＥ和４－３０％梯度ＰＡＧＥ上均呈均一的一条带。ＧＳ亚基及整酶分子量分别为５５ＫＤ和６４５ｋＤ,亚基由４５６个氨基酸残基组成。ＧＳ的Ｋｍ值。在以Ｇｌｕ为源的介质中培养时分别为２０ｍｍｏｌ／Ｌ（Ｇｌｕ）,５０ｍｍｏｌ／Ｌ（ＡＴＰ     

基于功能一致性和网络拓扑属性预测冠心病致病基因

基于功能一致性利用蛋白质互作网络挖掘潜在的疾病致病基因,对于了解疾病致病机理和改进临床治疗至关重要．基于基因功能一致性和其在蛋白质互作网络中的拓扑属性将基因与疾病之间建立关联,对疾病风险位点内的基因进行了致病风险预测,并通过GO及KEGG功能富集分析方法进一步筛选,预测出新的致病基因．预测出了51个新的冠心病致病基因,分析发现大部分基因参与了冠心病的致病过程．为疾病基因的挖掘提出一个新的思路,从而有助于复杂疾病致病机理的研究．     

致心律失常性右心室心肌病致病蛋白的挖掘

目的:鉴定疾病蛋白对深入理解致心律失常性右心室心肌病(ARVC)致病机制至关重要。可以采用计算生物学的方法,在ARVC疾病相关网络中挖掘新的潜在的致病蛋白。方法:本文整合HPRD和BioGRID的蛋白质互作数据,获得了较为全面且真实可靠的蛋白质互作数据;通过结合文本挖掘和统计学检验筛选出ARVC种子蛋白,应用最近邻居扩增的方法,构建ARVC蛋白质互作网络(PPIN),并采用PRINCESS法则对网络中每对互作蛋白加权;最后,基于ARVC关联得分策略对网络中的每个蛋白质打分并排秩。结果:分析发现排秩前50的候选蛋白大都与ARVC关系密切,如PRKCA,CDH1,SMAD4,SMAD2,CDH5,CTNNA1,DSC1等在调节心肌收缩、细胞程序性死亡、心脏的发育过程及维持桥粒的完整性方面起重要作用。结论:我们提出的方法为鉴定与ARVC致病机制相关的新致病蛋白提供了有效的途径。     

固氮粪产碱菌谷氨酰胺合成酶的分离纯化及其特性

联合固氮细菌粪产碱菌（Ａｌｃａｌｉｇｅｎｅｓｆａｅｃａｌｉｓ）Ａ１５０１菌体经超声破碎后,无细胞粗提液以ＰＥＧ－６０００分级沉淀,丙酮沉淀,再经蓝琼脂糖（ＢｌｕｅＳｅｐｈａｒｏｓｅＣＬ－６８）亲和层析分离、纯化。获得的纯谷氨酰胺合成酶（ＧＳ）在ＳＤＳ－ＰＡＧＥ和４－３０％梯度ＰＡＧＥ上均呈均一的一条带。ＧＳ亚基及整酶分子量分别为５５ｋＤ和６４５ｋＤ,亚基由４５６个氨基酸残基组成。ＧＳ的Ｋｍ值,在以Ｇｌｕ为氮源的介质中培养时分别为２０ｍｍｏｌ／Ｌ（Ｇｌｕ）,５０ｍｍｏｌ／Ｌ（ＡＴＰ）和４５ｍｍｏｌ／Ｌ（ＮＨ~＋_４）;在以ＮＨ~＋_４为氮源的介质中培养时则分别为７０ｍｍｏｌ／Ｌ（Ｇｌｕ）,４９ｍｍｏｌ／Ｌ（ＡＴＰ）和８０ｍｍｏｌ／Ｌ（ＮＨ~＋_４）,表明ＮＨ~＋_４培养下形成高度腺苷化的ＧＳ对Ｇｌｕ及ＮＨ~＋_４的亲和力有所下降。     

固氮粪产碱菌谷氨酰胺合成酶的构象变化及调节作用

应用园二色谱测定了粪产碱菌（Ａｌｃａｌｉｇｅｎｅｓｆａｅｃａｌｉｓ）谷氨酰胺合成酶（ＧＳ）各构象,结果表明在Ｇｌｕ培养下α螺旋为２８％,β折叠为２２％,无规则卷曲占５０％;而在ＮＨ~＋_４培养下,三者相应为２０％,２０％,６０％。荧光光谱及付立叶红外光谱也证明,两种培养条件下ＧＳ的构象存在着差异。不同氮源对粪产碱菌ＧＳ的形成有显著的影响。高浓度ＮＨ~＋_４培养下ＧＳ合成受到阻遇,而Ｇｌｕ或低浓度ＮＨ~＋_４则对ＧＳ合成无明显的影响。ＮＨ~＋_４对固氮酶活性瞬间抑制可以被ＧＳ的抑制剂部分消除,但ＧＳ活性也受抑制。     

基于功能一致性预测冠心病致病基因

目的:为了解疾病致病机理和改进临床治疗,基于功能一致性挖掘潜在的疾病致病基因.方法:本文基于功能一致性基因的共定位特性,结合蛋白质互作网络拓扑结构,获取疾病候选基因集,并通过GO及KEGG功能富集分析方法进一步筛选,预测出新的致病基因.结果:挖掘得到的59个冠心病致病基因通过文献证实绝大部分基因与疾病的发生发展存在着联系.结论:本方法具有可行性,研究者能够在此基础上很好地进行疾病致病机理的研究.     

人类蛋白质结构互作网络——结构域对网络拓扑与蛋白质功能的影响

高通量的蛋白质互作数据与结构域互作数据的出现,使得在蛋白质组学领域内研究人类蛋白质结构互作网络,进一步揭示蛋白质结构与功能间的潜在关系成为可能.蛋白质上广泛分布的结构域被认为是蛋白质结构、功能以及进化的基本功能单元.然而,结合蛋白质的结构信息(例如蛋白质结构域数目、长度和覆盖率等)来研究这些表象后的内部机制仍然面临着挑战.将蛋白质分为单结构域蛋白质与多结构域蛋白质,并进一步结合蛋白质互作信息与结构域互作信息构建了人类蛋白质结构互作网络;通过与人类蛋白质互作网络进行比较,研究了人类蛋白质结构互作网络的特殊结构特征;对于单结构域蛋白质与多结构域蛋白质,分别进行了功能富集分析、功能离散度分析以及功能一致性分析等.结果发现,将结构域互作信息综合考虑进来后,人类蛋白质结构互作网络可以提供更多的单纯的蛋白质互作网络无法提供的细节信息,揭示蛋白质互作网络的复杂性.