基于SSR标记的黔南茶树种质资源DNA指纹图谱构建

以黔南60个野生茶树种质资源为材料,使用15对引物,通过SSR技术进行了DNA指纹数据库的构建。结果显示,所采用的15对引物共扩增出147个等位基因,有较好的多态性。位点的期望杂合度和多态性信息含量的变化范围分别为0.128~0.939和0.124~0.927,平均值分别为0.602和0.572。综合各项指标筛选出6对引物QNSSR01、QNSSR02、QNSSR04、QNSSR06、QNSSR18、QNSSR23上的23个等位基因用于黔南茶树种质资源DNA指纹图谱构建,60个茶树种质资源的SSR指纹图谱互不相同,可以作为各材料特定的图谱。研究结果为黔南茶树种质资源保护和品种创新利用奠定了基础。     

黔南60份茶树种质资源遗传多样性的SSR分析

为探索黔南野生茶树种质资源的遗传多样性,利用SSR分子标记技术,对黔南60份茶树资源进行了DNA遗传多样性分析。结果表明:15对引物均显示多态性,基因多态性百分率为98.64%。15对SSR引物共扩增出147个观测等位基因和73.778 6个有效等位基因,平均每个引物扩增9.8个观测等位基因,4.918 6个有效等位基因。15个通用位点共产生280种基因型,平均每个位点18.7种基因型。遗传多态信息量变异范围为0.123 9~0.926 8,平均0.572 5,平均观测杂合度、平均期望杂合度和平均Shannons信息指数分别为0.470 0、0.602 3、1.464 4。经聚类分析后,60份材料间遗传相似系数在0.205 1~0.863 6之间,以平均遗传相似系数0.477 5为阈值,可将60份种质资源聚为8个类群,其在分子遗传水平上的分类结果与其材料来源分类的结果并不完全一致,而且材料来源地间遗传距离与地理距离不存在显著的相关性,有少部分同一来源的材料分散在各个类群中。研究认为,黔南茶树资源间的遗传差异较大,遗传基础较宽,具有丰富的遗传多样性。     

基于高通量测序的都匀地区福鼎大白种茶树根茎叶分析

为探究茶树中茶多酚等产物代谢途径的相关基因,该研究以贵州都匀地区福鼎大白种茶树的根茎叶为对象,利用高通量测序技术构建茶的转录组数据库并筛选其根茎叶差异表达基因。结果表明:共获得70.88 Gb Clean Data,各样品Clean Data均达到6.33 Gb,Q30碱基百分比在93.22%以上。将Clean Reads与中国种茶树参考基因组进行序列比对,比对效率从87.83%到91.14%。基于比对结果,进行可变剪接预测分析和基因结构优化分析,发掘新基因13 531个,其中10 244个得到功能注释。利用FPKM进行基因表达量分析,根据基因在不同样品中表达量识别差异表达基因。叶与茎的差异基因有5 595个,其中2 769个在茎中上调,2 826个下调,叶与根有9 650个差异基因,5 056个上调,4 594个下调,茎与根中有5 644个差异基因,2 938个上调,2 706个下调,并通过GO和KEGG分析,将差异基因进行功能注释和富集分析。上述结果为揭示都匀地区福鼎大白种茶参与类黄酮、茶氨酸和咖啡碱等代谢途径相关的基因提供了参考,为选育优良品种等提供了理论依据。