基于微流控芯片的鲑科鱼类单核苷酸多态性分型系统构建

为开发针对大规模样本、低通量位点的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism, SNP)分型技术, 研究依据虹鳟高通量SNP芯片检测鲑科4个属不同物种群体样本的结果, 筛选获得了96个高质量共享多态性位点, 应用Fluidigm 96.96微流控动态芯片平台, 构建了用于鲑科物种增殖放流个体识别的SNP分型系统。以细鳞鲑为例评估芯片分型结果可靠性, 分型成功率为98.63%, 与Affymetrix高通量芯片分型一致性达到97.92%。基于该芯片分型结果, 使用CERVUS 3.0.7软件对96尾细鳞鲑子代样本及其候选亲本和干扰亲本进行亲权鉴定, 结果能够准确重现复杂家系的真实系谱, 在用于单亲本亲权鉴定时, 第一亲本非排除率(Non-exclusion probability for first parent, NE-1P)为4.362×10–4, 用于双亲本亲权鉴定时, 双亲非排除率(Non-exclusion probability for parent pair, NE-PP)为6.538×10–12, 完全满足增殖放流回捕个体分子鉴定的需求。基于该芯片分型数据进行STRUCTURE遗传结构分析, 可以明确区分不同来源野生群体的遗传组分, 并对待测个体的遗传组分进行初步判别, 能够满足种群遗传结构初步评估的需求。研究构建的包含96个位点的SNP分型系统, 适合应用于鲑科鱼类增殖放流个体识别、种群遗传结构动态评估, 以及在此基础上开展的增殖放流效果评估。