基于组合探针识别的大规模细菌分类16 S rRNA基因芯片设计

随着16 S rRNA序列资源的不断丰富,以及寡核苷酸微阵列基因芯片技术的不断进步,检测复杂微生物菌落中的微生物种群构成成为可能．现有的序列特异性探针设计算法缺乏足够的覆盖度、灵活性以及效率,不能满足大规模细菌检测基因芯片的设计要求．很多组特异性探针设计算法的思路多局限于针对某个目标序列组设计唯一的组特异性探针．在很多应用场合,设计单个探针检测组内所有目标序列的目标是很难达到的．因此,设计多个探针通过组合方式进行检测是很有必要的．每个探针能特异性地检测组内一部分目标序列,通过组合就能提高覆盖率．然而,在所有可能的探针组合中找到一个优化的探针组合是很耗时的．提出了一个可行的基于相对熵和遗传算法的组合探针设计算法．     

微RNA-375的抑癌机制

微RNA-375（microRNA-375,miR-375）是最早在胰腺组织中发现的微RNA,参与胰岛的形成和发展,具有调节胰岛素分泌的功能. 新近研究发现,miR-375在多种肿瘤组织（包括呼吸系统、消化系统、泌尿生殖系统、皮肤和妇科肿瘤组织）中和食管鳞状细胞癌、肝癌和胰腺癌患者外周血中明显表达异常. miR 375可通过调控多个靶基因（如：3-磷酸肌醇依赖性蛋白激酶1、14-3-3ζ、Janus激酶2、p53、丝裂原活化蛋白激酶、Wnt、血管内皮生长因子、胰岛素样生长因子 1受体、星形胶质细胞升高基因 1/异黏蛋白、地塞米松诱导的Ras相关蛋白1和特异蛋白1等相关基因）,参与肿瘤的发生和发展过程. 提高细胞内miR 375的水平能够抑制肿瘤细胞（如：头颈鳞癌、胃癌、食管鳞癌、黑色素瘤和乳腺癌等肿瘤细胞）的增殖和迁移. 因此,具有抑癌活性的miR 375是一种有临床价值的新型肿瘤分子标志物和肿瘤靶向治疗的新靶点.