基于组合探针识别的大规模细菌分类16 S rRNA基因芯片设计

随着16 S rRNA序列资源的不断丰富,以及寡核苷酸微阵列基因芯片技术的不断进步,检测复杂微生物菌落中的微生物种群构成成为可能．现有的序列特异性探针设计算法缺乏足够的覆盖度、灵活性以及效率,不能满足大规模细菌检测基因芯片的设计要求．很多组特异性探针设计算法的思路多局限于针对某个目标序列组设计唯一的组特异性探针．在很多应用场合,设计单个探针检测组内所有目标序列的目标是很难达到的．因此,设计多个探针通过组合方式进行检测是很有必要的．每个探针能特异性地检测组内一部分目标序列,通过组合就能提高覆盖率．然而,在所有可能的探针组合中找到一个优化的探针组合是很耗时的．提出了一个可行的基于相对熵和遗传算法的组合探针设计算法．     

应用蛋白质组学的方法分析缺铁培养对化脓性链球菌MGAS5005的影响

【目的】研究铁缺失对化脓性链球菌的影响,并寻找摄铁系统中的关键蛋白。【方法】以化脓链球菌为模型,利用含Fe和不含Fe的培养基对细菌进行培养,收集全细胞蛋白进行双向电泳,定量软件分析电泳图谱,质谱鉴定差异蛋白,进而通过生物信息学分析蛋白上下游关系,从中找到关键蛋白。【结果】鉴定出20个差异蛋白,并用Cytoscape软件对差异蛋白相互关系网络进行节点分析找到其中5个瓶颈分子。【结论】在培养基中的Fe3+缺乏时,细菌的生物合成和含氮化合物、生物大分子等重要代谢受到很大影响,这为进一步阐明细菌铁代谢机制奠定了基础。     

WLL-1株博卡病毒(Bocavirus)全基因组序列分析

儿童下呼吸道感染已成为当前儿科发病率最高的一种疾病,而病毒是小儿下呼吸道感染的重要原因。临床上有相当比例的小儿下呼吸道感染病因未能作出明确的实验室诊断,给临床诊断与治疗带来了较大的困难。小儿下呼吸道感染可以由不同病毒引起,其中包括呼吸道合胞病毒、流感病毒、腺     

依赖于5′端非编码区高级结构的真核生物mRNA翻译调控

翻译水平的调控是真核基因表达调控的重要环节.近年来的研究表明,许多真核基因的翻译依赖于RNA5′端非编码区的结构元件.一些小结构元件,如铁离子反应元件,具有1个茎环结构,由铁离子介导控制转铁蛋白的翻译.核糖开关通过结合特定代谢分子在2种结构状态下切换,调控可变剪接和翻译起始.另1个高度结构化的mRNA元件是内部核糖体进入位点,通过富集核糖体和起始因子促进基因的表达.本文综述了依赖于小结构元件、内部核糖体进入位点和核糖开关的真核基因翻译起始调控相应的研究成果和研究方法.对于研究的前景以及可能存在的挑战也作出阐述.     

依赖于5′端非编码区高级结构的真核生物mRNA翻译调控

翻译水平的调控是真核基因表达调控的重要环节.近年来的研究表明,许多真核基因的翻译依赖于RNA 5′端非编码区的结构元件.一些小结构元件,如铁离子反应元件,具有1个茎环结构,由铁离子介导控制转铁蛋白的翻译. 核糖开关通过结合特定代谢分子在2种结构状态下切换,调控可变剪接和翻译起始.另1个高度结构化的mRNA元件是内部核糖体进入位点,通过富集核糖体和起始因子促进基因的表达.本文综述了依赖于小结构元件、内部核糖体进入位点和核糖开关的真核基因翻译起始调控相应的研究成果和研究方法.对于研究的前景以及可能存在的挑战也作出阐述.