拮抗放线菌B-20的种类鉴定及其16S rDNA序列分析

对分离自东北蔬菜保护地土壤的1株拮抗放线菌菌株B-20进行了形态特征、培养特征、生理生化、细胞壁组分分析及16S rDNA序列分析。基内菌丝无横隔、不断裂,气生菌丝多分枝;孢子丝波曲至螺旋形,孢子椭圆形,表面光滑。细胞壁化学组分Ⅰ型。以16s rDNA序列为基础构建了包括13株相关种属细菌在内的系统发育树。根据多相分类鉴定结果表明,放线菌B-20的上述特征与淡紫灰链霉菌(Streptomyces lavendulae)的高度一致。二者的16S rDNA序列的相似性达到了99%。因此,可将链霉菌B-20定名为淡紫灰链霉菌B-20 (S.lavendulae B-20)。     

基于集成的共表达网络分析方法研究3种癌症的肿瘤相关模块

在肿瘤/癌旁基因表达数据中,差异表达 (DE,differential expression) 代表各种生物条件下基因表达水平的变化,而差异共表达 (DC,differential co-expression) 代表基因对之间相关系数的变化。单独的DC和DE研究方法已经被广泛应用于人类疾病研究中。但是,目前仍然缺乏有效整合DC和DE的分析方法。文中提出一个新颖的分析框架DC&DEmodule,该框架可以基于共表达模块整合DC和DE的特征,并同时整合多个肿瘤/癌旁表达谱的信息,用以识别与疾病相关的基因共表达模块,包括激活模块 (肿瘤样本中上调且共表达增强) 和失能模块 (肿瘤样本中下调且失去共表达)。将该框架用于分析肝癌、胃癌和结直肠癌各两组微阵列数据,分别得到肝癌、胃癌和结直肠癌的2、5和2个激活模块以及5、5和1个失能模块。富集分析表明与同类方法相比,文中的方法在检测已知的肿瘤相关通路和发现新通路方面均具有更高的灵敏度。然后,进一步从这3种癌症的激活模块中鉴定出17、69和11个模块关键基因,其中包含53个已报道的预后生物标志物以及3个分别与3种癌症存活率显著相关的新预后标志物。基于关键基因训练了3种癌症的随机森林模型,用于区分TCGA(The Cancer Genome Atlas) 和GEO (Gene Expression Omnibus)数据库中的肿瘤和癌旁样本,结果显示其分类的平均准确性达到了93%。三种癌症的比较为不同癌症的共有和组织特异性机制提供了新的见解。一系列评估表明,DC&DEmodule框架能够整合公共数据库中快速积累的表达谱,发现更多疾病中功能失调的生物过程。     

硬肉桃果实成熟前后几种与果实软化相关的生理指标的变化

比较桃品种'川中岛白桃'(一般常规桃)和'双久红'(硬肉桃)成熟前后20 d内果肉硬度、乙烯释放量和活性氧代谢有关指标的变化结果表明:两品种桃成熟前后20 d内O2产生速率、H2O2含量、丙二醛(MDA)含量和脂氧合酶(LOX)活性均持续上升,'双久红'果实明显低于'川中岛白桃';在成熟前20 d内两者的超氧化物歧化酶(SOD)和过氧化物~(POD)活性均呈下降趋势,果实成熟后20 d内SOD活性先上升后下降,而POD活性则持续上升;过氧化氢酶(CAT)活性在成熟前20～10 d内上升.以后呈下降趋势.果实成熟后'双久红'的SOD、POD和CAT活性均明显的高于'川中岛白桃'.     

细胞外基质蛋白质预测工具研究进展

细胞外基质蛋白质在细胞的一系列生物过程中发挥着重要作用,它的异常调节会导致很多重大疾病。理论细胞外基质蛋白质参考数据是实现细胞外基质蛋白质高效鉴定的基础,研究者们已经基于机器学习的方法开发出一系列的细胞外基质蛋白质预测工具。文中首先阐述了基于机器学习模型构建细胞外基质蛋白质预测工具的基本流程,之后以工具为单位总结了已有细胞外基质蛋白质预测工具的研究成果,最后提出了细胞外基质蛋白质预测工具目前面临的问题和可能的优化方法。     

硬肉桃果实成熟前后钙含量和钙ATP酶活性的变化及其与果实硬度的关系

以硬肉桃新品种‘双久红’果实为试材,以常规优良品种‘川中岛白桃’为对照,分别研究了成熟前20d和成熟后20d内两品种果实中钙含量和Ca^2＋-ATP酶活性变化以及它们与果肉硬度关系的结果表明：‘双久红’果实的总钙和Ca^2＋含量从成熟前15d开始极显著高于同期‘川中岛白桃’的,两者与果实硬度变化呈极显著相关（P〈0．01）,随着果实的成熟两者均呈下降趋势,Ca^2＋-ATP酶的调控能力也逐渐减弱,但‘双久红’果实中的Ca^2＋-ATP酶活性比‘川中岛白桃’高一些。     

聚酮类化合物生物合成基因簇与药物筛选

由微生物和植物产生的聚酮类化合物的数量极其庞大,是一大类结构多样化和生物活性多样性的天然产物,已经成为新药的重要来源.介绍了3种类型聚酮类化合物生物合成基因簇的特点,即以模块形式存在的I型聚酮合酶,包含一套可重复使用结构域的Ⅱ型聚酮合酶以及不需要ACP参与,以植物中的查耳酮合酶为代表的Ⅲ型聚酮合酶.同时,还介绍了基于3种类型聚酮类化合物生物合成基因的特点,利用分子生物学方法构建筛选探针,进行当前药物基因筛选的进展.