一种快速高效的全基因组甲基化CpG岛富集方法的建立

高甲基化的CpG岛所致基因表观遗传学转录失活已经成为肿瘤表观基因组学研究的重要内容。现在已有很多检测CpG岛甲基化的方法,但由于各自的局限,还没有建立一种能快速在全基因组水平上进行甲基化CpG岛的富集方法。本研究利用甲基化结合蛋白MBD2b具有特异性结合甲基化DNA的特性, 建立了一种基于DNA免疫共沉淀技术的全基因组甲基化CpG岛的富集方法。在大肠杆菌中表达重组的GST-MBD2b蛋白,通过Glutathione Sepharose 4B对重组蛋白进行纯化,制备成亲和层析柱,利用在不同的盐离子强度下甲基化DNA和非甲基化DNA的结合能力不同,对甲基化DNA进行富集。用甲基化酶SssI处理过的DNA片段与非甲基化DNA片段进行富集效率的检测,发现0.5M KCl的浓度是甲基化DNA片段和非甲基化DNA片段得以分开的临界条件。样品的富集效率用Real Time PCR进行检测。结果表明,这种方法能够实现对全基因组甲基化DNA的有效富集且最高的富集倍数可达到100多倍。富集到的甲基化DNA可以进行后续的定量PCR, DNA测序和全基因组芯片的分析等工作,为大规模分析全基因组CpG 岛甲基化的改变奠定了基础。     

二甲基胂酸抑制胃癌细胞增殖的研究

目的:探讨二甲基胂酸(DMAA)对SGC7901胃癌细胞增殖的抑制作用及其可能的机制.方法:依次用5,10,15,20,25,30mmol/L二甲基胂酸处理培养的SGC7901胃癌细胞24 hrs,在5 mmol/L和10 mmol/L的浓度下分别处理6,12,18.24,30,36,42,48hrs,用MTT计数法测定DMAA对肿瘤细胞增殖的抑制率,用激光共聚焦显微镜检测细胞形态变化以及用DNA凝胶电泳检测细胞凋亡.结果:DMAA在不同浓度下对肿瘤细胞的抑制作用呈现典型的双曲线,即随着浓度的增加DMAA对胃癌细胞的抑制率不断增加并逐渐趋于稳定;在形态学上DMAA在低浓度下引起胃癌细胞的胞膜出泡、核固缩、染色体断裂和凋亡小体等典型的细胞凋亡的变化,而在高浓度下主要引起细胞坏死;DNA凝胶电泳结果显示,在低浓度DMAA作用下胃癌细胞DNA呈现细胞凋亡的梯状带型,而在高浓度下梯状带型则消失.结论:DMAA抑制胃癌细胞的增殖,其在低浓度时能有效诱导胃癌SGC 7901细胞凋亡,而在高浓度时使胃癌细胞坏死而死亡.