稠油藏不同开发方式地层水微生物群落功能多样性

人工干预后稠油藏内部微生物群落会发生复杂变化,为进一步明确微生物活性和代谢多样性,选取辽河油田不同开发方式内8口采油井,利用佰珞生态(Biolog-ecology,Biolog-ECO)技术解析地层水微生物群落功能多样性特征.结果显示,地层水微生物群落对多聚物类和氨基酸类代谢最显著,碳水化合物和羧酸类次之,对胺类和酚类化合物代谢程度最低.微生物群落颜色平均变化率(AWCD)的趋势为蒸汽吞吐驱(SS)＞聚合物驱(PF)＞蒸汽驱(SF),香农-威纳多样性指数(H')、辛普森优势度指数(D)及皮卢均匀度指数(J)的趋势为PF＞SS＞SF.采样井由水驱(WF)开发转变为PF开发后,微生物群落在油水体系中发生较大变异,多样性指数高于其他开采方式,表现出较高代谢多样性.SS开发温度梯度范围是46～350℃比SF开发的37～290℃范围更宽泛,意味着微生物可选择适宜的环境生长繁殖,其碳源代谢活性强于其他开采方式.研究表明,SS和PF开发地层水微生物群落对碳源利用能力强,其结果为了解复杂稠油藏内部微生物资源和代谢特征以及后续内源激活、功能微生物定向筛培等应用提供参考.     

原核微生物之菌和微菌

本文明确了对于现行中文对原核微生物习惯命名中的虚字"菌"字,在定义希腊文名词bios和新拉丁文名词bius-um-a时可具有实际意义。与微(micro/mikros)组合时,表示有尺寸特征,但这种特征与其他原核微生物的尺寸区别不大,有待实践中进一步细化。本文总结80多属460多种和亚种的微生物,提出命名法能够表达的微生物特征层次,进一步明确这些种属的细菌属性,以促进国内外交流。     

原核微生物之竿菌

140多年前发表的竿菌和杆(小杆)菌同属最早发现和定名的细菌类之一,迄今已有成百上千的菌种得到鉴定、分类和命名。中文微生物学命名和整理滞后,引发了一些不必要的麻烦和困惑,不利于我国微生物学的普及发展和国际交流。本文试图对已经合格发表的近100属1 130多种竿菌进行系统的形态学(含芽孢和/或孢子)、生境、生物化学和细菌属性梳理和分类,理清和制定竿菌种属的中文-拉丁文互译规则,有利于推动中外交流和发展。     

基于二代高通量测序技术的新型冠状肺炎病毒S朊突变点分析

通过对美国华盛顿洲在2020年3至4月底爆发的新冠肺炎病人二代高通量测序数据分析,找出新冠病毒刺突糖蛋白(简称S朊)中存在的所有突变类型,为研究病毒在体内复制的突变规律及研究疫苗提供基础资料。利用NCBI中公布的130例美国华盛顿区报道的新冠肺炎病人二代高通量测序数据,进行序列组装,并对其朊编码基因进行深度突变分析,找出其潜在的疑似抗原变异位点(antigen variation,以下简称突变点)。排除30条未获全长的数据,共获得100份病人完整的SARS-CoV-2序列,其S朊编码基因,主要突变点集中在S1区的SP区及受体结合区(RBD)之前的间隔区(突变区基本呈连续分布:126aa～153aa, 194aa～204aa)和S2区的1250aa～1270aa区。100份样本的数据研究结果显示,新冠病毒S基因在病人体内复制过程中较为稳定,编码氨基酸的突变点(突变频率15%)呈单样本散在分布,且S2区较S1区更为稳定。未在新冠病毒的RBD区找到突变率20%的点,而S区散在零星突变区域主要集中在S1区间隔区(126aa～153aa, 194aa～204aa处,且基本呈连续分布)和S2末端约20aa处。     

与日本有关的一些原核微生物种属的规范和分类

以地理位置和人名命名是原核微生物命名中最常见的方式之一。基于中日(东亚汉语圈)同文,从拉丁文转译时,错译和/或误译涉及日本和琉球的菌名是不允许的。本文初步介绍一些涉及日本和琉球地名、机构和人名的原核微生物,提出了机构简写的中文规范命名,指出日本有优势的领域如放线菌研究,从打破文化隔阂的角度,藉此加强中日微生物领域的交流与合作。     

球类原核微生物

球类或类球(果菌、球菌、璆菌、卵菌、橄菌等)微生物是原核微生物最早发现、最重要和最常见的细胞生命形态之一,迄今已有果菌140余属800多种60多亚种,球菌30余属60多种,璆菌10余属20多种,八球菌7属40多种,橄菌9属10多种,卵菌10余属30多种,合计约210属1 000余种和亚种。国内外对这些微生物的总结分析较少,本文试图对此进行系统的总结和规范,明确其形态特征、生境、生化、多样性和域归属,以推动对此类微生物分类和功能的进一步研发,推动国际间的交流与合作。     

原核微生物之杆菌和小杆菌

原核微生物的发现已有约340年,成千上万的原核微生物被发现和命名。近年来,随着分子生物学技术的发展,众多新的种属已经得到鉴定和命名,对这些微生物系统的总结并对中文命名系统适当调整已迫在眉睫。本文试图对人类发现最早、总量最多的350多属1 500多种杆菌和120多属1 200多种小杆菌进行总结和归纳,从生境、形态学(动静态、形状和尺寸)、生物化学、细菌和古菌属性等特征层次规范这类菌属的命名,期盼有助于推动国内外微生物分类学发展,有利于推动国际交流与合作。     

甲壳酶特性与应用研究

本文阐明了甲壳酶(甲壳素酶和壳聚糖酶)的物理化学酶学性质,并着重对甲壳酶的结构、催化机制和其多方面应用进行了论述,同时还简介了相关甲壳素脱乙酰酶和溶菌酶等的概况。     

原核微生物的硫功能菌

总结迄今已经发现鉴定的原核微生物中磂菌48属150多种,绿硫菌6属20余种,紫硫菌33属近百种,硫菌23属56种,脱硫化功能菌50属210多种,脱硫和脱硫化物功能菌20多属50多种,硫歧化菌1属3种,共计170余属600余种。这些硫菌根据功能分类,大致上可以分成硫氧化、硫还原和硫歧化菌,对于自然界硫循环起着至关重要的作用。