| 基于二代高通量测序技术的新型冠状肺炎病毒S朊突变点分析 |
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| 引用本文： | 徐朋朋,李爽,金德才,万云洋.基于二代高通量测序技术的新型冠状肺炎病毒S朊突变点分析[J].微生物学杂志,2021(1):52-57. |
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| 作者姓名： | 徐朋朋 李爽 金德才 万云洋 |
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| 作者单位： | 1.南京普维康生物科技有限公司，江苏 南京 210017；2.中国石油大学（北京） 油气资源与探测国家重点实验室地层微生物资源与应用研究中心 非常规油气科学技术研究院，北京 102249;华北理工大学 实验动物中心，河北 唐山 063210;中国科学院 生态环境研究中心，北京 100085 |
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| 基金项目： | 科技新星和领军人才培育计划项目 (Z161100004916033);中国石油大学（北京）前瞻导向项目 (ZX20190209);中国石油天然气集团有限公司-中国石油大学（北京）战略合作科技专项（ZLZX2020010805，ZLZX2020020405） |
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| 摘 要： | 通过对美国华盛顿洲在2020年3至4月底爆发的新冠肺炎病人二代高通量测序数据分析,找出新冠病毒刺突糖蛋白(简称S朊)中存在的所有突变类型,为研究病毒在体内复制的突变规律及研究疫苗提供基础资料。利用NCBI中公布的130例美国华盛顿区报道的新冠肺炎病人二代高通量测序数据,进行序列组装,并对其朊编码基因进行深度突变分析,找出其潜在的疑似抗原变异位点(antigen variation,以下简称突变点)。排除30条未获全长的数据,共获得100份病人完整的SARS-CoV-2序列,其S朊编码基因,主要突变点集中在S1区的SP区及受体结合区(RBD)之前的间隔区(突变区基本呈连续分布:126aa～153aa, 194aa～204aa)和S2区的1250aa～1270aa区。100份样本的数据研究结果显示,新冠病毒S基因在病人体内复制过程中较为稳定,编码氨基酸的突变点(突变频率15%)呈单样本散在分布,且S2区较S1区更为稳定。未在新冠病毒的RBD区找到突变率20%的点,而S区散在零星突变区域主要集中在S1区间隔区(126aa～153aa, 194aa～204aa处,且基本呈连续分布)和S2末端约20aa处。
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| 关 键 词： | 二代高通量测序 新型冠状肺炎病毒 新型冠状病毒肺炎 刺突糖朊 突变点 |
Analysis of Mutation Sites of SRAR-CoV-2 Spike Glycoprotein Based on Second-Generation Sequencing |
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| XU Peng-peng,LI Shuang,JIN De-cai,WAN Yun-yang.Analysis of Mutation Sites of SRAR-CoV-2 Spike Glycoprotein Based on Second-Generation Sequencing[J].Journal of Microbiology,2021(1):52-57. |
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| Authors: | XU Peng-peng LI Shuang JIN De-cai WAN Yun-yang |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | second-generation sequencing new coronal pneumonia virus COVID-19 spike glycoprotein mutation site |
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