虎斑颈槽蛇肠道微生物组成和分布特征

蛇类是一种研究能量平衡的模型动物，而肠道微生物则帮助宿主获取能量和营养。大多数肠道微生物的研究集中在圈养动物上，而对于野生蛇类的研究很少。本研究从3只野生虎斑颈槽蛇（Rhabdophis tigrinus）的大肠、小肠和泄殖腔内容物提取微生物总DNA，进行16S rRNA基因V4区域扩增子测序，分析虎斑颈槽蛇肠道核心微生物组成和分布特征。结果表明，阿尔法指数在不同肠道区域的多样性不存在显著性差异。大肠、小肠和泄殖腔3个肠道部位共享534个操作分类单元（OTUs），大肠包含最多特有OTUs（388个）。门水平，梭杆菌门（Fusobacteria）在小肠（52.87% ± 14.49%）、大肠（41.12% ± 22.60%）和泄殖腔（65.70% ± 10.44%）均为优势菌。属水平，鲸杆菌属（Cetobacterium）在小肠（46.36% ± 13.86%）、大肠（21.95% ± 9.82%）和泄殖腔（58.18% ± 14.29%）为优势菌，柠檬酸杆菌属（Citrobacter）在小肠和泄殖腔中有显著性差异。此外，在其肠道检测到很多潜在的致病菌，例如，柠檬酸杆菌属、明串珠菌属（Trichococcus）和丹毒丝菌属（Erysipelothrix），了解了潜在致病菌在虎斑颈槽蛇肠道中的分布情况。在聚类分析中发现泄殖腔的数据重复性较好，将本研究泄殖腔数据与前人研究过的食鱼蝮（Agkistrodon piscivorus）泄殖腔高通量测序数据进行联合分析，为更广泛开展不同蛇类肠道微生物组成的差异性分析提供理论借鉴依据。