高通量流式荧光微球悬液芯片检测乙肝病毒基因分型

目的:建立HBV基因分型高通量液相芯片检测技术,并探讨其应用价值.方法:对GenBank中收录的明确分型的HBV基因序列进行分析,选择preS2-S区设计引物和A、B、C和D型特异性探针.与荧光编码微球偶联的特异型探针与一条引物生物素标记的PCR产物直接杂交反应,然后结合亲和素标记的藻红蛋白,用流式检测仪(Bio-Plex 200)检测荧光信号.检测182份阳性乙肝患者血清DNA,其中35份样品检测结果与测序法比较.用B、C型质粒DNA倍比稀释及混合样品检测灵敏度来评估该方法.结果:建立了HBV基因分型的快速高通量液相芯片检测方法.182份患者血清检测结果为:B型占24.2％ (44/182),C型占71.4％(130/182),D型为6.6 ％(12/182),BC混合型4.4％(8/182).其中35份样本与测序法比较,除3份混合型测序法未检出外,其它32例结果均相同本方法的灵敏度检测下线为1×103 copies/mL.结论:应用悬液芯片技术进行乙肝病毒的基因分型分析,具有较好的特异性和较高的灵敏度,并有简便、灵活和高通量等优势.该检测系统不仅在科研中有广泛的前景,也有望成为临床推广的多重分子诊断和基因分型的新方法.     

应用TDI-FP技术分析宫颈癌组织HPV16 E7基因A647G点突变

模板指导的末端碱基掺入反应结合荧光偏振检测技术(template direct dye-terminator incorporation with fluorescence- polarization,TDI-FP) 是SNP检测新技术. 应用TDI-FP方法分析中国陕西HPV16阳性宫颈组织HPV16 E7基因第647位核苷酸A→G热点突变(即A647G),首先在HPV16阳性的91例宫颈癌及49例正常/宫颈炎妇女宫颈DNA标本中,PCR扩增含647位点在内的HPV16 E7部分基因, 然后将紧邻647位点5′端的寡核苷酸探针与PCR产物内的模板杂交,并延伸一个与647位点碱基互补的荧光标记碱基：TAMRA-ddTTP或R110-ddCTP. 用荧光偏振仪读取荧光偏振 (FP) 值,根据升高的相应FP值判断647位点碱基. 结果表明,宫颈组织HPV16 E7 A647G的总体检出率为35.71% (50/140). 宫颈癌组的A→G突变率为42.86% (39/91),显著高于正常/宫颈炎组22.45% (11/49) 的突变率 (x2 = 5.778, P = 0.016),两组间的OR值为2.59 (95% CI = 1.17~5.71). 提示TDI-FP 可用于HPV有意义点突变的分析;我国陕西地区妇女HPV 16 A647G突变率及其对宫颈癌的警示性与其他地区相比有明显差异,该地区携带此突变病毒株的妇女患宫颈癌的风险可能较高     

UreB蛋白B细胞抗原表位快速筛选与鉴定

以幽门螺旋杆菌(Helicobacterpylori,Hp)主要抗原蛋白尿素酶B(ureaseB,UreB)为靶蛋白,建立一种新的B细胞抗原表位筛选与鉴定方法.运用Fmoc固相肽合成法合成11条HpUreB蛋白的单表位抗原肽片段,在其氨基端标记FITC荧光素,应用荧光偏振方法(fluorescencepolarization,FP)快速鉴定这些肽片段的抗原性,并通过FP法在大规模样品中快速筛选相应抗体滴度高、分布人群广的优势抗原表位肽.结果表明,合成的11条UreB蛋白线性抗原肽中,10条具有较强的抗原性,其中No.2、No.5和No.11抗原肽相应的特异性抗体在感染Hp的人群中分布较广,抗体滴度较高,为UreB的优势抗原表位肽.对抗原表位进行多参数综合分析与设计,通过FP技术快速鉴定抗原肽,并筛选优势抗原表位肽,对于疾病的抗原表位谱研究具有重要的意义,同时在疾病的诊断、分型及治疗中具有重要的应用前景.     

hBMP2转基因载体的构建及其在兔骨髓基质细胞中的表达

目的构建hBMP2真核表达载体pcDNA3-hBMP2,将其转染兔骨髓基质细胞(Marrow Stromal Cells,MSCs)并检测其表达效率。方法将hBMP2的cDNA构建于真核表达载体pcDNA3,形成重组真核表达载体pcDNA3-hBMP2,酶切鉴定后体外转染培养状态下的兔骨髓基质细胞,用原位杂交和免疫组织化学方法鉴定表达情况并用计算机图像分析系统测定其表达效率。结果pcDNA3-hBMP2载体酶切鉴定与预期片段相符,表明成功构建了pcDNA3-hBMP2转基因载体。用该载体转染兔骨髓基质细胞后获得了瞬时表达和稳定表达。结论载体pcDNA3-hBMP2可以在骨髓基质细胞中表达,为下一步将其用于转基因骨组织工程研究奠定基础。     

宫颈癌组织人乳头瘤病毒的荧光偏振基因分型

采用荧光偏振人乳头瘤病毒(human papillomavirus,HPV)分型新方法探讨了8种常见型别HPV在陕西宫颈癌患者中的流行情况。首先,用HPV GP5 ／GP6 通用引物PCR扩增65例早期宫颈癌(Ⅱa期内)和72例慢性宫颈炎病变组织DNA粗提物,继之将模板指导的末端延伸反应与荧光偏振检测技术结合(TDI-FP),用GP5 ／GP6 扩增区内的HPV6、11、16、18、31、33、35和58型特异性探针与PCR产物杂交后,荧光素标记的特异碱基(TAMRA-ddTTP或R110-ddGTP)在GP5 ／GP6 产物中相应的模板指导下,掺入延伸至相应探针末端,致使对应的TAMRA或R110 FP值升高,从而对扩增的HPV阳性产物进行HPV分型。65例宫颈癌患者中检出HPV57例,阳性率87．69％,72例慢性宫颈炎患者中检出HPV28例,阳性率38．89％,两组间HPV阳性率有显著性差异。宫颈癌与慢性宫颈炎患者中4种最常见的HPV型别分别是HPV 16(45．6％)、HPV 18(22．8％)、HPV 58(17．5％)、HPV 31(7．02％)和HPV 16(35．7％)、HPV 11(32．1％)、HPV 6(21．4％)、HPV 18(10．7％)。慢性宫颈炎患者中检出的HPV型别57．14％属高危型。HPV 16在两组中均最为多见。中国陕西宫颈疾病患者中HPV感染有其特点,世界范围内少见的HPV 58在陕西宫颈癌与慢性宫颈炎患者中均较为多见,在进行HPV新诊断方法及疫苗研制时应考虑到这种特点。     

克隆差异表达基因的新策略

基因表达的变化有两种,即新出现的基因表达与表达量差异的基因表达.表达量差异的基因克隆技术主要有mRNA差异展示,此技术是目前筛选差异表达基因最有效的方法之一,但主要存在假阳性率高的不足,针对此缺点,近几年提出了新的策略与方法,如差异消减展示、基于PCR和减法杂交基础上的差异表达基因克隆技术,这些技术具有显著优势.     

差异表达基因克隆技术的进展

分离并克隆差异表达基因,不仅有助于揭示生命的奥秘,而且还能为基因诊断与治疗提供重要的理论依据。基因差异表达的变化有两种,即新出现的基因表达与表达量差异的基因表达。以前,过多强调克隆新出现的表达基因,忽略表达量差异的基因。目前研究认为,表达量差异的基因...     

毛细管内均相辣根过氧化物酶(HRP)与核酸杂交偶联HRP 催化化学 发光比较研究

目的:了解毛细管内核酸偶联和游离辣根过氧化物酶(HRP)催化化学发光差异。方法:不同浓度HRP和经核酸杂交固定于毛细管内壁HRP催化化学发光反应。结果:①游离HRP催化化学发光线性检测范围窄(2.7×10-5-1.3×10-6mg/ml,R2>0.96),下限为1.0×10-7mg/ml;②2.0×1014-2.0×106copies/ml的5μl单链DNA杂交后,1.0-10min时DNA浓度M对数(lgM)与化学发光I值线性相关(R2>0.99),且大于阴性I值平均数+3倍标准偏差(s.d);③5.0×1011-5.0×106copies/ml的5μl PCR产物杂交后,10min内PCR产物对数lgM与I值线性相关(R2>0.97),且大于阴性I值平均数+3倍标准偏差(s.d)。4.0-7.0min内lgM与I值的R2>0.99,3次平行检测标准偏差<5.0%。结论:毛细管内核酸杂交的HRP催化化学发光检测线性范围宽、灵敏度高、底物用量少,有望用于临床核酸分子杂交检测。     

mRNA差异展示PCR的进展

ｍＲＮＡ差异展示ＰＣＲ的进展崔大祥闫小君苏成芝（第四军医大学全军基因诊断技术应用研究所,西安７１００３２）关键词ｍＲＮＡ差异展示聚合酶链反应ｍＲＮＡ差异展示（ｍＲＮＡｄｉｆｅｒｅｎｔｉａｌｄｉｓｐｌａｙ,ＤＤ）是目前筛选差异表达基因最有效的方法,自１...     

外源核酸促核辐射鼠肠腺细胞修复的基因分析

初步探讨外源核酸促电离辐射损伤的小鼠肠腺细胞修复的分子机理.建立BALB/c小鼠电离辐射后给予外源RNA与生理盐水治疗的6 h、12 h、24 h、4 d和8 d的模型,采集空肠组织标本后采用消减杂交基础上的LD-PCR技术,获取与受照小鼠肠腺损伤修复相关的基因克隆,对其进行全自动序列分析与GenBank检索.6 h治疗组同源性较高的序列主要为：热休克蛋白mRNA、Nmi mRNA、Dutt1蛋白mRNA、Na,K-ATPase γ亚单位mRNA等;12 h治疗组同源性较高的序列为：碱性磷酸酶mRNA、碱性磷酸酶2、glkA基因、单链复制着丝粒基因等;24 h治疗组同源性较高的序列为：抗CEA单链抗体重链可变区基因、抗DNA重链可变区基因、Ig kappa链mRNA等;4 d治疗组同源性较高的序列为：双特异性磷酸酶、端粒酶相关蛋白家族mRNA、β-GABA转运基因、紧张激活蛋白mRNA、FK506结合蛋白、Ca²⁺/Ca²⁺调蛋白依赖性基因等;8 d治疗组同源性较高的序列为：免疫球蛋白可变区基因、鼠免疫球蛋白DNA、易弯曲肽DNA、tsr glkA基因、修复蛋白A等.新发现的18个基因片段递交给GeneBank,接受号为AF240164-AF240181.结果表明：外源核酸促电离辐射损伤的小鼠肠腺修复的机理可能与一些基因、蛋白质的异常表达有关,与免疫系统的作用可能有关.