马尔堡病毒糖蛋白GP1亚基的真核表达与纯化

目的:用真核表达系统可溶性表达重组马尔堡病毒糖蛋白GP1亚基并纯化。方法:从糖蛋白(GP)全长基因上扩增GP1基因序列,克隆至真核表达载体pcDNA3.4,在哺乳动物表达系统中进行表达,镍柱亲和层析纯化目的蛋白,ELISA检测重组蛋白与特异抗体的免疫反应性。结果:GP1在哺乳动物表达系统中获得可溶性表达,纯化得到的目的蛋白与特异抗体具有良好的结合活性,推测其构象与天然马尔堡病毒GP1具有相似性。结论:真核表达了马尔堡病毒糖蛋白GP1亚基,且目的蛋白具有良好的抗原性,可用于GP特异抗体筛选、疫苗效果评价等研究。     

高效液相色谱串联质谱法同时检测粪便中三种抗抑郁药物*

目的:建立同时检测粪便中度洛西汀、氟西汀、艾斯西酞普兰三种抗抑郁药物的高效液相色谱串联质谱(HPLC-MS)方法。方法:样品经正己烷-异丙醇(95:5,v/v)预处理后,以超纯水和乙腈混合液作为流动相进行梯度洗脱,在Agilent ZORBAX SB-C18液相色谱柱(2.1 mm×100 mm,3.5 μm)上分离后用电喷雾串联质谱法检测,内标法定量。结果:粪便样品中度洛西汀、氟西汀、艾斯西酞普兰的加标回收率为61.6%～116.5%,精密度为 2.80%～12.9%(n=5),线性方程相关系数(r)均大于0.995,检出限分别为0.1 μg/g、1 μg/g、0.001 μg/g,定量限分别为0.5 μg/g、2 μg/g、0.005 μg/g,符合高效液相色谱串联质谱的分析要求。结论:该方法能够简单、准确检测出粪便中度洛西汀、氟西汀、艾斯西酞普兰这三种抗抑郁药的含量。     

重组炭疽疫苗免疫人体产生抗体基因的生物信息学分析

目的:采用多种生物信息学手段,提取并分析前期获得的重组炭疽疫苗免疫人体产生的抗体基因序列的特征信息,探究与抗体进化规律和功能预测相关的线索。方法:利用R、Perl等语言编写了一系列数据处理和接口程序,整合集成Change-O等相关程序集和R语言包构建抗体基因序列分析平台,对抗体重链基因的VDJ基因使用频率、聚类分布、CDR3区理化特性及体细胞高频突变模式进行信息提取,并通过在线服务器得到部分数据可视化结果。结果:前期获得的抗体基因序列中IGHV3、IGHD3和IGHJ4的使用频率最高,而IGHV3和IGHD5、IGHD6和IGHJ4、IGHV3和IGHJ4的组合是序列中出现频率最高的组合方式;23.3%的保护性抗原(PA)结合抗体都出现在同一个抗体聚类(239号克隆组)中;中和抗体HCDR3区较其他抗体对于碱性和酸性氨基酸使用频率较低,偏向于使用疏水性氨基酸;抗体的体细胞高频突变多发生在AAAAC、GTTAA、AGCTC、AAGTA等热点motif。结论:相关生物信息学手段能够有效处理和分析大量的抗体基因序列,研究结果和方法可为重组疫苗评价以及抗体鉴定和改造提供信息和方法学帮助。     

利用回归模型筛选出近天然的抗原-抗体对接模拟结构

在抗原-抗体分子对接模拟所生成的大量计算生成构象中筛选出近天然结构,即接近真实情况的抗原-抗体结合模式。借鉴QSAR原理,定义抗原-抗体接触面描述符并利用Discovery Studio 4.5软件平台计算出各对接模拟构象的接触面描述符和能量参数。构造训练集数据进行回归分析,建立预测对接模拟构象是否是近天然结构的数学模型。通过测试集和实际应用情况检验该数学模型。通过回归分析所建立的数学模型能够在成百上千的抗原-抗体对接模拟构象中有效筛选出其中的近天然结构,在测试集验证和4G7抗体结合模式预测应用中具有良好的表现,验证了该数学模型的有效性和实用性。经验性的抗原-抗体接触面特征如氢键密度、氨基酸对偏好性指数等以及能量参数能够共同有效表征近天然结构,所建立的数学模型有效增强了通过分子对接预测抗原-抗体结合模式的可行性。