表达禽流感病毒特异性siRNA分子减毒鼠伤寒沙门氏菌的构建

为了寻找一种新的短干扰RNA(short interfering RNA,si RNA)片段的表达和递送系统,并进行评价,根据禽流感病毒核苷酸序列,设计了3条分别针对A型禽流感病毒核衣壳蛋白、聚合酶A和H5亚型禽流感病毒血凝素的特异性si RNA分子,人工合成相应DNA片段,退火后形成双链,与阴性对照片段分别连接到构建的pSIREN-ASD ZsGreen载体鼠源U6启动子下游,测序鉴定证实获得了阳性质粒,分别命名为PAZ-NP、PAZ-PA、PAZ-HA和PAZ-NC,1ng的质粒可以完全抑制50个PFU的禽流感病毒在MDCK细胞上的复制,细胞不产生任何病变,细胞上清的血凝效价为20,而对照组细胞在病毒感染36~48h后细胞变圆、死亡、脱落,其细胞上清的血凝效价可达24。将重组质粒转化减毒鼠伤寒沙门氏菌X4550得到重组沙门氏菌X4550(PAZ-NP)、X4550(PAZ-PA)、X4550(PAZ-HA)和X4550(PAZ-NC)。对4日龄雏鸡口服1×109菌落形成单位(CFU)的重组菌后第1d、7d、15d用105ELD50的H5亚型AIV进行攻毒,最后一次攻毒后观察15d,实验结束时采泄殖腔棉拭子对存活鸡进行病毒分离。结果表明,表达不同的si RNA分子对雏鸡有一定的保护力,保护率为27%~50%不等,存活鸡泄殖腔棉拭子未分离到病毒,说明重组减毒沙门氏菌携带质粒在体内产生的si RNA能够对机体产生一定保护力。     

半导体激光辐照DNA的光谱分析

本文通过半导体激光等辐照源对ＤＮＡ辐照,研究激光、紫外、普通红光对ＤＮＡ吸收光谱的影响。发现激光（６６０ｎｍ）与紫外（峰值波长２５４ｎｍ）均能使ＤＮＡ吸收峰值改变,表明它们均能被ＤＮＡ吸收,与ＤＮＡ发生作用,从而使ＤＮＡ构型发生变化,但激光、紫外与ＤＮＡ作用机理是不同的。而普通红光（峰值波长６６０ｎｍ）对ＤＮＡ光谱无甚影响,这说明了激光与ＤＮＡ作用的非线性共振吸收存在。并发现在激光辐照ＤＮＡ时,激光剂量不同以及ＤＮＡ溶液浓度不同,对ＤＮＡ光谱的影响也不同。这些结果对激光育种和激光生物学实验有一定参考价值。     

新城疫分离毒HN蛋白的抗原性初步分析及分子特性研究

运用针对NDV囊膜糖蛋白(HN)的单克隆抗体(MAbs),对2005～2006年间自我国江苏和广西部分地区的20株NDV分离株进行排谱试验,初步分析了不同毒株之间HN蛋白的抗原表位差异;并应用RT-PCR技术成功扩增了其HN基因整个编码区,经克隆、测序最终获得13株鸡源NDV与7株鹅源NDV HN基因的编码区序列,分析测定核苷酸序列及推导的氨基酸序列,并将鹅源NDV与鸡源NDV相应序列进行了比较.结果单抗排谱试验表明,20株NDV分离株之间HN蛋白的抗原表位存在差异;测序结果表明,测定的HN基因的编码区长度皆为1716nt编码571个氨基酸;分离株中18株基因Ⅶ型NDV分离株之间HN基因编码区核苷酸序列具有较高的同源性,达94.8%～100%;与近几年国内流行的其它基因Ⅶ型NDV之间的核苷酸序列同源性为92.1%～99.6%.对其推导的HN蛋白一级结构中潜在的糖基化位点及HN蛋白细胞受体结合相关区域的氨基酸序列等进行了比较分析.结果显示,单抗排谱差异显著株在部分氨基酸位点发生了突变;同时揭示我国部分地区同期流行的鹅源NDV与鸡源NDV HN基因之间具有较近的亲缘关系.     

基于Z曲线的核酸序列可视化分析平台研究

随着Z曲线的提出,用几何学的方法研究DNA序列得到了发展。利用z曲线的思想对核酸序列的可视化分析平台的构建进行了研究,提出了基于包围盒的多精度抽稀算法,实现了从DNA序列到三维空间点和曲线的直接转换。     

新城疫分离毒HN蛋白的抗原性初步分析及分子特性研究

运用针对NDV囊膜糖蛋白(HN)的单克隆抗体(MAbs), 对2005~2006年间自我国江苏和广西部分地区的20株NDV分离株进行排谱试验, 初步分析了不同毒株之间HN蛋白的抗原表位差异; 并应用RT-PCR技术成功扩增了其HN基因整个编码区, 经克隆、测序最终获得13株鸡源NDV与7株鹅源NDV HN基因的编码区序列, 分析测定核苷酸序列及推导的氨基酸序列, 并将 鹅源NDV与鸡源NDV相应序列进行了比较。结果单抗排谱试验表明, 20株NDV分离株之间 HN蛋白的抗原表位存在差异; 测序结果表明, 测定的HN基因的编码区长度皆为1716nt编码571个氨基酸; 分离株中18株基因Ⅶ型NDV分离株之间HN基因编码区核苷酸序列具有较高的同 源性,达94.8%~100%; 与近几年国内流行的其它基因Ⅶ型NDV之间的核苷酸序列同源性 为92.1%~99.6%。对其推导的HN蛋白一级结构中潜在的糖基化位点及HN蛋白细胞受体结合相关区域的氨基酸序列等进行了比较分析。结果显示, 单抗排谱差异显著株在部分氨基酸位点发生了突变; 同时揭示我国部分地区同期流行的鹅源NDV与鸡源NDV HN基因之间具有较近的亲缘关系。     

生物信息学在A型流感病毒研究中的应用

生物信息学是随着人类基因组计划(Human genome project,HGP)的启动而发展起来的一门新兴学科。1995年,在HGP第一个五年总结报告中,给出了较为完整的定义:生物信息学是一门交叉科     

高职医学生人际关系特点的研究——以红河卫生职业学院为例

本文运用《人际关系行为困扰诊断量表》对红河卫生职业学院608名高职医学生进行调查研究,结果显示:高职医学生的人际关系在性别、学历、年级、家庭子女情况、体育锻炼频率等5个方面存在显著差异;而在城乡、民族、宗教信仰和恋爱状态等4个方面不存在显著差异。在对结果进行分析讨论的基础上,提出了改善高职医学生人际关系的建议。     

基于Z曲线的新城疫病毒基因组生物信息分析

Z曲线是DNA序列信息的一种几何学表示形式。利用Z曲线坐标所对应的生物学含义,可以对DNA序列的生物信息进行系统分析。本文对40株自测序和从GenBank下载的新城疫病毒(NDV)全基因组序列,利用网络提供和自开发的Z曲线分析系统,对NDV生物信息进行了比较分析,构建了NDV全基因组的X、Y、Z分量沿序列的分布曲线和三维Z曲线,比较了不同基因型NDV基因组Z曲线的特征。结果显示,在NDV全基因组中A、G碱基或A、C碱基是占优势的,在基因组的前1/3序列中,G、C含量大于A、T的含量。不同基因型NDV全基因组的Z曲线(从ClassI到ClassII的I-VIII型)有向Z轴靠拢的趋势。     

1株含H9N2内部基因的H5N1亚型基因重配禽流感病毒的全基因测序及遗传进化分析

在对华东地区家养水禽中流感病毒的带毒状况的流行病学监测过程中,从表观健康家鸭体内分离到一株H5N1亚型禽流感病毒A/duck/Shandong/009/2008(简称Dk/SD/009/08)。为了解该毒株的基因组构成,对该分离株进行全基因测序。测序结果显示:该毒株HA裂解位点处的氨基酸序列为PLRERRRK-R/GL,符合高致病性禽流感病毒的分子特征,且参照H5N1国际统一命名准则,Dk/SD/009/08的HA基因属于2.3.4进化支。BLAST结果显示,HA、NA、NP及NS基因均与H5N1亚型病毒的核苷酸一致性最高,而RNA聚合酶基因(PB2、PB1、PA)及M基因则与H9N2亚型病毒的亲缘关系最近,故推测该分离株可能是一株天然重组病毒;遗传进化分析进一步表明,流行于华南地区鹌鹑中的G1-like H9N2亚型病毒可能为该分离株提供部分的内部基因。     

生物信息学中的数据库技术

生物信息学是近年来发展最快的学科之一,各类生物信息数据库不断的涌现。随着生物分子数据量的迅速膨胀,数据结构日趋复杂,生物信息学对数据库技术提出了更高的要求。本文讨论了目前生物信息学中数据库技术的发展现状、面临的问题和未来趋势,主要包括数据库管理、数据库分析、数据库集成等。