整合分析多组学数据筛选疾病靶点的精准医学策略

随着高通量测序技术的不断发展与完善,对于不同层次和类型的生物组学数据的获取及分析方法也日趋成熟与完善。基于单组学数据的疾病研究已经发现了诸多新的疾病相关因子,而整合多组学数据研究疾病靶点的工作方兴未艾。生命体是一个复杂的调控系统,疾病的发生与发展涉及基因变异、表观遗传改变、基因表达异常以及信号通路紊乱等诸多层次的复杂调控机制,利用单一组学数据分析致病因子的局限性愈发显著。通过对多种层次和来源的高通量组学数据的整合分析,系统地研究临床发病机理、确定最佳疾病靶点已经成为精准医学研究的重要发展方向,将为疾病研究提供新的思路,并对疾病的早期诊断、个体化治疗和指导用药等提供新的理论依据。本文详细介绍了基因组、转录组和表观组等系统组学研究在疾病靶点筛选方面出现的新技术手段和研究进展,并对它们之间的整合分析新策略和优势进行了讨论。     

用于扩增较大片段DNA的PCR方法

用于扩增较大片段ＤＮＡ的ＰＣＲ方法方向东,陈淳（中科院上海生物化学研究所国家分子生物学实验室,上海２０００３１）诸江（上海第二医科大学上海血液学研究所,上海２０００２５）关键词ＤＮＡ扩增,ＰＣＲ自从Ｔａｑ（Ｔｈｅｒｍｕｓａｑｕａｔｉｃｕｓ）ＤＮＡ聚合...     

绝缘子调控基因的表达

绝缘子在调控真核基因时空特异表达的过程中起着至关重要的作用.它的主要功能是增强子阻断和异染色质屏障.已经有竞争、阻断和成环等模型描述其增强子阻断功能;而它的异染色质屏障功能主要是通过影响染色质组蛋白的翻译后修饰来实现.已经确定的绝缘子包括果蝇基因组中的染色质特化结构(specialized chromatin structures, scs)和scs、gypsy、鸡珠蛋白β基因座上游的DNaseⅠ高敏感位点cHS4以及小鼠或人Igf2/H19基因座上的印记控制区(imprinting control region, ICR)和DNA甲基化区域(DNA methylated regions, DMR)元件等.许多转录因子参与绝缘子的基因调控作用,例如脊椎动物中的CCCTC结合因子(CCCTC binding factor,CTCF).利用基因组学和生物信息学等方法,还可以在基因组中发现新的绝缘子元件.     

牛碱性成纤维细胞生长因子在酵母系统中的表达

牛碱性成纤维细胞生长因子在酵母系统中的表达方向东陈淳谢志伟耿解萍王小宁戚正武（中国科学院上海生物化学研究所国家分子生物学实验室上海２０００３１）碱性成纤维细胞生长因子（ｂａｓｉｃｆｉｂｒｏｂｌａｓｔｇｒｏｗｔｈｆａｃｔｏｒ,ｂＦＧＦ）是ＦＧＦ家族中具有代表性的成员。分子中无糖基化位点,为一单链阳离子多肽,与肝素有很强的亲和能力。它广泛存在于机体的各种组织中,是重要的神经营养因子和血管生成因子,在胚胎发生、生长发育及血管形成等多种生理过程中起重要作用。     

新型受体药物CTLA4－Ig的应用

新型受体药物ＣＴＬＡ４－Ｉｇ的应用方向东,刘宏,王小宁（第一军医大学分子免疫学研究所,广州５１０５１５）关键词受体药物,免疫抑制剂,基因重组利用生物体的一些天然或改造的受体作为治疗用药是目前国际上研究的热点之一,特别是在筛选有效的免疫抑制剂方面。细胞...     

磷脂酰肌醇蛋白聚糖3的原核表达及单克隆抗体制备

人磷脂酰肌醇蛋白聚糖3(GPC3)是一个肝癌潜在的诊断标志物和治疗靶点。为获得抗GPC3单克隆抗体,用PCR方法克隆GPC3基因,利用酶切位点将该序列插入pGEX-2T载体,构建了pGEX-2T-gpc3表达载体。转化大肠杆菌BL21(DE3)菌株,经IPTG诱导,获得高效表达。经纯化后获得分子量为58 kD的蛋白。以该重组蛋白为免疫原,通过免疫BALB/c小鼠,经过细胞融合和筛选获得1株抗该重组蛋白的单克隆抗体1F3。Western blot分析显示,该抗体具有较好的特性,可用于GPC3蛋白的功能和应用研究。     

缩微芯片实验室

生物芯片技术是近年发展起来的新型实用技术 ,已成为高效、大规模获取相关生物信息的重要手段。所谓生物芯片就是缩小了的生物化学分析器 ,通过芯片上微加工获得的微米结构和生物化学处理结合 ,将成千上万个与生命相关的信息集成在一块厘米见方的氧化硅、玻璃或塑料等材质制成的芯片上。目前该技术的应用领域主要有基因表达谱分析、新基因发现、基因突变及多态性分析、基因组文库作图、疾病诊断、药物筛选、基因测序等。从 80年代初ＳＢＨ (ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇｂｙｈｙ ｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ)概念的提出 ,到 90年代初以美国为主开始进行…