浙江沿岸海域春季螺类群落结构特征及其与环境因子的关系

根据2015年4月浙江沿岸定点调查资料, 分析了春季调查海域螺类种类组成、优势种、资源生物量和密度、物种多样性以及群落结构与海洋环境因子的关系。结果表明: 浙江沿岸海域春季共捕获螺类27种, 隶属于2目15科21属, 优势种主要有棒锥螺(Turritella bacillum)和褐管蛾螺(Siphonalia spadicea); 螺类平均资源生物量和密度分别为246.64 kg/km2和27.75×103 ind./km2, 总体分布趋势呈现较为明显的斑块分布特征, 但浙北海域资源密度低于浙中南部海域; 种类丰富度指数(D)、物种多样性指数(H′)和种类均匀度指数(J′)的平均值分别为0.36、0.56和0.50, 3种多样性指数均不高, 螺类群落多样性水平处于较低水平, 除物种多样性指数(H′)空间分布特征较为显著以外, 其余2个指数在调查海域整体分布较为均匀; ABC曲线显示浙江沿岸水域春季螺类群落处于中等干扰(或不稳定)状态; 典范对应分析结果表明水深、底层温度和底层溶解氧3个环境因子对研究海域螺类群落的分布起较大的作用。研究旨在探明该海域螺类资源的物种多样性, 丰富我国近海软体动物地理区系的基础资料, 同时也为浙江近海海洋生态和环境保护措施的制定提供参考依据。     

mRNA环结构对蛋白质折叠速率的影响

前期的相关研究发现mRNA二级结构中存在对蛋白质折叠速率的重要影响因素.而mRNA二级结构中普遍存在着各种复杂的环结构,这些环结构是否对蛋白质折叠速率也有重要的影响呢?不同的环结构对蛋白质折叠速率的影响是否相同呢?基于此想法,建立了一个包含mRNA内部环、发夹环、膨胀环和多分支环等环结构信息和相应蛋白质折叠速率的数据库.对于数据库中的每一个蛋白质,计算了mRNA二级结构中各种环结构碱基含量、配对碱基含量及单链碱基含量等参量,分析了各参量与相应蛋白质折叠速率的相关性.结果显示,各种环结构碱基含量与蛋白质折叠速率均呈极显著或显著正相关.说明mRNA环结构对蛋白质折叠速率有重要的影响.进一步,把蛋白质按照不同折叠类型或不同二级结构类型分组后,对每一组蛋白质重复上述的分析工作.结果表明,对不同类蛋白质,mRNA的各种环结构对其相应蛋白质折叠速率的影响存在着显著差异.上述研究将为进一步开展有关mRNA和蛋白质折叠速率的研究奠定理论基础.     

长期不同施肥制度对水稻土氨氧化微生物数量和群落结构的影响

由氨氧化微生物驱动的氨氧化过程是硝化作用的限速步骤,在土壤氮素循环过程中扮演着重要角色.以湖南省宁乡县长达30 a定位试验水稻土壤为研究对象,采用荧光定量PCR和Illumina MiSeq高通量测序分析方法,以amoA基因为靶标,研究了4种施肥制度[不施肥(CK)、化肥(CF)、70%化肥+30%有机肥(CFM₁)和40%化肥+60%有机肥(CFM₂)]水稻土壤氨氧化微生物的数量和群落结构变化.结果表明: 不同施肥处理氨氧化古菌(AOA)和氨氧化细菌(AOB) amoA基因拷贝数分别为3.09×10⁷～8.37×10⁷和1.04×10⁷～7.03×10⁷ copies·g^-1干土.施肥显著提高了AOA和AOB数量,但处理CFM₂中AOB数量与CK差异不显著.有机肥配施比例对AOB群落α多样性指数的影响强于AOA,处理CFM₁中AOA群落的多样性指数(Shannon)和AOB群落的丰富度指数(ACE和Chao1)均显著高于CK.奇古菌门和泉古菌门是AOA群落的优势门类群,占AOA amoA基因总序列的83.4%;亚硝化螺菌属、environmental_samples_norank、Bacteria_unclassified和Nitrosomonadales_unclassified是AOB群落的优势属类群,占AOB amoA基因总序列的97.8%.维恩分析结果显示,有机肥配施比例对AOB群落操作分类单元(OTU)数量的影响强于AOA,但对各处理共有AOA和AOB amoA基因序列条数的影响均较小.冗余分析结果显示,不同施肥处理AOB群落结构差异强于AOA,且所有土壤理化性质均与AOA和AOB群落结构存在显著相关关系.综上可知:有机肥配施比例显著改变了AOA和AOB数量、多样性和群落结构,配施30%有机肥时,AOA群落的Shannon指数最高,AOB群落数量、ACE和Chao1指数均最高.研究结果可为进一步探讨农业系统中氨氧化微生物对不同施肥制度的响应机制及其在氮素转化中的作用提供科学依据.     

崂山湾人工鱼礁区星康吉鳗摄食生态及食物网结构

根据2015年4月至2017年1月于崂山湾人工鱼礁区地笼网和延绳钓捕获的279尾星康吉鳗样本,从胃含物组成、食性类型、摄食等级、营养生态位和营养级等方面对其摄食生态进行研究,同时结合海区许氏平鲉、大泷六线鱼、斑头鱼、褐菖鲉、花鲈等9种鱼类的胃含物分析结果,构建人工鱼礁区鱼类关键种的简化食物网模型.食性研究结果表明:星康吉鳗共摄食7类30余种饵料,虾类是其最主要的饵料类群,其次为鱼类和头足类,大泷六线鱼、方氏云鳚、鹰爪虾、玉筋鱼和日本鼓虾等是其优势饵料.星康吉鳗的饵料生物组成随肛长和季节发生显著变化.四季均以鱼类和虾类为主,春季胃含物中包括头足类,秋季包括头足类和蟹类,冬季亦有蟹类出现.肛长≤120 mm的星康吉鳗主要摄食鱼卵和鹰爪虾,120~130 mm肛长组主要摄食玉筋鱼和日本鼓虾,肛长>130 mm的星康吉鳗主要摄食大泷六线鱼和方氏云鳚.其摄食强度也随季节和肛长而变化,空胃率的季节性差异显著,平均胃饱满系数的季节性差异不显著,不同肛长组的空胃率和平均胃饱满系数均不存在显著差异.人工鱼礁区简化食物网结构显示:鱼类关键种的营养级均在3级以上,星康吉鳗的营养级为4.636,处于海区食物网的最顶端.虾类、蟹类、端足类和软体动物等是鱼类关键种的主要饵料,甲壳类、方氏云鳚、大泷六线鱼和玉筋鱼是高营养级鱼类花鲈和星康吉鳗的主要饵料.     

基于RIVEM的人肠道病毒衣壳表面结构绘制流程

RIVEM是一款通过球面投射的方式在平面上绘制二十面体病毒衣壳结构的软件工具,因为开发时间较早,目前无法直接识别RCSB PDB数据库中绝大多数肠道病毒的三维结构文件。为此本研究发展了将RCSB PDB坐标体系转换到RIVEM PDB坐标体系的算法,开发了基于RIVEM的人肠道病毒衣壳表面结构绘制流程,并将该流程应用到PSGL-1和SCARB2这两个重要的肠道病毒受体的研究中。结果显示:构建的流程成功的绘制了RCSB PDB数据库中人肠道病毒的衣壳表面结构。与PyMol相比,RIVEM绘制的衣壳表面结构具有信息量更大,更便于研究衣壳与受体和抗体之间的相互作用关系等优点。对于广大非结构生物学专业的病毒学研究者来说,该流程能够促进RIVEM在衣壳与受体、抗体和抗病毒药物的相互作用、抗原表位、结构蛋白变异的监测以及肠道病毒致病机制等研究领域中的应用。该流程也能直接推广到包括脊髓灰质炎病毒、甲肝病毒和口蹄疫病毒在内的其他小RNA病毒的研究中。     

探究黄热病毒NS1蛋白在感染早期的诊断价值

为了探讨黄热病毒(Yellow fever virus,YFV)非结构蛋白1(Nonstructural protein 1,NS1)在感染早期的诊断价值。颅内注射YFV-17D感染乳鼠,每日处死1窝,收集抗凝血。Vero细胞和C6/36细胞感染YFV-17D病毒后,每隔12h收集培养上清。分别采用荧光定量PCR和基于YFV NS1多克隆抗体的双抗体夹心酶联免疫(Enzyme linked immunosorbent assay,ELISA)方法检测感染后乳鼠血液、C6/36和Vero细胞上清中YFV的扩增情况和NS1蛋白的分泌规律。乳鼠感染YFV-17D后第2d在血清中即可检测到YFV NS1,第3d血液中检测到YFV核酸。敏感细胞株在感染YFV-17D后第36h培养上清中可检测到YFV NS1,而48h后才能检测到YFV核酸。YFV NS1蛋白具有作为YFV感染早期的诊断靶标的潜在价值。     

外来物种刺槐对黄土丘陵区植物群落功能结构的影响

在黄土丘陵区草原带、森林草原带和森林带3个植被带选取成对的刺槐群落和乡土植物群落功能性状值,研究不同植被带刺槐群落、乡土植物群落功能结构的变化,以及同一植被带下刺槐的引入对群落功能结构的影响.结果表明: 刺槐群落和乡土植物群落的叶碳、叶氮、叶磷、比叶面积、叶组织密度等功能性状随植被带的变化规律一致.刺槐群落叶碳、叶氮、比叶面积显著高于乡土植物群落,且2种群落功能多样性指数(FR_ic、FE_ve、FD_iv、FD_is、Rao)随植被带的变化趋势并不完全一致,在森林带刺槐的引入提高了植物群落功能多样性,在草原带降低了植物群落功能多样性.     

氧化固醇结合蛋白结构、功能与应用

氧化固醇结合蛋白(oxysterol binding protein,OSBP)是存在于真核细胞内的一类参与脂质代谢的非囊泡运输蛋白质,在哺乳动物中被称为氧化固醇结合蛋白相关蛋白质(oxysterol binding protein-related proteins,ORPs),而在酵母中被称为氧化固醇结合蛋白同源物质(oxysterol-binding protein homologues,OSH）。近年来人们对氧化固醇结合蛋白的研究不断深入,特别是对其同源蛋白质（例如,ORP5/8、Osh3/4、ORP4L等）的结构功能差异和其在信号转导中的作用的相关研究,以及在生物医药方面的应用更成为了本领域的热点。本文综述了关于OSBP及其同源蛋白质结构和功能的相关研究,指出了该领域存在的一些关键问题。与此同时,对OSH和ORPs在细胞内的膜接触位点（membrane contact sites,MCS）进行对比,以及对今后OSBP的研究方向做了展望。     

加味真武汤对慢性心衰大鼠心肌结构及炎症因子的影响

目的:观察加味真武汤对慢性心力衰竭大鼠心肌组织结构以及炎症因子水平情况,并探讨其作用机理。方法:雄性SD大鼠48只随机分为空白组、模型组、地高辛组、加味真武汤组。采用盐酸阿霉素腹腔注射的方法建立慢性心力衰竭大鼠模型。各组分别给药治疗后,光镜观察心肌细胞结构并进行病理评分;酶联免疫法测定白介素-1(IL-1)、白介素-6(IL-6)以及血清脑钠肽(BNP)水平情况。结果:模型组大鼠心肌纤维断裂,伴炎性浸润,模型组病理评分显著高于空白组,有统计学差异(P0.05);地高辛组和加味真武汤组病理评分显著低于模型组,有统计学差异(P0.05);加味真武汤组与地高辛组病理评分比较无统计学差异(P0.05)。与模型组相比,加味真武汤组和地高辛组血清IL-6、IL-1、BNP水平明显减低,加味真武汤组效果更显著,差异具有统计学意义(P0.05)。结论:加味真武汤可能有增加心肌收缩力,抑制炎症因子的释放,减慢心室重构,保护心肌细胞的作用。     

基于历史生物多样性与湿地景观结构的三江平原湿地恢复优先性研究

三江平原是我国最大的淡水沼泽分布区,建国后大规模的农业开发活动导致湿地面积锐减,湿地生态系统服务功能退化,产生一系列的生态环境问题,有必要进行湿地恢复。生物多样性的历史分布和湿地景观结构特征对湿地恢复具有重要指导意义。在分析三江平原湿地景观格局变化的基础上,结合三江平原历史生物多样性保护价值(即湿地恢复价值)以及各县市内湿地景观结构(现有湿地分布比例)对湿地恢复进行了优先性分析,确定了不同县市内不同空间位置上湿地恢复优先等级。景观格局变化分析结果表明,三江平原在20年间,湿地面积大幅减少,且破碎化现象严重,70%以上的退化或消失湿地被耕地侵占;基于历史生物多样性保护价值的湿地恢复价值评估表明,目前已经退化或消失的湿地有57.56%具有相对较高的恢复价值,而且还有22.02%的区域处于中等恢复价值水平,恢复潜力较大;结合现有湿地分布比例的结果表明,在三江平原的19个受湿地影响的市县中,有2个一级恢复区,6个二级恢复区,9个三级恢复区和2个四级恢复区。研究为今后三江平原湿地恢复行动的时空顺序确定提供了参考,同时为缺少生物多样性历史监测数据的区域提供了快速的湿地恢复评估方法。