mRNA环结构对蛋白质折叠速率的影响

前期的相关研究发现mRNA二级结构中存在对蛋白质折叠速率的重要影响因素.而mRNA二级结构中普遍存在着各种复杂的环结构,这些环结构是否对蛋白质折叠速率也有重要的影响呢?不同的环结构对蛋白质折叠速率的影响是否相同呢?基于此想法,建立了一个包含mRNA内部环、发夹环、膨胀环和多分支环等环结构信息和相应蛋白质折叠速率的数据库.对于数据库中的每一个蛋白质,计算了mRNA二级结构中各种环结构碱基含量、配对碱基含量及单链碱基含量等参量,分析了各参量与相应蛋白质折叠速率的相关性.结果显示,各种环结构碱基含量与蛋白质折叠速率均呈极显著或显著正相关.说明mRNA环结构对蛋白质折叠速率有重要的影响.进一步,把蛋白质按照不同折叠类型或不同二级结构类型分组后,对每一组蛋白质重复上述的分析工作.结果表明,对不同类蛋白质,mRNA的各种环结构对其相应蛋白质折叠速率的影响存在着显著差异.上述研究将为进一步开展有关mRNA和蛋白质折叠速率的研究奠定理论基础.     

沙福芽孢杆菌GX-H6的分离鉴定及对水稻细菌性条斑病的防病效果

水稻细菌性条斑病（bacterial leaf streak, BLS）由稻黄单胞菌稻生致病变种（Xanthomonas oryzae pv. oryzicola, Xoc）侵染引起,已成为我国南方水稻种植区的一个重要病害。为了筛选防治BLS的生防菌,以Xoc野生型菌株GX01为指示菌,采用含菌平板稀释法和牛津杯法,从花生根际土壤中筛选到一株对Xoc具有拮抗作用的细菌,编号为GX-H6。根据形态学观察、生理生化特征以及16S rDNA和进化树分析,鉴定该菌株属于沙福芽孢杆菌（Bacillus safensis）。拮抗实验表明,B. safensis GX-H6菌株能够对多种黄单胞菌以及植物病原真菌具有较好的拮抗活性,尤其对引起水稻发生白叶枯病（bacterial blight, BB）的稻黄单胞菌稻致病变种（Xanthomonas oryzae pv. oryzae,Xoo）的拮抗效果最显著。温室和田间水稻植株试验表明,GX-H6菌株能较好地防治BLS和BB。对GX-H6菌株的基因组进行分析,发现该菌株的基因组中拥有与抗真菌、环境竞争相关的基因,同时也拥有地衣杆菌素（lichenysi...     

羊传染性脓疱病毒新疆流行株F1L基因克隆及表达

目的:为了探讨F1L重组蛋白作为羊传染性脓疱病毒亚单位疫苗的可行性。方法:以分离出羊传染性脓疱病毒ORFV-shz分离株为模板,扩增F1L基因片段,并将其克隆至pMD18-T载体中进行测序。构建原核表达载体pET-32a-F1L,转化至大肠埃希菌BL21,用SDS-PAGE及Western blot检测目的蛋白的表达情况及其反应原性。结果:PCR扩增出F1L基因全长1023bp,共编码340个氨基酸;推导的氨基酸序列中第1～70位氨基酸构成信号肽序列,第285～313位氨基酸为跨膜区。SDS-PAGE分析表明获得了约57.4kDa的融合蛋白,在Western-blotting检测中,融合蛋白可与羊传染性脓疱病毒阳性血清发生特异性反应,表明其具有良好的反应原性。结论:成功构建F1L基因的原核表达载体,为研究新疆地区羊传染性脓疱的防治及疫苗开发提供了科学依据。     

嗜铬颗粒蛋白A研究进展

嗜铬颗粒蛋白A(Chromogranin A,CGA)属于独特的酸性可溶性蛋白质家族,遍布于动物内分泌系统、神经系统和免疫系统,与其他激素和多肽共贮存、共分泌.在CGA上有许多碱性氨基酸对,成为潜在的激素原转化酶切割位点.很多切割产物已经被鉴定,其中有些具有生物学功能.近年的研究表明,在多种病理、生理状态下,CGA及其衍生片段在组织中含量升高,发挥抑制性生理功能或作为疾病诊断指标.嗜铬颗粒蛋白A的N端衍生片段在机体防御系统中的抗菌功能、在心血管系统中的抗血管收缩功能已被阐明,使其作为临床候选药物具有巨大潜力;CGA完整片段在内分泌肿瘤和神经内分泌肿瘤中含量升高,可作为内分泌肿瘤和神经内分泌肿瘤诊断指标,但其在肿瘤发生过程中的作用还未见报道.     

嗜铬粒蛋白N端片段基因在枯草杆菌中的表达及表达产物的活性分析

嗜铬粒蛋白(CGA)是存在于分泌细胞的由439个氨基酸组成的可溶性蛋白。近年的研究发现CGA的N端具有抗血管收缩、抗细菌和抗真菌的功能。为了寻找高效低毒的抗真菌片段,利用PCR技术扩增了编码人嗜铬粒蛋白N端1-76位氨基酸（CGA1-76）的DNA片段,并将之克隆进本实验构建的枯草杆菌诱导型表达载体pSBPTQ,获得含CGA1-76基因的重组质粒pSVTQ,转化蛋白酶三缺陷的枯草杆菌DB403。经蔗糖诱导后,CGA1-76片段在枯草杆菌DB403（pSVTQ）中获得表达,产物分泌到细胞外,分泌量约为5mg/L,占总分泌蛋白的133% 。测试了表达产物对几种丝状真菌和酵母的抑制作用,发现在4μmol/L的浓度下,枯草杆菌表达的重组CGA1-76对镰刀菌、链格孢霉及白假丝酵母有明显的抑制作用。     

密码对的偏爱与基因组进化的相关性分析

以5种真核、15种细菌、10种古菌生物基因组为样本,对密码对使用偏好性指标Г与密码对随基因组进化的指标α之间作线性分析,发现部分密码对的r值与α之间有显著的线性关系;密码子第三位点与紧邻密码子第一位点的双碱基（cP3cAl）使用与基因组进化有关。结果进一步肯定了密码对的使用与基因组进化存在相关性,同时从密码对使用的角度揭示了真核生物、真细菌、古菌的基本差别。     

蛋白质折叠速率与其氨基酸序列极性的关系

以大肠杆菌60个蛋白酶以及几种常见病毒（SARS病毒、艾滋病病毒、丙型肝炎病毒及乙型肝炎病毒）各蛋白质序列中的所有α-螺旋和β-折叠片段为研究对象,计算了各片段的折叠速率和平均极性,分别在各物种的α-螺旋和β-折叠两类二级结构片段中分析了二者的相关性。得到结论：不论是大肠杆菌中的蛋白酶还是病毒蛋白,其中的两类氨基酸片段的平均极性与折叠速率都是极显著相关的：对于所有的α片段,二者呈线性正相关,而对于所有的β片段,二者成线性负相关。结果证实了在蛋白质折叠中,氨基酸的极性起着重要的作用。     

食品工程类专业微生物学教学改革与实践

《微生物学》是食品科学类专业重要的专业基础课,课程组结合学校粮油食品学科传统特色专业,对食品微生物学教学内容、多媒体课件运用及实验教学等进行了改革。结果显示,改革后的课程教学组织方式有利于加强学生对理论知识的理解和应用,有利于提高学生的动手能力、创新能力和科学思维能力。     

抗真菌肽CGA-N46基因多顺反子表达载体的构建与鉴定

目的:为提高抗真菌肽CGA-N46表达量,对该基因多顺反子表达进行研究.方法:以pEASY-Blunt为克隆栽体,以“pET-30a rbs序列-起始密码子-CGA-N46编码序列-终止密码子”为外源片段,利用同尾酶Nhe I、Spe I和Xba I,构建了含有上述外源片段1、3、5、8拷贝的重组载体pT-CAN46、...     

A型流感病毒同义密码子的使用偏性对RNA二级结构的影响

以A型流感病毒为研究样本,分析了同义密码子使用偏性对RNA二级结构的影响,为进一步研究同义密码子存在的意义及A型流感病毒RNA特征提供一些理论依据。收集整理了NCBI中收录的全部A型流感病毒的核酸序列信息,计算了每一条核酸序列的RNA二级结构,计算出RNA环结构含量和茎结构含量及折叠自由能。在此基础上,计算了RNA二级结构的柔性。同时,计算了每一条核酸序列的相对同义密码子使用值。由此,建立了A型流感病毒RNA二级结构数据库。分析每条核酸序列的相对同义密码子使用值与RNA的环结构、茎结构及柔性之间的关系。分析结果表明,50%的氨基酸的相对同义密码子使用值与RNA茎结构含量和环结构含量显著相关;60%的氨基酸的相对同义密码子使用值与单位平均折叠自由能显著相关;50%的氨基酸的相对同义密码子使用值与RNA柔性显著相关。进一步分析发现,与茎结构含量和环结构含量都显著相关的密码子,它们的相对同义密码子使用值与两种结构含量的相关性截然相反,而且发现,在所选的参量中,RNA柔性与相对同义密码子使用值显示出更好的相关性。结果证实,对于A型流感病毒,同义密码子的使用偏性对RNA二级结构存在很大的影响。