Illumina-Solexa测序数据质量评估系统的构建

目的：针对下一代测序数据量大、序列长度短的特点,研究数据分析和质量评估方法。方法：选择已发布的Illumina-Solexa平台测序数据为研究对象,通过MAQ软件将测序数据与人类全基因组序列进行比对,并以外显子区域为例,在位点水平对测序数据质量进行评估。结果：结合已有软件系统和本文自创线性算法,建立了一套包括比对、拼接在内的测序数据质量评估系统。比对分析后,发现原始测序序列共覆盖了127,113,378个位点,涉及24条染色体上的64868个外显子。其中,每个位点都被测到的外显子为0.50%,位点平均测序深度大于等于1的外显子为3.98%。结论：成功构建了基于Illumina-Solexa测序平台的数据分析和质量评估方法,其可适用于其它第二代测序平台。研究者可在质量评估的基础上完善测序试验设计,并进行SNP和突变筛选及后续功能性研究。     

保护三峡工程影响的珍稀濒危生物的经济价值评估

运用条件价值评估法, 基于三峡工程对珍稀濒危生物影响的现状和采取的保护措施, 设计了支付卡式调查问卷。通过调查我国31个省(自治区、直辖市)以国有单位为主的职工的支付意愿, 评估了保护三峡工程影响的珍稀濒危生物白鳍豚(Lipotes vexillifer)、白鲟(Psephurus gladius)、达氏鲟(Acipenser dabryanus)、胭脂鱼(Myxocyprinus asiaticus)、中华鲟(Acipenser sinensis)和荷叶铁线蕨(Adiantum reniforme var. sinense)、疏花水柏枝(Myricaria laxiflora)、川明参(Chuanminshen violaceum)的经济价值。回收有效问卷1,036份, 有70.08%的有效问卷反馈者愿意为保护三峡工程影响的这些珍稀濒危生物而支付费用, 平均支付意愿值为127.82元/年。同时采用列联表及卡方独立性检验方法重点分析了总样本各因素对支付意愿值的影响, 结果显示年龄、文化程度、从事职业、个人收入、对三峡工程的了解、对三峡工程的关注、对三峡工程对生物影响的了解等因素与支付意愿值显著相关。最后计算得出保护三峡工程影响的这些珍稀濒危生物的经济价值为82.19×10⁸元/年。以上结果为进一步制定相关保护政策提供了依据。     

Dehydration Kinetics of Embryonic Axes from Desiccation-sensitive Seeds： An Assessment of Descriptive Models

The response of desiccation-sensitive plant tissues to dehydration is significantly affected by dehydration conditions, particularly the rate of drying. Consequently it is important to be able to quantify drying rate. The aim of the study was to assess two models that have been proposed to describe drying kinetics, and thus to provide a quantification of non-linear drying rates, of embryonic axes excised from recalcitrant seeds. These models are an exponential drying time course, and a modified inverse relationship, respectively. For the six species investigated here the inverse function was generally found to fit drying data better than the exponential function under both rapid and slow drying conditions, and so is recommended. The rate of drying, under the conditions used here, was determined by axis size and possibly the nature of the axis outer coverings, rather than the water activity difference between the tissue and surrounding air.     

棉铃虫风险发生区的确定与评估

以河北省中南部地区作为研究区,应用GIS技术和地统计学方法就某一阈值的风险区、某一阈值的发生概率地图进行了探讨,并对该地区棉铃虫二代卵发生的历史数据(1980～1997)进行了空间模拟,在此基础上得到风险发生区和高风险区地图。二代棉铃虫卵发生的地域特点是,重发生区位于研究区的西部和南部部分地区,而轻发生区位于东北部,从东北至西南,棉铃虫发生程度趋于加重,其中西部的阜平县、曲阳县、行唐县、灵寿县、平山县等地以及南部的邯郸市、磁县、临漳县、魏县等地发生最重,属于二代棉铃虫高风险发生地,而东北的遵化市、玉田县、丰润县、唐山市、丰南县等地最轻。通过对风险发生区与各个影响因子如气象、耕作制度、高程、一代蛾量等的定性和定量的分析,认为影响棉铃虫发生的主要因子为气象因子,包括温度与降雨。就二代卵而言,主要影响因子为6月降雨量的大小,其次为耕作制度如小麦、棉花种植比例和一代蛾量。此外,环境因子如海拔高度、植被覆盖大小也对棉铃虫的发生有一定的影响。通过综合分析确认研究区棉铃虫高风险发生地(重发生区及中偏重发生区)具有一些显著特点,即海拔较高、多山地和高原、有较多沙土、自然植被覆盖率高、小麦种植比例较高、降雨偏少、温度较高、湿度较低、一代蛾量较高。     

疼痛——生命的第五体征

正人体有各种各样的感觉,疼痛是不太讨人喜欢的那一种。但如同生老病死一样,疼痛又无处不在,不可避免。我们都或多或少经历过疼痛,甚至给我们的生活带来了难言的痛苦,对于疼痛这个人类的健康杀手,我们必须要关注它,认识它,了解它。疼痛是什么?疼痛是一种令人不快的感觉和情绪上的感受,伴有实质上或潜在的组织损伤,是一种主观感受。汉语的"疼"是指余痛,"痛"是指病人身体内部的伤害性感觉。"疼痛"一词来源于     

转基因动物生物安全性分析

<正>随着转基因技术在医药、农业、环保、生物材料等方面的应用,转基因动物在各个领域内产生了重大的变革。然而任何技术的出现都是一把双刃剑,转基因动物在一定层面上也备受争议,因此,转基因动物生物安全性评估显得尤为重要。从转基因动物自身安全、食品安全和环境安全3个方面进行了分析,并概述了国内外转基因动物生物安全管理现状。     

A critical evaluation of subjective ratings： Unacquainted observers can reliably assess certain personality traits

Methods to measure consistent individual differences in behavior （i.e. animal personality） fall into two categories, subjective ratings and behavioral codings. Ratings are seldom used despite being potentially more efficient than codings. One potential limitation for the use of ratings is that it is assumed that long-term observers or experts in the field are required to score individuals. This can be problematic in many cases, especially for long-term ecological studies where there is high turnover in personnel. We tested whether raters who were unacquainted with subjects could produce reliable and valid personality assessments of yellow-bellied marmots Marmota flaviventris. Two raters, previously unacquainted with individuals and marmot be- havior, scored 130 subjects on fifteen different adjectives in both open-field （OF） and mirror image stimulation （MIS） trials. Eight OF and nine MIS adjectives were reliable as indicated by both a high degree of intra-observer and inter-observer reliability. Additionally, some ratings were externally valid, correlating with behavioral codings. Our data suggest that activity/exploration and sociability can be a reliable and valid measurement of personality traits in studies where raters were unacquainted with subjects. These traits are observable with the personality tests we used; otherwise researchers using unacquainted raters should be cautious in the tests they employ [Current Zoology 60 （2）： 162-169, 2014].     

有关IUCN红色名录中“地点”参数合理应用的讨论

“地点”参数是构成IUCN红色名录标准的重要参数之一。在IUCN红色名录评估过程中,使用“地点”参数时常常忽略或简化致危因子的作用,有时仅以标本记录、采集地点数、观测数据、文献记录的分布点、管理单元及行政单位等信息代替“地点”参数,导致“地点”参数不准确甚至偏离实际情况。为解决这些问题,采用图解方式详细描述了“地点”参数的4类正确判断方法,包括根据致危因子的变化判断物种的“地点”参数、根据亚居群范围判断物种未受影响区域的“地点”参数、根据“地点”的最小尺度判断物种未受影响区域的“地点”参数、根据历史记录预测物种的“地点”参数;并以中国特有植物岩生红豆（OrmosiasaxatilisK.M.Lan）为实例对“地点”参数的正确判断方法进行进一步说明。在此基础上,对“地点”参数正确使用过程中存在的困难进行了讨论分析并提出了该参数的使用建议。     

广西灵川县种植业的可持续发展

广西是我国南方农业大省(区),明确其农业发展的制约因素,提出具体的解决措施,实现农业可持续发展,对解决农业、农村和农民问题,促进经济持续、快速、健康发展,实现社会主义现代化建设战略目标具有重要的理论和现实意义。主要采用了参与性农户评估方法(PRA),通过随机入户方式,与农户面对面交流,并结合调查问卷,对广西桂林市灵川县11个乡镇的农户进行了调查访问,为方便研究和数据处理,在数据分析过程中将该县11个乡镇分为3个片区:东部片区、中部片区、北部片区,对比3组农户的文化素质、种植制度、冬季农业现状、农业需求和农田水利设施等方面问题,探讨广西农业可持续发展的制约因素,并提出相应的对策,以期为广西农业可持续发展提供理论依据。调查结果表明,虽然目前灵川县农业取得众多发展成就,但仍存在以下几个方面的问题,严重影响了该县种植业可持续发展的进程。一是种植制度结构单一,二是冬季农业发展薄弱,三是种植技术贫乏,四是基础设施建设不完善等,因此,为促进灵川县种植业可持续发展,亟需采取以下对策和措施:调整作物种植结构,建立合理的种植制度;大力发展冬季农业;满足农民最迫切的农业需求;加强农业基础设施建设等。