基于进化信息改进蛋白质定点突变稳定性预测准确率

定点突变后蛋白质稳定性的增加还是降低,是分子生物学和蛋白质工程的核心问题之一,也是目前生物信息学研究的重要领域。基于蛋白质序列信息对蛋白质定点突变后的稳定性进行预测的方法,因其简易、适用面广而得到广泛的研究应用。通过对编码策略（coding schemes）的探索,发现不同编码策略对预测准确率有较大影响,并发现基于进化信息的BLOSUM打分矩阵可以用于蛋白质定点突变稳定性预测,具有较高的预测准确率。应用基于BLOSUM62打分矩阵的神经网络（ANN）和支持向量机（SVM）算法,可以改进蛋白质定点突变后稳定性的预测,而且ANN+ BLOSUM62在1623条序列的数据集上的实测结果优于目前国际通用的几款预测 软件。     

小单孢菌属特异寡核苷酸探针的设计及杂交条件优化

小单孢菌在生态环境中占有重要地位,也是寻找新的抗生素的重要来源.为了探索小单孢菌的生态分布和在未培养情况下的生态位,在分离和鉴定一定数量的小单孢菌的情况下利用小单孢菌属的16S rDNA基因同源性,采用ClustalX软件进行序列分析,设计了小单孢菌属的16S rRNA特异寡核苷酸探针Mn1和Mn3两个序列,将这两个序列与GenBank中小单孢和非小单孢菌属的16S rRNA序列进行Blastn比对分析,先在理论上确认Mn1和Mn3对小单孢菌属是特异的.收集小单孢和非小单孢菌株19株,通过原位杂交试验的方法对设计的探针进行特异性验证,结果证明,Mn1能和试验用到的所有小单孢菌属的标准菌株杂交和非小单孢菌均不能杂交;Mn3能和所有小单孢菌属的标准菌株杂交,但也能与链霉菌CGMCC4.891(Streptomyces microflavus)杂交.初步证明Mn1可作为小单孢菌属的特异性探针.并通过杂交条件试验优化了Mn1荧光原位杂交的条件:甲酰胺浓度为30%,溶菌酶处理时间为37℃ 40 min,HCl处理时间为60 min,杂交时间为3 h.     

云南哀牢山地区种子植物区系研究

依据采集的4 000余份标本及馆藏标本的整理和鉴定,云南哀牢山地区有野生种子植物199科945属2 238种215变种(亚种).植物种类十分丰富,是云南植物多样性最为丰富的地区之一.种子植物区系总体上是亚热带性质,其热带科占70.47%,热带属占63.89%,热带成分虽多于温带成份,但相当数量温带成分的存在反映了该区系具有从热带向温带的过渡性质.该植物区系缺少典型热带成分,但具有不少东亚特征科属.因此,该植物区系在区划上仍属于东亚区中国-喜马拉雅植物亚区,云南高原地区,属于东亚植物区系的一部分.     

天仙藤的组织培养及植株再生

1 植物名称 天仙藤（Fibraurea recisa Pierre）。 2 材料类别 带腋芽茎段。 3 培养条件 （1）诱导愈伤组织的培养基：MS＋6-BA2mg·L^-1（单位下同）＋NAA0.01＋Vc100;（2）芽分化及继代培养基：MS＋6-BA2＋2,4-D0.5;（3）诱导生根培养基：1/2MS＋IBA0.5＋NAA0.3。     

苦丁茶冬青的RAPD影响因素及实验条件的优化

以苦丁茶冬青为材料研究随机扩增多态DNA(RAPD)的影响因素及各种实验条件优化。研究结果表明：模板DNA的浓度适宜范围为20ng／反应-80ng／反应RAPD均可得到一致的结果;dNTVs的适宜浓度范围为200μmol／L-400μmol／L;Mg^2 适宜浓度范围为1．5mmol／L-2．0mmol／L;其合适的复性温度为35—37℃;2min的延伸时间,45次热循环。按照此优化的RAPD条件进行重复实验,实验结果重现性良好,因而确定了苦丁茶冬青RAPD反应体系之最佳的实验条件。     

保藏温度对厌氧氨氧化颗粒污泥特性的影响

为考察保藏温度对厌氧氨氧化污泥颗粒特性的影响,同时优化保藏厌氧氨氧化颗粒污泥温度参数,本试验首先通过HRT调控进水基质负荷培养厌氧氨氧化颗粒污泥,并采用KHCO3和Na HCO3交替提供无机碳源。然后分别在–40℃、4℃、(27±4)℃室温和35℃条件下避光保藏。结果表明,Na HCO3可代替KHCO3作为厌氧氨氧化菌生长的无机碳源。相比于其他保藏温度,4℃保藏能够较好地维持生物量和生物活性,同时能较好地维持颗粒污泥的沉降性能、颗粒污泥和细胞结构完整性。在保藏过程中,一阶衰减指数模型可拟合厌氧氨氧化颗粒污泥生物量及活性的衰减过程,衰减指数与胞溶程度正相关,而且生物量的衰减比活性的衰减更快。同时,颗粒污泥胞外聚合物中蛋白质与多糖的比值(PN/PS)和血红素不能有效指示保藏过程中颗粒污泥沉降性能和活性的变化,而生物活性与胞溶程度呈负相关。     

湘潭锰矿废弃地不同林龄栾树人工林碳储量变化趋势

对湘潭锰矿区废弃地植被恢复区的3年生、5年生和9年生栾树林,进行了不同时间序列栾树林生物量和碳储量的时空变化研究。结果表明:随着林龄的增长,林木和各器官生物量增加,树干生物量所占比例逐渐增大,林下植被层生物量随林龄增长而增加,且以草本植被为主;不同林龄栾树人工林乔木层碳含量在0.51—0.53gC/g之间,并高于林下植被层碳含量;不同林龄林地土壤层碳含量变化范围为0.01—0.03gC/g,同一林龄不同深度土层碳含量没有显著差异,相同深度不同林龄土层碳含量存在差异;3年生、5年生和9年生栾树碳储量分别为:1.66、18.32和49.87t/hm2,随林龄增长而增加,其中树干碳储量贡献率最大,所占比例由3年生的27.71%增长到9年生的43.43%;不同林龄栾树林生态系统总碳储量分别为77.76、101.63和149.86t/hm2,其中土壤层碳储量变化范围为76.09—99.93t/hm2,占总储量的66.68%—97.85%,死地被物层碳储量为0.01—0.04t/hm2,占总储量0.001%—0.02%,植被层碳储量为1.67—49.89t/hm2,占总碳储量的2.15%—33.29%,植被层中乔木层为1.66—49.87t/hm2,占植被层碳储量的99%以上。各林龄栾树林生态系统碳储量空间分布序列为土壤层植被层死地被物层。研究结果可为我国矿区植被恢复地的森林资源和碳汇管理提供科学依据。     

湖南会同不同年龄杉木人工林土壤磷素特征

对湖南会同不同年龄(7年生、17年生、25年生)杉木人工林土壤全磷、有效磷、无机磷组分和有机磷进行了研究,结果表明:3种不同林龄杉木林土壤全磷和有效磷的含量分别在317.06—398.56 mg/kg和0.82—1.38 mg/kg之间,土壤全磷和速效磷含量均属低水平;杉木林土壤全磷含量从7年生幼龄林到25a近熟林出现先升高后降低的规律,并且17年生和25年生林分比7年生林分分别增加了19.68%、15.75%,土壤有效磷含量17年生和25年生林分比7年生林分提高了45.55%左右;土壤磷素活化系数均小于2.0%,这表明本研究区土壤全磷向速效磷转化较难,土壤中磷素的有效性较低,但该值随着林分年龄的增加而出现增大的现象;无机磷含量分别为:7年生169.50 mg/kg、17年生182.03 mg/kg、25年生175.94 mg/kg,从幼龄林到中龄林增高,中龄林以后降低;土壤中无机磷组分以O-P含量最高,其次是Fe-P,Ca-P,Al-P最少;杉木不同生长发育阶段对无机磷形态的吸收是有选择性的,幼龄林到中龄林阶段林木以吸收Al-P为主,近熟林阶段林木以吸收Fe-P和Ca-P为主;有机磷含量在全磷所占比例随林龄的变化来看,杉木生长过程中有部分的有机磷矿化为无机磷。土壤不同形态磷的相关性分析结果显示,土壤有效磷与有机磷相关系数为0.667,呈极显著相关性,是研究区杉木人工林土壤有效磷的主要来源。     

TVDI模型的农业旱情时空变化遥感应用

温度植被干旱指数(TVDI)是一种通过反演土壤湿度来反映农业干旱状况的重要方法,其中能量平衡和植被指数的变化是影响TVDI模型精度的主要因子。在研究比值植被指数(RVI)、归一化植被指数(NDVI)、增强型植被指数(EVI)和修正土壤调节植被指数(MSAVI)和下垫面温度(Ts)的基础上,引入DEM数据并对Ts做地形校正,减少了地形起伏对能量平衡的影响,建立不同植被指数的Ts-Ⅵ特征空间,选择与土壤湿度相关性最好的温度植被干旱指数(TVDI),获取研究区2005年作物生长季(5—9月)的干旱状况,并用同步的气象信息对干旱状况进行验证。结果表明:根据不同时期采用不同植被指数的TVDI模型,经过地形校正后能够更好地反映研究区的农业干旱状况。     

模拟动物取食子叶对辽东栎种子萌发和幼苗早期生长的影响

在实验室人工气候箱和玻璃温室盆播条件下,研究了不同程度子叶切除处理(切除1/4、1/2和3/4子叶,以不切除子叶为对照)对辽东栎(Quercus wutaishanica)种子萌发和幼苗早期生长的影响。结果表明:在人工气候箱培养条件下,子叶切除处理后种子的萌发率均高于对照,其中切除1/4子叶处理与对照间差异显著;子叶切除处理加快了种子萌发进程,即萌发速率系数减小,各处理及其与对照间差异不显著;萌发指数在切除1/4子叶处理显著大于对照,其他切除处理与对照间无显著差异;子叶切除处理对活力指数无显著影响。在玻璃温室盆播条件下,尽管不同程度子叶切除处理种子的萌发率无显著提高,但子叶切除后,种子的萌发进程加快,萌发指数增大;活力指数在切除1/4子叶处理略高于对照,而切除1/2和3/4子叶处理均大幅减小。切除子叶处理的幼苗株高、基径、主根长、侧根数、最大侧根长、叶片数、单株叶面积和总干质量等生长参数均不同程度的减小,其中株高在各处理及其与对照间均差异显著,其他生长参数在2个重度子叶切除处理(切除1/2和3/4子叶)均显著小于对照;幼苗根冠比受子叶切除处理的影响较小,各处理及与对照间均差异不显著;切除子叶处理增大了幼苗的比叶面积、比枝长和比根长,其中比叶面积在切除1/2子叶处理显著大于对照,比枝长在各切除处理均显著大于对照,切除1/2子叶和切除3/4子叶处理幼苗的比根长显著大于切除1/4子叶处理和对照幼苗。