远海50个站位沉积物中潜在木质素降解菌的分离与鉴定

【背景】微生物在海洋木质素的降解过程中发挥了至关重要的作用,然而来源海洋环境的木质素降解菌的相关研究报道却很少。【目的】从远海沉积物环境分离潜在的木质素降解菌,为木质素的可再生化学物质转化提供菌种资源。【方法】利用以木质素为唯一碳源的培养基,对50个远海沉积物样品中的木质素降解菌进行富集培养与纯化,并利用含苯胺蓝的脱色培养基筛选潜在木质素降解菌,继而通过16S rRNA基因测序与序列比对初步确定潜在木质素降解菌的分类地位。【结果】从50个沉积物样品中共分离获得菌株283株,其中潜在木质素降解菌263株,它们隶属于α-变形杆菌纲(Alphapreobacteria)、γ-变形杆菌纲(Gamaproteobacteria)、芽孢杆菌纲(Bacilli)、放线杆菌纲(Actinobacteria)和黄杆菌纲(Flavobacteriia)中的32个属。【结论】远海沉积物环境中蕴含着丰富的木质素降解菌,为海洋生物资源的开发利用提供了新的参考。     

浙江两类饮用水源地浮游动物种类组成及其类群相关性分析

于2009年7月至2010年4月,在浙江省选取了10个水库和10个河网饮用水源地,进行4个季节的浮游动物采样调查。记录浮游动物101种(轮虫60,枝角类24和桡足类17种)。水库和河网轮虫的优势种分别为角突臂尾轮虫(Brachionus angularis)和针簇多肢轮虫(Polyarthratrigla),枝角类分别为颈沟基合溞(Bosminopsis deitersi)和长额象鼻溞(Bosmina longirostris),桡足类均为温剑水蚤(Thermocyclops)。水库中有一些能指示良好生态或水质的指示性种类。水库枝角类与桡足类群落之间周年在丰度和生物量上均有极显著的正相关关系(P<0.01),轮虫与桡足类类群之间的相关性最弱;河网枝角类与桡足类在夏、秋、冬季有显著的正相关性(P<0.05)。浮游动物类群之间的相关性程度,以水库的秋季与河网的夏季为最高。轮虫与浮游甲壳动物的种类丰富度随着饮用水源水体透明度的变化呈现相反的变化趋势。     

基于网络药理学和实验验证研究柠檬精油缓解焦虑症的作用机制

基于网络药理学方法探讨柠檬精油(lemon essential oil, LEO)干预焦虑症的作用机制并进行实验验证。GC-MS测定LEO组成,从TCMSP平台挖掘LEO的作用靶点;利用OMIM、GeneCards数据库获得焦虑症靶点;利用Venny获得LEO-焦虑症的交集靶点,进行GO和KEGG富集;利用Cytoscape构建“成分-靶点-通路-疾病”网络,利用1-Click Docking对关键成分与靶点进行分子对接。利用细胞炎症模型进行验证。从构建的网络中得到LEO的19种活性成分如柠檬烯、α-松油醇、β-蒎烯、乙酸橙花酯、4-萜品醇等,通过作用于18个疾病靶点(占总靶点78.26%)如GABRA2、MAO、DRD1、GRIA2等,调控20条信号通路如神经活性配体-受体相互作用、羟色胺能突触、多巴胺能突触等。柠檬精油对DPPH、ABTS自由基有抑制作用,能降低由脂多糖(lipopolysaccharide, LPS)诱导HaCaT细胞内活性氧(reactive oxygen species, ROS)水平,降低炎症因子NO、TNF-α及IL-6水平。LEO通过多种有效成分多靶点调...     

动物营养与基因表达关系研究进展

营养在动物的基因表达中起着重要的作用。在介绍基因表达过程及营养调控途径的基础 上,综述了营养水平与蛋白质、氨基酸、碳水化合物、脂肪与脂肪酸、矿物元素及维生素等营养因 子对相关基因表达的调控作用及主要机制,并对营养基因的调控、环境因子的调控和风味调控的 研究进行了展望。     

东钱湖水体异养细菌的时空分布及其与环境影响因素和有机质的关系

为探究宁波东钱湖表层水体中异养细菌丰度的时空分布特征及其环境影响因素对可溶性有机质转化的影响, 实验采用主成分分析及多元逐步回归分析方法研究了三者之间的关系, 结果表明: 调查期间东钱湖表层水体中异养细菌丰度的季节分布特征为夏季>春季>冬季, 支流汇入口、码头或水上乐园区域水体中异养细菌丰度较高, 近岸人类活动带来的陆源污染是造成此分布特征的主要原因; 多元统计分析结果表明ST、DO、COD、Chla、DOM是制约宁波东钱湖表层水体中异养细菌分布的主要环境因素, 且ST、Chla、COD、DOM中的类芳香族蛋白质Ⅰ及类溶解性微生物代谢产物IV与异养细菌丰度呈显著正相关(p<0.05), DO与异养细菌丰度呈极显著负相关(p<0.01); 异养细菌等微生物的代谢转化活动和陆源输入共同决定DOM的来源和转化, 但异养细菌对DOM具体的驱动转化机制有待于进一步的研究。     

基于全基因组的龟鳖目Hox基因序列特征及进化分析

为对Hox基因在龟鳖目物种中进行系统地序列比较分析和进化研究，文章对目前具有染色体水平的龟鳖目基因组进行了Hox基因的鉴定,序列特征、进化和转录组分析。研究结果表明龟鳖物种的Hox基因簇是高度保守的。非重复序列的缺失导致鳖科HoxB9—HoxB13基因间区相对龟科短了10 kb。大量Hox基因编码区发生了鳖科或龟科特异的序列替换、插入和缺失。胸部骨骼发育相关的Hox基因在鳖科祖先发生了快速进化和受到正选择。Hox基因的表达具有组织、时期特异性,主要在胚胎时期的顶端外胚层嵴、背甲嵴和性腺表达。研究为龟鳖目Hox基因不同胚胎时期的多组学及表达调控分析提供了靶标,也为进一步厘清龟鳖物种演化创新提供了参考。     

Sox8基因过表达诱导中华鳖ZW性腺的雄性分化

为了研究Sox8基因在中华鳖性别分化中的功能,研究利用慢病毒介导的过表达载体,在性别分化前的雌性中华鳖中过表达Sox8。通过组织学分析和生殖细胞标记蛋白VASA的免疫荧光染色发现在Sox8过表达后,50%的ZW性腺髓质区发育出睾丸特有的、含有生殖细胞的性索结构; qRT-PCR和免疫荧光结果显示雌性特异性基因Foxl2和Cyp19a1表达量显著降低,而调控睾丸发育的Dmrt1、Sox9和Amh基因表达上调。实验结果表明Sox8的过表达诱导ZW胚胎性腺往雄性方向分化,揭示了Sox8在中华鳖睾丸分化过程中的作用。     

西藏林芝市发现北椋鸟

中华鳖(Pelodiscus sinensis)是我国重要的特种水产经济动物，也是鳖科动物的代表物种。中华鳖阴茎头为阴茎末端的黑色部分，是进行交配和排精的关键，但其系统性研究还未见报道。本研究以6龄性成熟雄性中华鳖为研究对象，通过解剖学和组织学方法，观察勃起和自然状态下中华鳖阴茎头结构和组织特性。结果显示，中华鳖阴茎体背侧存在两条排精沟，并顺着阴茎体一直延伸到阴茎头两侧的末端。阴茎头背侧的表皮为褶皱状血窦，血窦在阴茎充血后膨大，使得阴茎头的突触状组织充分伸展，形成了独特的“蝴蝶状”结构，并且该结构可以在射精时做开合运动。此外，阴茎头表面还具有丰富的绒毛和黏液。中华鳖阴茎头在勃起状态下形成特殊“蝴蝶状”结构，我们推测这种结构可能直接与交配的稳定和排精相关。     

一株嗜酸硫杆菌M4-422-6的分离及其全基因组测序和比较基因组学分析

【目的】开展具有硫氧化能力的嗜酸硫杆菌属(Acidithiobacillus)的分离及其比较基因组学分析,不仅可以丰富硫氧化细菌菌种资源,而且有助于加深理解嗜酸硫杆菌的分子进化与生态适应机制。【方法】利用以硫代硫酸钠为唯一能源的培养基分离具有硫氧化能力的细菌;利用Illumina HiSeq X和Oxford Nanopore测序平台对一株嗜酸硫杆菌M4-422-6进行全基因组测序;利用相关生物信息学分析软件对原始数据进行组装和基因组注释,并与一株亲缘关系最近的菌株Igneacidithiobacillus copahuensis VAN18-1进行比较基因组学分析。【结果】分离获得一株具有硫氧化能力的嗜酸硫杆菌M4-422-6。基因组注释结果显示,菌株M4-422-6基因组由1个染色体和2个质粒组成,基因组大小为2 917 823 bp,G+C含量为58.54%,共编码2 925个蛋白。16S rRNA基因和基因组系统发育树显示,菌株M4-422-6代表嗜酸硫杆菌属的一个潜在新种。功能基因注释结果显示,菌株Acidithiobacillus sp. M4-422-6拥有与菌株特性相关的众多基因,包括硫氧化相关基因、CO₂固定相关基因和耐酸相关基因。比较基因组学分析发现,虽然菌株M4-422-6与VAN18-1的亲缘关系最近,但两者仍拥有众多的差异基因,主要包括噬菌体抗性相关基因和移动元件编码基因。【结论】菌株M4-422-6代表嗜酸硫杆菌属的一个潜在新种,该菌株具有同种内菌株所不具有的特有基因,并据此推测嗜酸硫杆菌种内分化可归因于对特定生态位的适应。