SARS病毒M蛋白的二级结构和B细胞表位预测

以SARS病毒基因组序列为基础,采用GarnierRobson方法、ChouFasman方法和KarplusSchulz方法预测蛋白质的二级结构;按KyteDoolittle方案、Emini方案和JamesonWolf方案预测SARS病毒M蛋白的B细胞表位。预测结果表明,在SARS病毒M蛋白N端第11～20、27～36区段和第133～141区段可能是α螺旋中心;M蛋白分子N端第20～27、34～37,44～56,61～64,70～76,79～97,117～132,142～147,165～176区段和第216～221区段可能是β折叠中心。在M蛋白N端第5～6、40～44、105～107、112～116、189～190、202～203区段和第210～215区段具有较柔软的结构,有可能进行一定幅度的摆动或折叠而形成较复杂的三级结构。SARS病毒M蛋白N端第1～15、37～47、99～120、181～192区段和第196～215区段内或附近很可能是B细胞表位优势区域。以蛋白质的二级结构预测作为辅助手段,用抗原指数,亲水性参数和可及性参数预测SARS冠状病毒M蛋白的B细胞表位,为实验确定SARS病毒M蛋白的B细胞表位和免疫识别研究奠定了基础 。     

用SARS冠状病毒全基因组芯片杂交方法分析SARS-CoV

为从临床样品中检测和分析SARSCoV病毒打基础,并为分析SARSCoV病毒的复制和转录等机理提供一种有效方法。以SARS冠状病毒TOR2株序列作为标准设计和制备一种覆盖SARS冠状病毒全基因组的寡聚核苷酸芯片,探针长度为70nt,每相邻的探针序列重复25nt,共660条。用该芯片分析了细胞培养的SARSCoV病毒总RNA、7个SARSCoV病毒的基因克隆片段。对RNA样品用随机引物进行反转录PCR获得cDNA。对DNA用随机引物扩增和dUTPcy3标记。结果用这种芯片杂交检测SARSCoV病毒RNA可见阳性信号呈全基因组分布,并且有多处连续的阳性信号点;用正常人的白细胞RNA为对照,杂交未出现明显阳性信号。检测7个SARSCoV病毒基因克隆片段,在该片段相应的探针区段出现连续阳性信号点。这种方法可有效地检测和分析样品中SARS冠状病毒全基因组的信息。     

SARS病毒免疫学性状的结构基础分析

运用生物信息学技术,对SARS冠状病毒基因组及其编码区进行了全序列分析,根据其基因和推导蛋白结构特点及同源性分析,探索SARS病毒主要结构蛋白免疫学性状的结构基础及进一步进行免疫学研究的线索,为深入SARS病毒的诊断预防工作提供参考 。     

人冠状病毒OC43感染性克隆的构建

摘要 目的：构建携带绿色荧光报告基因的人冠状病毒OC43感染性克隆。方法：设计带有绿色荧光蛋白的人冠状病毒OC43感染性克隆基因组序列,分段合成后利用融合聚合酶链式反应等方法得到8个亚基因组片段,通过酵母转化关联重组技术获得重组质粒,转染HEK-293T细胞进行病毒拯救,收获转染细胞培养上清感染靶细胞分析病毒拯救情况。结果：获得人冠状病毒OC43感染性克隆重组质粒,将该质粒转染细胞后成功获得携带绿色荧光蛋白报告基因的人冠状病毒OC43重组病毒。结论：成功构建了人冠状病毒OC43感染性克隆并获得重组病毒,为针对冠状病毒的基础和应用研究提供了有效工具。     

SARS及其病原体研究进展

严重急性呼吸道综合症(SARS)的病原体己被认定为一种新的冠状病毒-SARS冠状病毒。关于SARS冠状病毒的基因组和蛋白组研究也已取得重要进展,这为探索SARS病毒的来源与进化、研制SARS诊断试剂、开发SARS疫苗和治疗药物奠定了坚实基础。本文对严重急性呼吸道综合症病原学研究取得的一些进展进行了综述。     

SARS病毒与其他冠状病毒的基因组比较

本文利用生物信息学方法比较SARS病毒和其他冠状病毒基因组.通过数据库搜索,找出与SARS病毒基因组相似的核酸或蛋白质序列,并对相似序列进行比对,分析它们的共性和差异.结果表明,SARS病毒在基因组的组织上及结构蛋白质方面与现有冠状病毒有比较大的相似性,SARS病毒基因组与冠状病毒基因组相关.但是,SARS病毒基因组还存在一些特异性序列,ORF1a和S蛋白(特别是S1)的变化以及SARS-CoV特异性的非结构蛋白可能是SARS发病机理与传染特性区别于其他冠状病毒的分子基础.在全基因组水平上进行核酸单词出现频率分析,结果表明,SARS病毒远离已知的其他冠状病毒,单独成为一类.     

北京每年近300万t林农废弃物实现再利用

北京市首个林业生物质能源生产线2009年前正式进入试生产阶段,这意味着北京市每年产生的近300万t林业农业废弃物都将会陆续“变废为宝”,成为新型的能源燃料。这种新型能源燃烧释放的热量和燃煤不相上下。北京市每年产生的园林废弃物大约有213万t,农业废弃物大约80万t,这些枝权、树叶、秸秆等都能经过加工变成新型燃料。     

新型一次性输液器在手术病人输液护理中的应用

目的:探讨手术病人应用新型一次性输液器在防进气、测量中心静脉压(CVP)等方面的效果.方法:将1201例在我院手术中心手术患者,采用自身对照方法,随机分为新型组与传统组,比较两组进气例数、排气时间;分为管测组(使用新型输液器)与机测组(采用心电监护仪)测量同一手术病人CVP,比较两组测量值.结果:新型组在进气例数、排气时间方面少于传统组,差异有统计学意义(P＜0.05),管测组在测量CVP方面与机测组差异无统计学意义(P＞0.05).结论:应用新型一次性输液器防进气,可提高护理工作效率,也增强了输液治疗的安全性,提供了一种观测患者CVP的简易有效装置,临床应用性强.     

PCR条件对扩增SARS-CoV多聚酶部分基因的影响

目的：对该实验室已建立的检测SARS冠状病毒多聚酶基因的套式RT-PCR方法进行优化。方法：从SAPS病人的嗽口水标本中提取RNA,调整套式PCR的退火温度,扩增SARS冠状病毒多聚酶部分基因。扩增出的阳性片段连接入pGEM-T载体中,测序后比较其与已知SARS冠状病毒的同源性。结果：通过改变PCR条件,成功从一SARS病人的嗽口水中扩增出SARS冠状病毒多聚酶部分基因。结论：针对不同标本优化PCR反应条件非常重要。     

SARS病毒与动物冠状病毒的比较

1 SARS病毒横空出世 2003年4月16日世界卫生组织宣布,肆虐人类的SARS(Severe Acute Respiratory Syndrome,严重急性呼吸道综合征)即所谓非典型性肺炎的病原体已经确定,它是一种全新的冠状病毒,并建议命名为SARS病毒。得出这一结论是基于基因序列和动物试验的两个重要依据,其一,包括中国在内