用SARS冠状病毒全基因组芯片杂交方法分析SARS-CoV

为从临床样品中检测和分析SARSCoV病毒打基础,并为分析SARSCoV病毒的复制和转录等机理提供一种有效方法。以SARS冠状病毒TOR2株序列作为标准设计和制备一种覆盖SARS冠状病毒全基因组的寡聚核苷酸芯片,探针长度为70nt,每相邻的探针序列重复25nt,共660条。用该芯片分析了细胞培养的SARSCoV病毒总RNA、7个SARSCoV病毒的基因克隆片段。对RNA样品用随机引物进行反转录PCR获得cDNA。对DNA用随机引物扩增和dUTPcy3标记。结果用这种芯片杂交检测SARSCoV病毒RNA可见阳性信号呈全基因组分布,并且有多处连续的阳性信号点;用正常人的白细胞RNA为对照,杂交未出现明显阳性信号。检测7个SARSCoV病毒基因克隆片段,在该片段相应的探针区段出现连续阳性信号点。这种方法可有效地检测和分析样品中SARS冠状病毒全基因组的信息。     

非综合征型遗传性耳聋基因的研究进展及相关网络资源

耳聋是一种最常见的人类感觉系统缺陷,70%的遗传性耳聋属于非综合征型听力缺损。据估计非综合征型遗传性耳聋基因总数在100个以上,迄今已经有大约80个基因座被绘制于人类染色体上,至少23个基因得鉴定。本文系统地介绍了已鉴定的23个非综合征型耳聋基因,并列举了与遗传性耳聋相关的部分网络资源以供参考。 Abstract:Deafness is the most prevalent sensory system impairment of human,and 70% of genetic deafness belongs to nonsyndromic hearing impairment.The total number of genes involved in nonsyndromic hereditary deafness has been estimated to above 100.So far,approximate 80 loci have been mapped to human chromosome,and 23 genes have been identified.In this article,these 23 genes were summarized systematically and some databases about hereditary deafness were provided for reference.     

一种应用于高通量生物检测的皮升级微反应池芯片

基于高通量皮升级微反应池的焦磷酸测序技术以其测序读长长的优势,在测序领域有着不可替代的位置.在高通量焦磷酸测序过程中,微反应池之间的光学串扰以及微反应池中的化学残留严重影响测序原始图像的信噪比,限制了测序的读长及准确性.本研究通过在微反应池侧壁分别选择性蒸镀钛和铝金属膜,有效地将相邻微反应池之间的平均光学串扰率降低约一个数量级.此外,通过在微反应池表面蒸镀二氧化硅层,显著地改善了微反应池表面物理形貌,有效地减少了微反应池中的化学残留.表面蒸镀钛-二氧化硅的微反应池光学串扰低、化学残留少,可应用于高通量焦磷酸测序等相关领域.     

应用BIGIS-4测序系统完成Glaciecola mesophilasp．nov．的全基因组测序和组装

BIGIS．4是中国新一代基于焦磷酸测序技术的测序仪．本实验利用BIGIS．4完成了对Glacielola mesophila sp．nov．（Gmn）的全基因组测序．Gmn是一株从海洋无脊椎动物体内分离到的革兰氏阴性菌．BIGIS-4测序得到152043个高质量的测序片段,平均读长406bp．测序片段由BIGIS-4系统后处理模块组装．除单核苷酸同聚体引起的测序错误外,测序结果中没有检测到其他低质量错误．Gmn基因组全长5144318bp,共注释得到4303个基因,其中有大量的代谢基因,与菌种在海洋表面非脊椎动物的生长环境相关．Gmn的冷适应和信号转导相关基因为其对海洋低温环境的适应提供了依据．     

仙台病毒BB1株基因组cDNA序列测定及比较分析

该研究对仙台病毒BB1分离株的cDNA全序列进行测序,通过RT-PCR法获得的4个相互重叠的质粒克隆覆盖了全长基因组,并将BB1全长序列与其它已知的仙台病毒序列进行比较。BB1株病毒的基因组为15 384个碱基构成,与其它已知仙台病毒基因组的基因排列与组成规律是一致的,未发现插入或缺失突变。与现已公布5个仙台病毒代表株全基因组序列比较发现,BB1株与其它仙台病毒株同源性均有较大差异。遗传进化分析结果显示,BB1株与Z株和Hamamatsu株的同源性仅为87%和91%,不属于这两株代表的进化分支而归属于第三个基因型。     

类SCC样甲氧西林敏感性金黄色葡萄球菌的基因组学分析

金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus, S. aureus), 作为一种常见的致病菌常可导致严重感染性疾病. 金黄色葡萄球菌的主要特点是易产生耐药性. 临床上运用多重PCR方法对S. aureus耐药菌株进行分型. SCC作为一种mecA基因的转运载体, 介导金黄色葡萄球菌产生耐药性. 本研究报道了一株新甲氧西林敏感性金黄色葡萄球菌的全基因组序列信息, 即类SCC样MSSA463菌株, 经多重PCR方法, 该菌株被误鉴定为耐甲氧西林金黄色葡萄球菌, 结果与药敏结果相冲突. 为此, 运用焦磷酸测序方法完成了该菌株的全基因组测序, 并与已知金黄色葡萄球菌的基因组序列信息不同, 发现可读框(CZ049; AB037671)存在于attL, attR反向重复序列的临近下游. 这些结果提示, 在金黄色葡萄球菌与其他微生物之间可能存在一种水平基因转移, 并改变了金黄色葡萄球菌对药物的敏感性, 推测attL, attR反向重复序列可能作为外源性基因的插入部位而存在.     

全基因组扩增策略在基因芯片分析SARS冠状病毒实验中的应用

针对SARS冠状病毒的分子生物学检测是控制SARS流行的关键环节。为评价全基因组扩增对SARS微量样本检测的影响 ,采用 6 mer随机引物反转录 ,用加接头的随机引物合成第二链 ,再以接头序列为引物扩增并掺入荧光标记 ,最后与带有 70 mer探针的基因芯片杂交。此非特异方法基本覆盖了样本中的全部DNA ,结果发现SARS冠状病毒全基因组的扩增效果对基因芯片杂交结果的均匀性有较大影响 ,PCR循环次数增多会导致扩增均匀性的降低。分析了不同的引物对全基因组扩增均匀性的影响 ,探讨了全基因组扩增策略的缺陷。     

下一代测序技术:技术回顾与展望

在过去的30年中,作为最重要的生物医学研究手段之一,DNA测序技术的数据产出能力呈指数增长,而且这一技术本身也演变成为一个面向工程学和物理学的新技术领域.本文分析了下一代测序仪的技术特点,并对其未来的发展以及应用进行了前瞻性的展望.预期在刚刚出现的技术中,有些技术假以时日能够发展成熟,实现1000美元基因组和100美元基因组的目标.同时建议中国科学家在这场对科学研究以及社会医疗保健体系都将产生深远影响的运动中发挥积极的作用.     

地中海实蝇及其近缘种基因芯片检测研究

本研究选择线粒体DNA (mtDNA) 细胞色素氧化酶Ⅰ基因（COⅠ）为分子标记基因，以双翅目实蝇科昆虫DNA序列为目标，建立了我国进境植物检疫害虫地中海实蝇Ceratitis capitata、芒果小条实蝇C. cosyra和纳塔尔小条实蝇C. rosa等生物芯片检测方法。地中海实蝇及其近缘种检测芯片由检测探针（实蝇科通用探针1条，小条实蝇属通用探针1条，地中海实蝇、芒果小条实蝇和纳塔尔小条实蝇近缘种探针2条和种特异探针4条）、质控探针（定位点探针、阳性质控、阴性质控和空白对照探针各1条）组成。芯片检测结果表明，检测探针特异性强，能实现上述3种实蝇的种类快速区分和准确鉴定； 检测方法稳定性好，地中海实蝇不同虫态（卵、幼虫、蛹和成虫）和不同地理种群检测结果完全一致。地中海实蝇生物芯片检测技术将为我国进口果蔬中检疫性实蝇快速筛查和种类鉴定提供检测方法，同时，还可应用到其他属的实蝇以及相关害虫的检疫中，为有害生物的快速鉴定提供了新方法。     

全自动核酸分子诊断系统的现状与发展

分子诊断是预测诊断的主要方法,广泛用于血液筛查和传染性疾病的诊断中,也用于个体遗传病的诊断和产前诊断。如今,随着各种新发突发传染病频发,以及精准医疗发展的需要,快速、精确、简便的全自动化集成式分子诊断系统越来越受到全世界的关注。对当前国际致力于全自动化集成式分子诊断系统的公司及其产品进行综述,并对全自动化集成式分子诊断系统的未来发展进行了展望。