多基因模型在肝细胞癌预后中的应用

利用较少分子信息预测肝细胞癌类型对患者的个性化治疗十分关键。探索已知的与肝细胞癌预后相关的信号通路,共发现41个关键基因。随后,运用机器学习的方法对其构建风险预测模型,并在4个肝细胞癌数据集上进行验证。结果显示,该模型能将肝细胞癌患者分成两个预后差异显著的类型:癌症基因图谱(The cancer genome atlas,TCGA)数据集交叉验证的平均log rank P值为0.03;其他测试数据集的log rank P 值分别为0.000 38、0.002 1和0.01。生物信息学分析显示肝细胞癌的预后与细胞周期等信号通路显著相关,并筛选出12个潜在的肝细胞癌分子标志物。研究结果表明,基于41个基因构建的肝细胞癌预后模型具有较好的稳健性和准确的风险预测能力。     

山东荚属一新变种

发表了山东荚　属一新变种     

三亿年前的树木

不久前,苏联地质学家Г.А.契尔诺夫等在巴伦支海岸,发现了生活在三亿五千万年前晚泥盆世的树木化石。科学家们根据化石推断,这棵树直径约10厘米,高4—5米;没有叶和花,茎杆上有一些豆粒般的孢囊。孢囊内有可以随风飘撒的孢子。那时候的植物就是用孢子繁殖的。在巴伦支海岸卢多瓦特海角,契尔诺夫等人在一个重达150公斤的大岩石上,发现了非同寻常的树木的断面,它那纹理清晰的树干,和看去仿佛富有弹性的树枝,就象是一件精致的雕塑品一样。但这是大自然留给我们的三亿多年前的树木的遗体。科学家认为,这是在欧洲北部古老的沉积层中,第一次发现这样重要的植物遗迹。在此以前,科学界还     

低渗介质对影泡载体的影响

本文提供了利用低渗透析技术将生物大分子物质牛血清白蛋白、L-天门冬酰胺酶包封入人红细胞影泡制备载体的技术方法,并且比较了PBS、HEPES-EDTA两种缓冲系统制备的影泡载体的性能。发现以后一种缓冲系统制备的载体H-Gs无论在形态、包封率还是在稳定性等方面均比P-Gs有明显优点。为载体应用于实验研究提供了必要的参数。     

新生隐球菌COP9复合体基因CSN6的敲除与鉴定

目的构建新生隐球菌COP9复合体蛋白元件Csn6的基因同源重组敲除框,并通过基因枪转化系统敲除CSN6基因。方法应用生物信息学方法获得COP9复合体蛋白元件的基因信息,采用套叠PCR的方法,构建包含报告基因NEO和CSN6基因ORF两侧上下游同源DNA片段的同源重组框。应用基因枪将其转化入新生隐球菌感受态细胞,通过PCR和DNA测序对遗传霉素(G418)耐受的阳性克隆子进行筛选与验证。结果成功构建了新生隐球菌基因突变株csn6裣。结论 COP9复合体亚基CSN6基因突变株的构建,为今后新生隐球菌COP9复合体的分子致病机制研究奠定基础。     

条件启动子pCTR4在隐球菌基因表达调控中的应用

目的通过条件启动子pCTR4的质粒构建以及其在新生隐球菌中的同源置换,研究其在隐球菌基因表达调控中的应用。方法应用套叠PCR,构建含报告基因NEO的铜离子抑制性启动子质粒pNEO/CTR4和启动子同源重组框,并利用基因枪将其转化入新生隐球菌感受态细胞,常规及实时定量PCR检测条件启动子对目的基因的转录调控效应。结果成功构建了质粒pNEO/CTR和隐球菌条件启动子重建菌株,条件启动子pCTR4对目的基因具有预期的转录诱导和抑制效果。结论新建铜离子抑制性启动子质粒pNEO/CTR4可以应用于对隐球菌目的基因表达水平的调控;隐球菌泛素编码基因UBI 1并非致死性关键基因。我们的研究为今后新生隐球菌泛素系统的分子致病机制研究奠定了基础。     

钻井噪声与振动对草鱼摄食和生长转换效率的影响——Eggers胃含物法在现场模拟研究中的应

研究首次将Eggers胃含物法应用于钻井噪声与振动污染对草鱼影响特征的现场模拟实验中.结果主要阐明(1)钻井噪声与振动的污染特征,定量描述了污染源距离与钻井噪声或振动等效声级之间的关系;(2)草鱼排空率实验中,消化道内含物随时间的变化趋势为St=4.997e-0.3202t,瞬时排空率为Rt=o.3202 gW·W/(kg·h).(3)钻井噪声与振动污染对草鱼最大摄食量、生长和生长转换效率均有显著影响,但影响程度却有所差别.(4)草鱼摄食、生长均随钻井噪声与振动强度增大呈减小趋势;其中摄食量较为敏感,但对生长的影响程度却远大于摄食.     

华北石质山地侧柏人工林C、N、P生态化学计量特征的季节变化

以北京九龙山自然保护区幼龄侧柏人工林为研究对象,对其不同生长季节叶、枝、根(0—10 cm、10—20 cm土层)的碳(C)、氮(N)、磷(P)含量及其生态化学计量学特征进行了分析,深入探讨了生长季节与器官以及两因素交互作用对以上特征的影响,研究有助于理解植物各性状之间的相互作用以及植物生长过程中资源的利用和分配状况。结果表明:1)不同器官间C含量为414.97—461.58 g/kg,枝最大,根(0—10 cm)最小;N含量为6.57—14.28 g/kg,叶最大,枝最小;P含量为0.39—1.28 g/kg,叶最大,根(10—20 cm)最小;C∶N为31.76—70.98,枝最大,叶最小;C∶P为369.93—1099.20,根(10—20 cm)最大,叶最小;N∶P为9.21—23.81,根(0—10 cm)最大,枝最小。整个生长季节中侧柏各器官C含量最稳定,变异系数均小于7%;P含量变异性最大,变异系数均超过15%,N含量变异性介于两者之间;各器官中C∶N和N∶P较C∶P更为稳定,C、N与P具有较好的耦合协同性,C∶P和N∶P的变化主要取决于P的变化。2)器官对C、N、P含量及其化学计量关系均存在显著影响,生长季节对N和P含量存在显著影响,两者交互作用只对P含量存在显著影响,器官对侧柏C、N、P含量及其化学计量变异的贡献大于生长季节。3)侧柏各器官间C、N、P含量及其化学计量比相关性多数未达到显著性水平,仅有叶与枝中的P及C∶P显著相关,说明侧柏器官分化过程中各器官对元素的吸收利用具有特异性。侧柏叶片N∶P14,说明生长季节里幼龄侧柏人工林更多受到N限制。     

蛋白质序列中的关联规则发现及其应用

随着蛋白质序列-结构分析中使用的机器学习算法越来越复杂,其结果的解释和发现过程也随之复杂化,因此有必要寻找简单且理论上可靠的方法。通过引入原理简单、理论可靠、结果具有很强实际意义的关联规则发现算法,找到了蛋白质序列中数以万计的模式。结合实例演示了如何将这些模式应用于蛋白质序列分析中,如保守区域发现、二级结构预测等。同时根据这些结果构建了一个二级结构规则库和一种简单的二级结构预测算法,实验结果表明,约81%的二级结构可以由至少一条关联规则预测得到。