常规诱变结合高通量筛选选育可利霉素高产菌株

可利霉素是通过基因工程定向育种技术获得的新型大环内酯类抗生素,是国家一类新药.[目的]为满足工业化生产需要,其工程菌株的发酵水平有待提高.[方法]多种常规诱变技术交替处理和高通量筛选方法选育可利霉素高产菌株,处理方法包括原生质体紫外诱变、DES(硫酸二乙酯)诱变、紫外光复活诱变、缬氨酸抗性筛选和正突变菌株的富集.[结果]高产菌株WSJ-1-7-49-133-82-43的摇瓶生物效价比出发菌株WSJ-1-7-49提高56％,500L中试发酵罐突变菌株效价较出发株高61％.[结论]说明多轮常规诱变育种结合高通量的筛选方法可以用于工业生产菌株的高效筛选.     

喀斯特季节性雨林蚬木种群的增长模型

蚬木是喀斯特季节性雨林的优势种和特征种,研究蚬木种群的增长过程将为深入理解喀斯特季节性雨林动态提供基础。根据一个15hm2固定样地的调查数据,采用logistic模型及其4种改进模型对蚬木种群的增长过程进行了拟合,用残差平方和、决定系数和AIC准则对拟合的模型进行评价。结果表明:李新运模型和刘金福模型的拟合效果较好,但综合考虑模型的拟合效果和模型的简洁性,logistic模型和S形增长过程模型为较优模型。用logistic模型对蚬木种群的增长过程进行深入分析发现,种群增长最快的时期为50a左右,而在150a后,种群逐渐进入增长饱和期。种群目前接近增长饱和期,所以应加强保护,以维持蚬木群落的稳定发展。     

染色质免疫沉淀-测序：全基因组范围研究蛋白质-DNA相互作用的新技术

染色质免疫沉淀-测序(ChIP-seq)是近年来新兴的将染色质免疫沉淀(ChIP)与深度测序技术相结合,在全基因组范围内分析DNA结合蛋白结合位点、组蛋白修饰、核小体定位和DNA甲基化的高通量技术．在新一代测序(NGS)技术的大力推动下,ChIP-seq提供了一种相对于ChIP-chip高分辨率、低噪音、高覆盖率的研究方法．随着测序成本的降低,ChIP-seq逐步成为研究基因调控和表观遗传机制的一种常用手段．本文就该技术的最近研究进展进行综述,并着重介绍ChIP-seq数据分析过程及该技术的实际应用情况.     

针叶树基因组特征及其序列资源挖掘进展

针叶树是裸子植物中最大也是分布最广的一支。作为多年生木本植物,针叶树不仅为工业提供建筑、造纸等重要原料和其它可再生能源,而且在北半球的生态平衡中也起着重要作用。因其独特的分类地位、重要的经济价值和生态价值,针叶树序列资源挖掘备受重视。然而其庞大且复杂的基因组阻碍了这一进程,截至2013年4月,尚无获得全基因组序列的针叶树种。随着第2代测序技术的出现及生物信息学的快速发展,针叶树序列资源挖掘也从转录组过渡到全基因组测序,后者己在松属（Pinus）、云杉属（Picea）和黄杉属（Pseudotsuga）部分树种中开展。该文首次归纳了针叶树基因组特征．回顾了针叶树序列资源挖掘进程,并重点介绍了火炬松（Pinustaeda）、欧洲云杉（Piceaabies）和白云杉（Piceaglauca）的全基因组测序项目。     

环境微生物的宏基因组学研究新进展

宏基因组学以环境中微生物的基因组的总和为研究对象,从而规避了传统方法中绝大部分微生物不能培养的缺陷,因此近年来在环境微生物学研究中得到了广泛应用.本文重点介绍了宏基因组学技术中关键的两类技术:即以罗氏454及Illumina为代表的高通量测序技术和以基因芯片(GeoChip)为代表的基因芯片技术在微生物研究中的应用.测序技术可以发现新物种和新基因,但由于测序深度有限,定量性差,不易发现低丰度物种,且易受污染物干扰.芯片技术很好地克服了这些局限,但不易于发现新基因.本文介绍了这些技术近年来在气候变化、水处理工程系统、极端环境、人体肠道、石油污染修复、生物冶金等方面取得的部分代表性成果.在此基础上,对宏基因组技术在环境微生物研究方面的未来发展方向提出了预判和展望.我们认为由于两种技术各自的优缺点,今后将两类技术结合起来的综合研究会越来越多.另外,由于大量数据的处理方法已成为制约宏基因组学发展的瓶颈,相应的生物信息学技术开发将是未来科研的热点和难点.     

基于新一代高通量测序的环境微生物转录组学研究进展

环境微生物转录组学是一门新兴学科,它以复杂环境样品中的微生物mRNA为研究对象,利用近年兴起的RNA-Seq高通量测序技术,在整体水平上对环境微生物的基因表达水平和调控规律进行研究.本文概述了环境微生物转录组研究从样品的采集保存、RNA提取、mRNA的富集、cDNA合成直到高通量测序及数据分析的基本流程.总结了该技术面临的主要瓶颈:环境样品mRNA含量低、腐植酸等干扰杂质多、rRNA去除程度有限.针对RNA的提取、纯化以及mRNA的富集这些重点步骤,详细阐述了近年来在提高mRNA的得率与纯度上的方法学进展.重点介绍了高通量测序数据的处理及分析方法,从测序数据的质量控制、序列组装、rRNA的鉴定及去除、功能基因注释及分类到差异表达基因的鉴定.最后总结了近年来环境微生物转录组学在新基因的发现、不同环境条件下微生物的基因表达及调控规律研究、有机物的代谢路径分析等3个主要研究领域的广泛应用.随着测序技术及生物信息学分析工具的发展进步,环境微生物转录组学将具有更广阔的应用前景.     

昆虫RNA-Seq数据的分析流程

随着高通量RNA测序(RNA-Seq)技术的发展和测序成本迅速下降,RNA-Seq技术已经成为生物学研究的重要工具,为生物学家全面地了解和研究转录组提供了机遇。高通量测序具有读长短、存在一定比例的测序错误、数据量大等特点,因此RNA-Seq数据分析与基因组分析和传统的EST数据分析有所不同。本文通过介绍不同的测序平台、原始数据产生和低质量数据过滤的计算流程,对短序列比对、转录组拼接、功能注释、以及差异表达分析进行了研究和分析,最后对RNA-Seq在昆虫学研究中的应用进行了综述,并对RNA-Seq技术进行了总结和展望。     

妇科恶性肿瘤术后阴道微生态状况分析

目的了解妇科恶性肿瘤术后患者阴道微生态的状况,探讨妇科恶性肿瘤术后阴道微生态评价的临床意义。方法选取100例妇科恶性肿瘤术后复查的患者,取阴道分泌物进行微生态评价,以同期30例绝经体检妇女作为对照。结果妇科恶性肿瘤术后阴道优势菌以乳酸杆菌为主的,占41%;菌群密集度多在＋ ＋ ～＋ ＋ ＋,占52%;菌群多样性多在＋ ＋ ～＋ ＋ ＋,44% ;PH^4.5,占35% ;VVC阳性率为4% ;阴道毛滴虫阳性率为7% ;BV阳性率为5% ;微生态失调的发生率占69%。结论（1）妇科恶性肿瘤术后,阴道微生态失调发生率明显增高;（2）妇科恶性肿瘤术后阴道微生态的失调与肿瘤的种类、恶性程度、手术范围、卵巢去留等无关,但术后时间越长,阴道微生态失调率越高;（3）评价妇科恶性肿瘤术后阴道微生态环境的状况,对预防与治疗术后生殖道感染具有重要指导意义。     

肠道菌群与疾病发生及中草药调节和治疗作用的研究概述

肠道正常菌群及微生态稳定对人体极具重要性,中草药对肠道菌群具有调节作用.本文综述了人体的肠道正常菌群与疾病产生和发展的关系,结合中草药对肠道菌群调节作用的研究,探讨中药调节肠道菌群与其发挥疾病防治效果之间的相关性,以期为中草药的临床应用及药理学研究提供一定的参考依据.     

哺乳期过度喂养对幼鼠肥胖和肠道菌群结构的影响

目的 研究哺乳期过度喂养对幼鼠肠道细菌组成的影响以及肠道细菌与哺乳期过度喂养导致的幼年肥胖的相关性.方法 将正常出生体重的4日龄雄性ICR仔鼠分为正常喂养组(NF组,每8只由1只母鼠喂养)和哺乳期过度喂养组(OF组,每4只由1只母鼠喂养),哺乳至3周龄时,对仔鼠进行口服糖耐量试验(OGTT),称量体重、各种器官和脂肪组织的重量,用基于细菌16S rRNA基因的变性梯度凝胶电泳(DGGE)和实时定量PCR分析仔鼠的粪便细菌组成,对细菌类群数量与表型数据进行相关分析.结果 OF组仔鼠从10日龄起体重显著高于NF组,3周龄时附睾和肾周脂肪垫重量显著高于NF组,两组仔鼠的空腹血糖以及OGTT血糖曲线下面积比较差异无统计学意义.对DGGE图谱的主成分分析表明两组仔鼠的菌群结构比较差异有统计学意义.定量PCR显示,OF组仔鼠粪便中产生内毒素的肠杆菌科细菌和产生破坏肠屏障功能的H2S的硫酸盐还原菌的数量显著高于NF组,而双歧杆菌、乳杆菌和丁酸盐产生菌的数量在两组仔鼠之间差异无统计学意义.粪便硫酸盐还原菌的数量与内脏脂肪的重量显著正相关.结论 哺乳期过度喂养增加了肠道中肠杆菌科细菌和硫酸盐还原菌的数量,这些细菌的增加与仔鼠幼年期肥胖相关.