计算机辅助CRISPR向导RNA设计

基于CRISPR/Cas9系统的基因编辑已被成功应用于多种细胞类型中。计算机辅助的向导RNA(Guide RNA)设计是使用CRISPR系统成功进行基因编辑的关键步骤之一。目前的计算工作主要致力于利用计算模型来提高sgRNA的打靶效率并降低其脱靶。文中对于目前存在的sgRNA设计工具进行综述,并且说明可以通过建立高效的计算模型,对当前的异质基因编辑数据进行整合挖掘,以获得无偏差的sgRNA设计规则,并预测影响sgRNA设计的关键特征。笔者认为,对于sgRNA打靶和脱靶效果的系统总结和评价,将有助于使用CRISPR系统进行更加精准的基因编辑和基因治疗。     

蚊蝇醚及添加有机硅对B型烟粉虱的毒力和田间药效

研究了蚊蝇醚及添加有机硅对各发育虫期B型烟粉虱的毒力和田间药效.室内试验结果表明:蚊蝇醚对烟粉虱具有高杀卵活性和较好的杀若虫作用,但对成虫的毒力较低;成虫接触经蚊蝇醚处理的茄子叶片48 h后,在无药叶片上的产卵量无明显变化,但卵的孵化率显著降低,蚊蝇醚具有优异的经卵巢杀卵活性.有机硅助剂对蚊蝇醚没有表现出明显的增效作用.田间药效试验发现, 蚊蝇醚对茄子上的烟粉虱若虫有较佳的防治效果,但对成虫的防治效果较差.     

川西高山典型自然植被土壤动物多样性

为了解川西高山不同自然植被类型下土壤动物的多样性差异,于2008年8月至2009年6月对该地区代表性植被--针叶林、灌木林和草甸下的土壤动物群落进行调查.从3种植被下共捕获土壤动物48343只,隶属于7门16纲31目117科.不同植被类型的大型土壤动物优势类群差异较大,其土壤动物类群数存在显著差异(P＜0.05).3种植被下土壤动物个体密度与类群数的垂直分布均具有明显表聚性.针叶林苔藓层的土壤动物个体密度与类群数极显著高于凋落物层和土壤层（P＜0.01）.不同植被下土壤动物密度 类群指数(DG)存在极显著差异(P＜0.01).大型土壤动物生物量在6月达到最大值.Jacard相似系数显示:受干扰草甸的土壤动物群落与其他植被相似程度最低.表明植被类型对土壤动物群落结构特征影响显著;坡向、海拔以及干扰等因素对土壤动物群落结构也有影响.     

基于线粒体COⅠ和Cytb基因序列的锯眼蝶亚科和眼蝶亚科的系统发育分析（鳞翅目：眼蝶科）

为了阐明眼蝶科内一些存疑类群间的系统发生关系,本研究测定了其中最大的2个亚科锯眼蝶亚科和眼蝶亚科中分布于中国的9族17属21个种的COⅠ和Cytb基因的部分序列,并结合从GenBank中下载的2个国外种类的同源序列,进行了序列变异和系统发生分析。序列分析结果显示：处理后的2基因总长度为1 056 bp,其中保守位点648个,可变位点408个,简约信息位点316个;A+T的平均含量为70.8%,明显高于C+G的平均含量29.2%。以蛱蝶科的2个物种为外群,通过邻接法、最大简约法和贝叶斯法重建了分子系统树,探讨了这两个亚科及其主要类群的系统发生关系,结果表明： 眼蝶亚科、锯眼蝶亚科以及黛眼蝶族均为多系类群;眉眼蝶族和黛眼蝶族应从锯眼蝶亚科分离出来,归入眼蝶亚科;眼蝶族、白眼蝶族和莽眼蝶族可能具有较近的共同祖先;古眼蝶族、眉眼蝶族和矍眼蝶族三者之间具有较近的亲缘关系。     

麋鹿血液cDNA 文库的构建

为分离出MHCⅠ、Ⅱ基因,利用TRIzol 试剂从麋鹿血液组织中提取总RNA,经mRNA 纯化试剂盒纯化后,根据Stratagene 公司的cDNA 文库构建系统构建了麋鹿血液组织的cDNA 文库。初始文库滴度为1.96 ×106 pfu/ ml,总库容为1.96 ×106 个独立克隆;cDNA 插入片段平均长度约为1.0 kb;重组率为95.6 % 。文库各项指标均达标准经典cDNA 文库的基本要求。利用本实验室设计的可扩增MHCⅡ类DQA 基因第二外显子的引物检测扩增后的文库,得到了特异性非常好的目标条带,说明本文所建文库可以用于麋鹿MHC 相关基因的分离。     

刺楸种子层积过程中内源植物激素的动态变化及激素在种子休眠中的作用

本文主要以高效液相色谱为主要手段,结合生物测定方法,测定了4种不同层积条件下激素动态变化。结果表明刺楸干种子中存在有两种抑制物质-脱落酸(ABA)和香豆素(C),在种子层积的不同阶段又相继有GA₃,IAA和Z出现,并在层积后熟过程中呈现非常有规律的变化。根据激素的变化,可把种子整个后熟过程分三个阶段;即阶段Ⅰ,以抑制物质(ABA,C)和IAA水平迅速减少为主要特征,阶段Ⅱ主要表现为GA₃和Z合量的上升,阶段Ⅲ各种激素处于相对稳定的状态。种子的休眠与否可能主要取决于阶段Ⅱ的状况。在刺楸种子胚形态后熟期间,胚的生长与分化同ABA和C水平有很高的相关性,但同时也受GA₃和IAA的调节。生理后熟主要与Z有关,同ABA和C无明显相关性。同时本文还对激素相对水平做了初步研究,发现GA₃/ABA+IAA,Z/GA₃+IAA和GA₃/C+IAA^*,在种子后熟期间的变化同胚生长发育存在高度的一致性。认为激素的相对水平对种子休眠起重要的控制作用,还推测激素的作用可能类似于"板机"机制。     

从基因库筛选特定克隆的放射性抗体法

从众多的克隆群体当中筛选出含有特异性的外源DNA片段的质体,在DNA重组技术中是很关键的一步。现在我们已经找到了这样一种简便的筛选方法,这种方法不依赖于一个真核蛋白质的功能活性的表达,也不依赖于与特异性细菌突变体的功能互补。     

单疱疹1型病毒胸腺嘧啶核苷激酶基因在大肠杆菌中的表达

含有编码胸腺嘧啶核苷激酶序列的单疱疹Ⅰ型病毒DNA片段,以三个可能的读码结构(reading frame)被融合到大肠杆菌LacZ基因的开始部位。当胸腺嘧啶核苷激酶基因处在能从Lac启动子转录的方向时,那么在所有三种情况下,在Lac控制下都可在大肠杆菌中产生具有功能活性的病毒原的胸腺嘧啶核苷激酶。序列分析的结果指出,在胸腺嘧啶核苷激酶基因的5’端,子终止信号之后翻译又重新开始,而在这同一区域发现有二段富A+T序列,此序列可能是真核启动子部分。     

果树的高接换种

果园里所栽的果树,达到結果的年龄后,如果发現果形小,味酸栽,則食用价值很低,或沒有食用价值。砍掉重栽,不但过去了的时間,无法挽救,即在人力和財力上,也受到很大的損失。采用高接換种法,就能使这品質惡劣的果树,生产出优美可口的果实;而又能及早結果。目前农村里很多品質差的果树,就可采用这办法进行改良。     

桃树修剪分枝模式的模拟

在不同修剪手法下,对栽培桃树(Prunuspersica(L.)Batsch)不同母枝上的分枝模式进行了比较研究。从分枝模式来看修剪后的母枝基本由3个不同的区域组成,基部是不萌发的潜伏芽形成的未分枝区域;中部是延迟分枝和多次分枝组成的分枝区域(主要的枝条类型有短枝、长枝和多次枝);顶部是被剪除的部分。我们通过隐式半马尔可夫模型来模拟这一分枝模式,主要是定量描述1次枝和多次枝在母枝上的数量及其分布状况。在上述模型中,未分枝区、延迟分枝区和多次分枝区称为瞬时态,被剪除的部分称为吸收态。模拟的结果与观察的结果进行对比后发现,两者具有很好的一致性。这说明隐式半马尔可夫模型是模拟植物分枝过程的一种有效方法,尽管隐式半马尔可夫链模型只是一个描述性的模型,但仍能对其所描述的生物现象进行解释,在预测修剪手法对母枝分枝模式影响方面比传统的方法具有明显的优势。本研究结果是建立三维虚拟桃树树冠分枝结构的基础。