微生物组测序与分析专家共识

在过去的十几年,微生物组相关研究和应用持续升温。微生物组逐渐成为生命科学、环境科学和医学等领域的研究焦点。与此同时,全球多个国家和组织也都积极发起各自的微生物组计划,进行多方面的布局,力争在这一具有广阔前景的领域获得战略地位。此外,无论是科研还是产业应用已经迎来了研究高潮和投融资热潮,微生物组相关产品和服务也不断出现。然而,行业在快速发展的同时,也存在一些不足。由于微生物组测序和分析相关技术和方法发展迅速,各国研究和应用尚未在技术、方案和数据等标准上达成统一,国内行业参与者对微生物组也存在认识不足,对微生物组相关新方法、新技术、新理论等还未能充分掌握和使用。除此之外,已有的一些标准和指南,内容过于简单,实操性也不足,这不仅给科研数据的整合造成了困难和资源浪费,还给相关企业进行不良竞争、以次充好提供了机会。更重要的是,我国尚缺乏微生物组相关的国家标准,国家微生物组计划仍处于筹备过程。在此背景下,中国生物工程学会、中国科学院微生物研究所于2019年6月至2020年3月,共同设立了“微生物组测序与分析专家共识”专项研究课题。中国生物工程学会组织了微生物组相关领域的27位专家以及来自行业内的30多位专业人员,通过分成4个项目小组、召开4轮研讨会后,最终形成了涵盖从微生物采集与保存、DNA提取与建库、高通量基因测序和数据分析以及质控标准品等全流程的“微生物组测序与分析专家共识”。本专家共识具有较强可参考性和可操作性,不仅能指导国内科研和产业机构规范进行微生物组相关产、学、研,还能为国家相关职能部门提供可参考的技术依据,保障规模型和规范化的企业利益,加强行业自律,避免不规范的企业扰乱市场,最终促进微生物组相关产业的良性发展。     

中国姜科凹唇姜属一新记录种-广义凹唇姜

报道了姜科（Zingiberaceae）凹唇姜属（Boesenbergia Kuntze）1个中国新记录植物：广义凹唇姜（B.quangngaiensis N.S.Lý）,其叶背绿色,被白霜,穗状花序顶生,花交替排列成2列,偏生于花序同一侧,唇瓣近圆形或宽倒卵形,基部中间具深红色带,顶端中部具紫红色斑点,可与同属其他种区别。提供了该植物的形态描述、彩色图片及中国凹唇姜属分种检索表。     

基于NGS方法评估不同保存条件对粪便样本中菌群含量的影响

目的评估粪便样本的不同保存条件对肠道微生态研究结果的影响。方法设计相关实验,比较7种不同的保存方法,基于高通量测序技术比对不同时间、不同贮存温度对粪便样本DNA质量、菌群多样性及病原菌检出等结果之间的差异。结果证实了对于粪便样本采集仍建议采取即刻提取核酸或-20℃保存的方法。同时比较多种保存方法后发现,采用不同样本保存方法受到影响的菌属集中在低丰度菌属(≤0.01%),对应较高丰度的病原菌检测结果的可靠性影响较小,样本中丰度超过千分之一的病原菌检测率超过95%。结论对于肠道微生态研究建议对粪便样本采取即刻提取核酸或-20℃保存的方法。对于由于其他原因未能妥善保存的粪便样本(如常温保存48 h),仍可对丰度超过千分之一的病原菌进行检测。以上结果对于肠道菌群研究中异地所采集的粪便样本运输和贮存具有一定的指导意义。     

几种实验性2型糖尿病动物模型制备方法的比较

2型糖尿病是一种严重影响人类健康的内分泌代谢性疾病,其患病人数多,病程缓慢。动物模型在2型糖尿病研究中发挥了重要作用,其中实验性动物模型因其价格便宜,易于诱导和维持而被广泛应用。本文对几种常见的2型糖尿病动物模型的建立方法进行综述和评价。     

紫甘蓝色素的提取及组分的研究

从紫甘蓝中提取色素并研究色素的主要成分。通过正交实验确定了紫甘蓝色素的最佳提取条件:60%的乙醇溶液、料液比1∶50、pH=1、提取时间60min;经AB-8大孔吸附树脂纯化后,采用液相色谱-质谱法(LC-MS)对紫甘蓝色素的组分进行了分析,结果表明紫甘蓝色素主要有七种组分,是矢车菊花青素的一系列糖苷及其酰化物。     

激光显微切割分离细胞的微量RNA质量鉴定体系的 建立

摘要: 探索一套激光显微切割(Laser capture microdissection, LCM)分离细胞后获得的微量RNA质量鉴定标准操作流程。选取3个低温保存的胃癌旁组织样本, 冰冻切片进行甲酚紫染色和病理学检查, 利用激光显微切割技术分离非癌上皮细胞, 提取RNA并以Agilent 2100生物分析仪鉴定RNA的纯度和完整性。同时, 选择高、中、低3种不同表达丰度的6个基因(EF1A, ACTB, GAPHD, B2M, MED1, CK20), 在每个基因的5′和3′端设计引物, RT-PCR扩增。以3个培养细胞制备的高质量RNA和3个有降解的胃癌旁组织样本RNA作对照, RT-PCR扩增结果与Agilent 2100生物分析仪的结果高度一致。结果显示冻存组织进行冰冻切片结合病理学检查后, LCM获取细胞提取微量RNA采用RT-PCR进行质量鉴定是一种操作简单的稳定方法, 可以作为肿瘤基因组研究的有效和常规方法。     

蒺藜内生真菌发酵液抗菌及抗肿瘤活性初步研究

【目的】筛选出具有抗菌和抗肿瘤活性的蒺藜内生真菌。【方法】采用牛津杯法、稻瘟菌模型及肿瘤细胞模型评价蒺藜内生真菌PDB和察氏培养基发酵产物的抗菌活性和肿瘤细胞毒性。【结果】PDB培养基发酵液和察氏培养基发酵液抑菌圈直径大于10 mm的菌株分别占总菌株数的19.05%和23.81%。PDB培养基发酵液和察氏培养基发酵液对稻瘟菌的最小抑制浓度(MIC)低于10%的菌株分别占总菌株数的19.05%和47.61%。对肿瘤细胞抑制率高于50%的PDB发酵产物占PDB发酵产物总数的52.38%, 而对肿瘤细胞抑制率高于50%的察氏发酵产物占察氏发酵产物总数的28.57%。【结论】部分蒺藜内生真菌的发酵产物具有抗菌和抗肿瘤活性。     

PbS纳米线的DNA模板控制合成及其表征

纳米材料的制备已成为当今材料领域的一个热点,探索条件温和、形态和粒径及其分布可控、产率高的制备方法是这方面研究的首要任务。在模板法制备中,由于生物大分子具有外形多样化(管状、链状、球形等)、尺寸小(纳米级)、自组装生物模板形貌重复性高等优点,近年来引起了研究者的广泛关注。本文利用DNA模板在温和的条件下,成功地制备了PbS纳米线,并且用透射电子显微镜(TEM)等手段对制备的产物进行了表征,这为纳米材料的制备提供了一条新的思路。     

高等植物6-磷酸海藻糖信号调控研究进展

6-磷酸海藻糖(T6P)在植物体内广泛分布,对植物的生长发育起着重要的调节作用,其信号途径伴随植物胚胎发育直至衰老的整个过程。T6P是海藻糖的代谢前体物质,其主要通过抑制蔗糖非酵解相关激酶1(SnRK1)的催化活性,进而调控植物生长代谢,故称为T6P/SnRK1信号。在T6P/SnRK1信号调控植物代谢过程中,转录因子b ZIP11、己糖激酶HXK及PIF信号途径也参与到植物T6P/SnRK1信号调控路径。     

几种植物有效成分对大鼠脂肪细胞糖代谢的影响

采用葡萄糖消耗实验探讨沙棘籽渣黄酮等几种植物有效成分对大鼠脂肪细胞糖代谢的影响.结果显示,10~(-4)～1 U/mL的胰岛素能显著促进脂肪细胞消耗葡萄糖,且随着浓度及时间的增加,作用越明显.100～1000 μg/mL的沙棘籽渣黄酮和1000 μg/mL的刺梨黄酮在24 h和48 h,分别使细胞的葡萄糖消耗量极显著地增加(P＜0.01).并且沙棘籽渣黄酮能提高胰岛素的降糖作用.说明沙棘籽渣黄酮具有很好的促脂肪细胞消耗葡萄糖作用.