A platform to standardize,store, and visualize proteomics experimental data

With the development of functional genomics research, large-scale proteomics studies are now widespread, presenting significant challenges for data storage, exchange, and analysis. Here we present the Integrated Proteomics Exploring Database （IPED） as a platform for managing proteomics experimental data （both process and result data）. IPED is based on the schema of the Proteome Experimental Data Repository （PEDRo）, and complies with the General Proteomics Standard （GPS） drafted by the Proteomics Standards Committee of the Human Proteome Organization. In our work, we developed three components for the IPED platform： the IPED client editor, IPED server software, and IPED web interface. The client editor collects experimental data and generates an extensible markup language （XML） data file compliant with PEDRo and GPS; the server software parses the XML data file and loads information into a core database; and the web interface displays experimental results, to provide a convenient graphic representation of data. Given software convenience and data abundance, IPED is a powerful platform for data exchange and presents an important resource for the proteomics community. In its current release, IPED is available at http：//www. biosino.org/iped2.     

不同产地华中五味子叶表皮结构和导管分子的解剖学特征及其与环境因子的关系

在光学显微镜下观察了不同产地华中五味子(Schisandra sphenanthera Rehd.et Wils．)叶表皮结构和导管分子特征,应用多元回归方法对不同产地华中五味子的叶表皮特征及导管分子特征与环境因子的关系进行了分析。观察的指标有叶表皮特征(气孔器密度、气孔器指数、气孔器长宽、气孔器面积、气孔极区角质加厚、气孔器类型、表皮细胞垂周壁形状、分泌细胞密度及叶表面角质条纹)和导管分子特征(导管分子长度、直径、长／直径比值及穿孔板类型)。观察结果：上表皮有极少量气孔器和分泌细胞分布。在下表皮,气孔器类型为平列型和侧列型,气孔器指数为15．05％-22．53％,气孔器长59．2—74．2μm,气孔器宽37．9—46．8μm,分泌细胞密度为1．45／mm^2-3．99／mm^2。导管分子以具缘纹孔导管为主,穿孔板包含单穿孔和梯状穿孔板。导管分子长957．8—1270．2μm,导管分子直径85．0—136．7μm。随着产地的不同,华中五味子叶下表皮结构和导管分子的解剖特征有明显的差异。分析结果显示：年均气温与气孔器面积和气孔器长度,年降水量与气孔器宽度以及相对湿度与分泌细胞密度之间关系密切。随着年平均气温的升高,气孔器面积、气孔器长度呈减少的趋势,R^2值分别为0．74、0．71。随着年降水量的增加,气孔器宽呈减小的趋势,R^2值为0．64;导管分子长／直径比值增加,R^2值为0．46。相对湿度与分泌细胞密度呈正相关,R^2为0．63。     

国家标本资源共享平台(NSII)支撑生物多样性科学研究的成效分析

随着生物多样性信息学的迅速发展,越来越多开放的生物数据可供科研人员使用。以一个公开数据平台为例分析我国生物多样性领域的研究热点与发展趋势,有助于生物多样性工作者和决策者及时了解我国生物研究的现状及动向,为生物多样性建设提供决策支持。该文以“国家标本资源共享平台(NSII)”及相关词为检索对象,对中国知网和谷歌学术上2013—2023年间的文献进行全文检索,共检索出1 070篇NSII支撑的文献,包括期刊论文(822篇)、学位论文(233篇)、科普文章(5篇)、会议文章(6篇)和报道(4篇)。基于NSII支撑的822篇期刊论文,通过文献计量学的手段和方法,从发文情况、研究主题与热点、研究机构等方面探究NSII支撑的生物多样性研究现状、热点与态势。关键词共现网络图谱分析结果显示,基于数据平台的生物多样性研究热点集中在物种分布分析和建模、气候变化、分类学、生物多样性研究、研究平台建设五个方面。当前我国生物多样性信息学领域发展较快,未来仍需从数据源建设、资源整合、共享能力、业务能力和国际合作等方面努力提升,持续推动生物多样性科学研究的发展。     

应用IABP 治疗急性心梗伴心源性休克的观察与护理

主动脉球囊反搏（IABP）是临床上一项极为有效的血流动力学支持手段,它是将一定容积的球囊放置于主动脉部位,球囊导管与体外压力泵相连,内部填充氦气,由体表心电图进行自动程序控制,使球囊充盈与排空限定在特定的时限。球囊充气发生在舒张压早期主动脉瓣刚刚关闭时,使主动脉内舒张压增高,提高冠状动脉的灌注,改善心肌供血。球囊排空发生在舒张压末期,主动脉瓣开放前的瞬间,降低左室射血阻抗,减低心脏的氧耗,使左室的每搏排血量和射血分数增高。但由于其术后并发症发生率为15％,其中11％为严重并发症,如栓塞、肢体缺血、全身感染等,加之术后长时间卧床制动易出现体位不适而致焦躁不安使IABP不能有效工作,因此细致全面的护理措施,能帮助病人减少并发症,顺利渡过置管期,尤其对急性心梗伴心源性休克的病人,可显著降低死亡率,同时提高抢救成功率。     

一种简易的家兔离体心脏灌流方法

生理实验中的经典实验,蛙心灌流给研究药物对心脏的影响提供了很好的实验平台,但是蛙心的结构毕竟区别于哺乳动物的心脏,研究结果不能说明药物对哺乳动物心脏的影响。然而哺乳动物是恒温动物,体外存活条件苛刻,设备复杂,非一般教学实验室能够实现。介绍了一种在常规生理教学实验室可以实现的简易的哺乳动物心脏离体灌流的方法。     

洋蒲桃次生木质部中导管分子的解剖学

运用细胞图像分析系统和显微照相的方法对洋蒲桃（Syzygium samarangense）次生木质部导管分子进行了观察研究。次生木质部导管分子类型有：两端具尾导管、一端具尾导管和无尾导管。导管分子穿孔板存在着4种类型：两端均为具2个单穿孔的复穿孔板;一端为1个单穿孔板,另1端为具2个单穿孔的复穿孔板;两端均为单穿孔板：两单穿孔板位于同一端壁两侧相互对应以及一些过渡类型穿孔板。根据观察结果,分析了各类型穿孔板之间的演化关系。     

黄三七(毛茛科)茎次生木质部导管穿孔板的研究

利用扫描电子显微镜对东亚特有植物黄三七（Souliea vaginata（Maxim.） Franch.）茎的次生木质部离析材料进行了观察,结果表明,黄三七茎次生木质部中的导管分子端壁上具网状穿孔板（麻黄式穿孔板）、梯状穿孔板、网状-梯状混合穿孔板、网状-梯状-单穿孔混合型穿孔板、梯状-单穿孔混合型穿孔板及单穿孔板,同时也观察到了端壁多穿孔板和侧壁穿孔板,并对不同类型穿孔板中纹孔膜的残留也进行了观察。其中,网状穿孔板、各种过渡类型的穿孔板均为毛茛科植物中首次报道。根据观察结果,对导管分子穿孔板的演化及黄三七属植物的系统位置进行了分析。     

林木耗水调控机理研究进展

林木的蒸腾耗水量是造林设计与环境水分研究的重要参数。本文就林木耗水的气孔与非气孔调节机制、木质部空穴和栓塞的发生和恢复机理、树体组织水容等方面进行了综述,对它们在树木水分传输过程中的调控作用和意义开展了探讨。目前在蒸腾气孔调节方面,包括,蒸腾午休、夜间蒸腾、气孔振荡和补偿现象等气孔行为的研究工作有待深入。栓塞木质部和空穴化导管恢复的临界条件与重新充注对植物水分运输的重要生理作用要进一步加强。树体组织水容对树木水分传输和耗水的调控机制问题应加以重视。     

慢性重型肝炎患者股静脉双腔导管细菌培养分析

目的分析慢性重型肝炎患者股静脉双腔导管培养的菌群分布、药敏试验,与留置时间的相关性,探讨有效的防范措施。方法对慢性重型肝炎患者行股静脉双腔导管尖端增菌培养,并同时进行外周血培养。结果双腔导管细菌培养阳性25例,64％的病原菌为葡萄球菌属。留置时间10d以上细菌培养阳性率明显增加。结论慢性重型肝炎患者导管相关性感染发生率高,严格的无菌操作和精心护理是防治导管感染的关键。     

生物基琥珀酸的研发进展

琥珀酸（丁二酸）是一种重要的平台化合物,广泛用于食品、药品、化妆品,以及合成生物可降解聚合物等.本文分别介绍帝斯曼公司、Myriant公司、BioAmber公司、巴斯夫公司以及国内有代表性的公司和科研单位关于生物基琥珀酸的最新研发进展.