皖南地区非飞行小型兽类多样性调查及编目

皖南地区是安徽省动物资源最丰富的区域, 也是华东地区生物多样性热点研究区域, 但目前该区域小型兽类多样性研究相对滞后, 物种本底数据仍不清楚。本研究于2018年5月至2019年12月利用夹日法和陷阱法对皖南地区14个区域的小型兽类进行了调查, 结合传统形态鉴定方法和DNA条形码技术(Cyt b和COI基因)对标本进行鉴定。同时, 结合历史资料对皖南小型兽类名录进行了整理。此次调查共采集小型兽类标本647号, 隶属3目8科17属23种, 其中啮齿目13种, 劳亚食虫目9种, 兔形目1种。分子分析结果显示皖南地区的川西缺齿鼩(Chodsigoa hypsibia)、华南缺齿鼹(Megera latouchei)、青毛巨鼠(Berylmys bowersi)、赤腹松鼠(Callosciurus erythraeus)和侯氏猬(Mesechinus hughi)与其他地区的样本存在较为明显的分化。结合历史资料, 皖南地区共有小型兽类3目9科24属34种, 其中啮齿目23种, 劳亚食虫目10种, 兔形目1种。皖南地区小型兽类资源十分丰富, 对于华东地区生物多样性保护非常重要, 但其多样性仍可能被低估, 该地区小型兽类资源还有待进一步深入调查。     

黑麂MHC - DQA2 基因多态性

利用牛特异性扩增DQA2 第2 外显子的嵌套引物,对黑麂基因组DNA 进行PCR 扩增和克隆测序,基于该
序列设计出黑麂DQA2 基因第2 外显子特异性引物。利用该引物,通过PCR - SSCP 以及克隆测序技术,从40 个
黑麂样品中获得4 个不同的DQA2 等位基因。没有一个个体同时具有2 个以上的等位基因,所有序列均不含插入
或缺失突变,不含终止密码子,因此,本研究所扩增的DQA2 基因可能是表达的单基因座位。抗原结合区(Peptide
binding region,PBR)非同义替换率(dn)显著大于同义替换率(ds) (P <0.05),暗示该座位曾经历过明
显的正选择作用;进一步利用CODEML 程序中的相关模型以及贝叶斯法检测出4 个受选择作用的氨基酸位点
(α11、α58、α62、α66),这4 个位点均位于PBR 区。基于NJ 法构建的部分偶蹄类DQA 外显子2 系统发生关系
显示,黑麂4 个DQA2 等位基因与牛、羊以及梅花鹿的DQA2 等位基因构成独立的进化枝,在该进化枝内,黑麂
DQA2 等位基因优先与牛DQA2 等位基因聚类,暗示黑麂DQA2 基因在进化过程中存在跨物种进化现象。上述结
果表明平衡选择是维持黑麂DQA2 基因多态性的主要机制。然而,本研究从40 个样品中仅检测出2 个杂合子,
黑麂DQA2 等位基因之间的频率存在显著差异,推测可能是所检测的样品来源于不同种群,由于华伦德效应
(The Whalund effect)导致杂合度降低,也不排除本文所设计的引物在PCR 扩增过程中存在无效等位基因。     

麋鹿血液cDNA 文库的构建

为分离出MHCⅠ、Ⅱ基因,利用TRIzol 试剂从麋鹿血液组织中提取总RNA,经mRNA 纯化试剂盒纯化后,根据Stratagene 公司的cDNA 文库构建系统构建了麋鹿血液组织的cDNA 文库。初始文库滴度为1.96 ×106 pfu/ ml,总库容为1.96 ×106 个独立克隆;cDNA 插入片段平均长度约为1.0 kb;重组率为95.6 % 。文库各项指标均达标准经典cDNA 文库的基本要求。利用本实验室设计的可扩增MHCⅡ类DQA 基因第二外显子的引物检测扩增后的文库,得到了特异性非常好的目标条带,说明本文所建文库可以用于麋鹿MHC 相关基因的分离。