基于二层特征筛选的HIV-1蛋白酶特异位点预测

在抗艾滋病治疗中,HIV-1蛋白酶抑制剂发挥着重要作用。对于HIV-1蛋白酶裂解作用位点的研究有助于找到新的治疗靶点。为了对HIV-1蛋白酶特异位点进行预测,本研究用氨基酸索引数据库(Amino Acid Index,AAIndex)中的531个氨基酸物理化学性质参数直接表征肽样本的结构,通过二层特征筛选,最终将4248个表征参数降为57个表征参数。分别采取四种核函数进行HIV-1蛋白酶特异位点的支持向量机(SVM)建模,并通过10折交叉验证及外部测试集方法来验证建模的准确性。结果表明选取NormalizePolyKernel核函数进行SVM建模效果优于其他核函数(PolyKernel、PUK、RBFKernel),所建立的模型对于训练集的10组交叉验证预测准确率达到93.947%,对于外部测试集的预测正确率达到93.684%。     

对“小鼠腹腔巨噬细胞吞噬作用的观察实验”的拓展探索

以"小鼠腹腔巨噬细胞吞噬作用的观察实验"为例,从发现疑问、确定拓展方向、设计拓展方案等方面拓展传统验证性实验项目,使其一般验证性实验具有了综合性和设计性的作用,让学生体会到在小实验中发现大问题的乐趣,进一步激发学生参与实验的积极性。     

基于设备劣化预防的可靠性维修模式探讨

本文通过对设备维修管理的探索,形成适合企业设备特点的可靠性维修模式,把设备保养体系、点检管理、设备状态检测、寿命周期管理、故障缺陷管理及设备信息化分析应用等流程进行有效集成,实施主动维修、预测维修和预防维修,取得了良好效果。     

基于Desirability函数法对米根霉发酵制备富马酸的多目标优化

以富马酸产量和生产速率为目标,通过正交实验考察了种龄,接种量,葡萄糖和尿素浓度对两者的影响,进一步利用基于响应曲面方法的Desirability函数确定了葡萄糖和尿素的最佳浓度。结果表明,最佳的种龄和接种量分别为36h和15%,葡萄糖和尿素的优化浓度为132.73和0.0586g/l,此时模型预测的富马酸产量和生产速率达到71.42g/l和0.804g/(l.h),Desirability的函数值高达0.966。该条件下在5L发酵罐水平上进行验证试验,经过88h的发酵最终生成富马酸66.5g/l,生产速率达到0.755 g/(l.h),与未优化前相比,产量和生产速率分别提高了13.9%和15.8%,取得了理想的效果,实现了产量和生产速率的同时优化,为发酵法制备富马酸的工业化放大奠定了基础。     

芽孢杆菌TS02特异RAPD标记的SCAR标记转化和验证

利用自主分离的蜡状芽孢杆菌菌株TS02,采用RAPD 方法对TS02及其同源性相近的5株芽孢杆菌(地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、短小芽孢杆菌)进行了RAPD条带特异性分析,从TS02基因组中筛选获得了一个533 bp的特异RAPD标记TSR1.TSR1克隆、测序后,根据其序列设计出一对特异引物P1/P2进行扩增,结果只在TS02中扩增得到目的片段,而其余对照菌株扩增为阴性,从而证明试验得到了在种水平上对该菌种进行准确鉴定的特异SCAR标记.     

"中心法则"的模拟游戏

以高中生物学教材中遗传学部分"中心法则"的知识内容为载体,设计模拟游戏并将其引入课堂.将教学内容与模拟游戏融合,让学生通过模拟游戏学习、复习巩固知识.通过在文科班及理科班的实际教学操作.使此种教学方法的实际意义得到进一步的验证,通过游戏可以创设相关的环境,学生可以亲身体验、自主思考、自行归纳总结,从而从根本上领悟所学内容的内涵.     

对一道题的求解

笔者就一道习题的解答,介绍了3次探究求解过程:实验求解:着重解决天平哪边将会上升的现象.数学求解:从数学上寻求左侧上升现象的理论依据.通过相关量的假设,两侧有关质量大小的比较、K值的求定,借助代数运算的方式推导出左侧质量小于右侧质量.再次求解:解决天平左侧上升的生理原因.经问题转变及影响质量因素的分析、判断推理出左侧上升的主要原因是蒸腾作用,并通过实验验证了判断推理的正确性.     

微卫星(TATG)n基序在香菇菌种中的验证

以（TATG）4重复序列为引物对香菇属的3个种13个菌株的微卫星区DNA进行PCR扩增,15%的琼脂糖凝胶电泳,获得了25个条带,并且在供试菌株上表现出多态性,可以实现遗传分类研究。为了验证微卫星分子标记实验准确性,又用RAPD技术对13个供试菌株进行了实验。7个引物在13个菌株上共获得了102条多态性条带。通过聚类分析,RAPD获得的分类结果与微卫星分子标记获得的结果一致。此外,为了证明微卫星分子标记获得的条带不是假阳性,在实验中回收了No.10菌株的PCR扩增产物,进行克隆测序。测序结果显示有（TATG）n基序存在,并且达到了微卫星基序重复数量的最低限度。通过本实验可知,香菇中是存在微卫星（TATG）n基序的, 且基序的多态性可以用于香菇的遗传分类研究。     

丙型肝炎病毒分片段抗体检测蛋白质芯片质控参比品的建立及质量验证

建立能同时检测丙型肝炎病毒(HCV)嵌合抗体、核心抗体和NS3、NS4、NS5抗体的蛋白质芯片质控参比品,对质控合格的芯片进行质量验证。用3种HCV EIA试剂分别检测从3家医院收集的丙型肝炎病毒感染患血清及其他非HCV感染患血清,从3种EIA试剂同时阴性或阳性的血样中挑取阳性和阴性血清,然后用RNA hyb PCR试剂进行检测,从中再选取部分样本用RIBA3．0进行检测,确定HCV分片段抗体检测蛋白质芯片质控参比品。经质检合格的芯片用中国药品生物制品检定所的HCV参比品进行检定。通过490例临床标本的检测对芯片的质量进行进一步的验证。从收集的240份丙型肝炎病毒感染患血清及其他非HCV感染患血清筛选出30份血样(15份阳性,15份阴性)作为HCV分片段抗体检测蛋白芯片质控参比品。中国药品生物制品检定所的80份HCV参比品检定结果表明,混合抗体阳性检出率为39／40,阴性符合率为40／40,总符合率为98．7％;核心抗体阳性检出率为27／40,阴性符合率为40／40;NS3抗体阳性检出率为26／40,阴性符合率为39／40;NS4抗体阳性检出率为19／40,阴性符合率为40／40;NS5抗体阳性检出率2／40,阴性符合率为40／40。490例临床标本的检测结果表明,对于194例HCV阳性标本,蛋白质芯片混合抗体与ELISA的符合率达99．5％,分片段抗体符合率达97．4％,两种方法检测结果不符的标本经RIBA试剂确认,蛋白质芯片与RIBA试剂的符合率高度一致。对于296例各种HCV抗体阴性标本,蛋白质芯片检测结果全部为阴性。以上结果表明,制备的丙型肝炎病毒分片段抗体检测蛋白质芯片质控参比品可用于芯片生产的质量控制,经质控合格的芯片符合国家标准的要求,可用于临床检测。     

苏云金芽胞杆菌Rpp39杀虫晶体蛋白基因的鉴定及cry2Aa12基因的克隆表达

[目的]本研究的目的是分析从四川生态条件下分离的苏云金芽胞杆菌Rpp39菌株的特性,从分子水平上揭示该菌株对鳞翅目高毒力的原因;进一步从中分离克隆cry2Aa基因,并对其进行初步的表达研究.[方法]本研究主要采用扫描电镜观察、PCR-RFLP鉴定法和SDS-PAGE分析法研究菌株的特性;采用PCR直接克隆法克隆cry2Aa全长基因,并亚克隆到原核表达载体pET-30a中,构建重组表达质粒pET-2Aa,再转入受体菌E.coli.BL21(DE3)中进行诱导表达;采用室内生物测定法测定表达产物对小菜蛾和水稻二化螟的毒力.[结果]经扫描电镜观察菌株Rpp39主要产生菱形、方形和圆形3种伴胞晶体;SDS-PAGE分析表明主要产生130 kDa和60 kDa左右2种蛋白;经PCR-RFLP鉴定,该菌株含有cry1Aa、cry1Ab、cry1Ac、cry1Ia和cry2Aa五类杀虫晶体蛋白基因;1种cry2Aa类杀虫晶体蛋白全长基因被克隆,序列分析显示该基因的开放阅读框(ORF)为1902 bps,编码由634个氨基酸组成的蛋白质,氨基酸序列与Cry2Aa1蛋白同源性为99.7%,被国际Bt杀虫晶体蛋白基因命名委员会命名为cry2Aa12.重组表达质粒pET-2Aa在E.coli BL21(DE3)中,经IPTG诱导能正常表达,SDS-PAGE电泳验证含有65 kDa表达蛋白.生物活性测定表明表达的包涵体蛋白对小菜蛾和二化螟具有杀虫活性,LC50分别为5.4 μg/mL和22.3μg/mL.[结论]菌株Rpp39及从中分离克隆的cry2Aa12基因来自四川生态条件,丰富了菌株及基因的资源,在资源积累方面具有重要意义.