斑纹薄鳅(Leptobotia zebra)应该为斑纹沙鳅(Sinibotia zebra)

斑纹薄鳅(Leptobotia zebra)最初是由Wu(1939)描述的一个新种,当时定名为斑纹沙鳅(Botia zebra),后来Chen(1980)根据眼下刺不分叉将其改归为薄鳅属的物种。本研究通过对线粒体DNA细胞色素b基因序列的测定和分析,发现斑纹薄鳅和薄鳅属(除斑纹薄鳅)物种间的平均遗传距离为0.177,和中华沙鳅属物种美丽沙鳅(Sinibotia pulcher)的平均遗传距离仅为0.057。系统发育分析发现斑纹薄鳅并未和薄鳅属的物种聚在一起,而是和中华沙鳅属物种美丽沙鳅聚在一起形成姐妹群。进一步对斑纹薄鳅进行形态学特征检视,发现该物种具有颊部裸露无鳞、颏部具一对纽状突起等中华沙鳅属鱼类的特征,但又具有眼下刺简单不分叉的薄鳅属鱼类的特征。结合分子数据分析的结果,将斑纹薄鳅订正为中华沙鳅属的物种,其命名为斑纹沙鳅(Sinibotia zebra)。另外,对沙鳅科鱼类属的划分标准及形态特征的演化也进行了讨论。     

AeDNA: 水生生物eDNA数据库

环境 DNA (eDNA) 技术是一种生态和生物多样性监测和评价的新手段, 完整和准确的参考序列库是eDNA技术应用于水生生物多样性调查的基础。当前, 不同水生生物eDNA参考序列还存在诸多问题, 如不同类群使用的标记基因不同且资源较为分散, 部分参考序列分类不准确, 以及针对我国各类水体中水生生物eDNA参考序列不多等。针对上述问题, 研究构建了水生生物eDNA数据库(AeDNA, http://aedna.ihb.ac.cn/)。 AeDNA整合了DNA条形码和基因组两种类型参考序列。其中18S、28S、ITS、COΙ、12S、rbcL 等各类DNA条形码60余万条, 涉及2万余种鱼类、1万余种水生植物、1万余种底栖动物、1万余种浮游动物和1万余种浮游植物; 基因组包含线粒体、叶绿体等细胞器基因组6199个及万种鱼类基因组计划和万种原生生物基因组计划所产生的物种基因组。涉及的生境有江、河、湖、海、冰川和温泉等各类水环境, 尤其数据库构建团队贡献的6万余条参考序列, 具有我国丰富的各类水体生境信息。总体来说, AeDNA是一个数据量大、类群覆盖全、准确性高且具有我国水生生物特色的综合性eDNA参考序列库, 是水生态和水生生物多样性监测的重要基础资源。     

长江上游干流及赤水河蛇鮈遗传多样性与种群历史分析

通过分析76尾来自长江上游干流宜宾(14尾)、合江(30尾)及支流赤水河(32尾)蛇(鮈)(Saurogobio dabryi)种群的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因序列,研究蛇(鮈)3个地理种群的遗传多样性及种群历史.用于分析的Cyt b序列长1 097 bp,含变异位点28个,其中简约信息位点18个.76尾个体共检测到26个单倍型,整体呈现较高的单倍型多样性(Had=0.872)和较低的核苷酸多样性(Pi=0.004 0).三个种群共享较多的单倍型.基于单倍型构建的系统发育树及NETWORK网络关系图显示:所有来自长江上游干流和赤水河的单倍型不能按照地理分布各自聚类,而是相互混杂聚在一起;网络关系图呈星状分布,未检测到原始单倍型和进化中心.此外,基于单倍型频率分析得到的三个种群间的遗传分化指数FST值较低(分别为-0.0293、0.0280和0.0258).分子方差分析(AMOVA)显示,整体上长江上游干流及赤水河蛇(鮈)种群变异主要来源于种群内,种群内的变异占总变异的80.00％,表明长江上游干流及赤水河蛇(鮈)种群属于同一种群,蛇(鮈)各地理种群间基因交流频繁.中性检验、错配分析及BSP(Bayesian skyline plot)分析显示,整体上长江干流及赤水河蛇(鮈)种群在距今0～ 0.025 Ma(百万年)期间发生过种群扩张现象.     

三峡水库蓄水后长江上游鱼类群聚沿河流-水库梯度的空间格局（英文）

研究对2005—2012年长江上游合江、木洞、万州和秭归江段的鱼类群聚结构进行了调查,以分析三峡水库蓄水后长江上游鱼类群聚沿河流-水库梯度的空间格局。结果显示,在三峡蓄水后,在合江至秭归江段累计采集到土著鱼类368706尾,合计132种,隶属于17科,其中鲤科鱼类为优势类群。沿河流-水库纵向梯度,土著鱼类物种数下降而外来鱼类物种数增加。对应分析表明,合江至秭归江段的鱼类群聚呈现出明显分化:库区以上河段鱼类组成以流水性鱼类为主,库区鱼类则以静水缓流型为主。指示物种分析进一步指出,河流区鱼类以犁头鳅(Lepturichthys fimbriata)、红唇薄鳅(Leptobotia rubrilabris)、圆口铜鱼(Coreius guichenoti)、圆筒吻(Rhinogobio cylindricus)等22种鱼类为指示物种,其功能群特征表现为偏好流水生境、生活史为均衡主义及食性为昆虫食性;库区鱼类以宽口光唇鱼(Acrossocheilus monticolus)、宽鳍鱲(Zacco platypus)、鳊(Parabramis pekinensis)、鳙(Aristichthys nobilis)等16种鱼类为指示物种,其功能群特征表现为偏好静水生境、食性为草食性或浮游食性。以上研究表明,三峡水库蓄水导致的水环境变化是影响长江上游鱼类纵向格局的主要驱动力。建议相关管理部门根据不同河段鱼类群聚特征制定不同的渔业管理措施,如保护土著鱼类资源、控制外来入侵鱼类。     

西藏雅鲁藏布江下游墨头鱼属一新种（鲤形目：鲤科）

2016年11月,于西藏自治区墨脱县雅鲁藏布江支流哈果河中采集到一批墨头鱼属鱼类标本,经鉴定为一新种,命名为西藏墨头鱼（Garra tibetana sp. nov.）。该种曾一度被误认为Garra kempi Hora 1921。经形态对比,该新种与G. kempi及同属其他近似物种的主要鉴别特征包括：吻部具微弱额突,吻前端横叶及两侧有若干角质单尖棘突;胸腹部均有鳞片覆盖;背鳍分枝鳍条7? ~ 8?,臀鳍分枝鳍条4?;侧线鳞39 ~ 42,背前鳞13 ~ 14,围尾柄鳞12 ~ 13;体高为体长的13.5% ~ 17.6%,尾柄高为体长的8.8% ~ 11.0%,肛门至臀鳍起点为腹鳍起点至臀鳍起点距离的47% ~ 56%。     

基于细胞色素b基因序列的鲤科鱼类系统发育研究(鱼纲: 鲤形目)

鲤科是鱼类最大的科, 在中国淡水鱼类组成中鲤科鱼类的成分占一半以上. 鲤科鱼类的演化过程代表了东亚淡水鱼类的整体演化过程. 为探讨东亚鲤科鱼类系统发育关系, 共分析了包括18种新测序列在内的54种鲤科鱼类细胞色素b基因的全序列. 分析的物种涵盖了鲤科鱼类的12个亚科并对问题较多的亚科(Danioninae)和雅罗鱼亚科(Leuciscinae)进行了广泛的采样. 系统发育树的建立使用了多种方法, 包括邻接法、最大简约法和最大似然法. 亚口鱼科(Catostomidae)的胭脂鱼(Myxocyprinus asiaticus)被指定为外类群, 3种方法所得结果非常相似, 并支持一些亚科的单系性, 如鲌亚科(Cultrinae)、鯝亚科(Xenocyprinae)、鮈亚科(Gobioninae)(包括鳅鮀亚科Gobiobotinae). 从分子水平上证明亚科不是一个单系类群, 雅罗鱼亚科被分为两个互不相关的类群; 东亚雅罗鱼群与鲌亚科和鯝亚科形成一单系类群; 而欧洲、西伯利亚、北美的雅罗鱼形成另一个单系群. Howes所定义的鲤亚科在NJ树和ML树中得到有力的支持并位于系统树的基部. 高体鳑鲏(Rhodeus sericeus)代表的鳑鲏亚科的系统位置没有得到解决. 显示鲤科鱼类可分为3个大的类群并与其3个进化阶段相对应: 老第三纪类群包含亚科的东南亚种类和Howes的鲤亚科; 北方冷水性类群包含北方雅罗鱼、鮈亚科和鳑鲏; 东亚类群包含鲌亚科、鯝亚科、雅罗鱼东亚种类和亚科东亚种类. 老第三纪类群代表鲤科鱼类的原始阶段, 北方冷水性类群对应于鲤科鱼类对全球变冷的反应, 而东亚类群则显示青藏高原急剧隆升后, 在东亚季风气候条件下鲤科鱼类的大量分化.     

溪河大尾溞Leydigia fluminea Chen，1993（甲壳纲：双甲目）雄体的发现

溪河大尾溞ＬｅｙｄｉｇｉａｆｌｕｍｉｎｅａＣｈｅｎ,１９９３（甲壳纲：双甲目）雄体的发现陈受忠,唐文乔,刘焕章中国科学院水生生物研究所武汉４３００７２枝角类（Ｃｌａｄｏｃｅｒａ）的繁殖方式以孤雌生殖为主,雄性只在一定季节或特种条件下短期出现。而且还有...     

鲈形目少鳞鳜属(Coreoperca)化石在中国的首次发现

记述的山东少鳞鳜（新种）（Ｃｏｒｅｏｐｅｒｃａ ｓｈａｎｄｏｎｇｅｎｓｉｓ ｓｐ．ｎｏｖ）是该属化石在我国的首次发现,标本产自山东山旺早中新世晚期山旺组纹层状硅藻页岩之上的含硅藻泥页岩中。山东少鳞鳜的发现,说明原始鳜类在中新世已发生分化,在中新世时期的中国大陆和日本列岛均已相当繁盛。少鳞鳜属可能并非起源于朝鲜和日本一带,之后扩散到中国,而是中新世广布于东亚的鱼类,这进一步支持了关于中国东部和日本列岛新生代晚期同属一个鱼类区系的观点。     

基于线粒体基因组全序列的鲟形目鱼类(Pisces: Acipenseriformes)的分子系统发育重建

为厘清鲟形目鱼类的系统发育, 研究新测定了中华鲟(Acipenser sinensis)、长江鲟(A. dabryanus)、短吻鲟(A. brevirostrum)、纳氏鲟(A. naccarii)、鳇(Huso dauricus)和匙吻鲟(Polyodon spathula)共6种鲟类的线粒体全基因组序列。联合已测的17种鲟类的线粒体基因组数据, 利用最大似然法和贝叶斯法重建了鲟形目鱼类的分子系统发育关系, 并采用似然值检验对不同的树拓扑结构进行了评价。结果表明, 6种新测鲟类的线粒体基因组大小为16521—16766 bp, 编码13个蛋白质编码基因、22个转运RNA基因和2个核糖体基因, 与大多数已测的鲟类的线粒体基因组结构高度相似。基于23种鲟形目鱼类线粒体基因组数据, 系统发育分析的结果表明: (1)鲟形目的两个科, 匙吻鲟科(Polyodontidae)和鲟科(Acipenseridae)均为单系; (2)鲟科的内部亲缘关系复杂, 鲟属和鳇属的物种均不构成单系群。鲟科鱼类按分子系统发育重建结果可以分为3个类群: 尖吻鲟类(A. sturio - A. oxyrinchus clade)、大西洋鲟类(Atlantic clade)和太平洋鲟类(Pacific clade)。树拓扑结构的检验结果表明, 鲟科的系统发育关系为(尖吻鲟类(太平洋鲟类, 大西洋鲟类))。铲鲟属(Scaphirhynchus)是大西洋鲟类的基部类群。研究也说明线粒体基因组数据在鲟形目鱼类系统与进化研究方面具有重要应用价值。     

长江上游圆筒吻(鱼句)年龄与生长的研究

于2008—2010年在长江上游四川合江和重庆木洞江段共采集圆筒吻鮈样本511尾,研究了其年龄与生长特征,并提出了合理的鱼类资源保护对策。结果表明,所采集的圆筒吻鮈分6个年龄组,2—4龄居多,占95.7%;体长与鳞径为直线正相关,雌雄群体间无显著差异,表达式为L=51.28 R+37.45(r=0.85,n=397);各龄组、雌雄群体的实测体长均值和退算体长均值无明显差异(t=0.751,P>0.05);体长与体重呈幂函数关系,雌雄群体间无显著差异,表达式为W=8×10 6L3.099(r=0.97,n=397),其生长属等速增长类型;生长规律可以用von Bertalanffy方程表示,分别为:Lt=348.78[1 e 0.18(t+1.15)],Wt=603.17[1 e 0.18(t+1.15)]3.099;生长拐点处的年龄为5.12,此时的体长和体重分别为236.23 mm和180.33 g;圆筒吻鮈个体出现小型化现象;根据研究,长江上游圆筒吻鮈处于不合理的开发状态,应限制捕捞、加强保护。