RS4651通过上调SMAD7抑制小鼠肝细胞AML12的EMT作用

目的: 研究RS4651对小鼠肝细胞AML12的EMT、细胞增殖以及迁移能力的影响和作用机制。方法: 以不同浓度的RS4651干预小鼠AML12细胞,通过Western blot和RT-PCR法检测RS4651各浓度组及空白对照组细胞EMT指标E-cadherin、N-cadherin、Vimentin的表达水平。RNA-sequencing确定RS4651的作用通路及互作网络的关键性节点基因。应用SMAD7-siRNA构建SMAD7敲低的AML12细胞模型,细胞分为对照组、RS(60 μmol/L)组、SMAD7-siRNA组以及SMAD7-siRNA+RS(60 μmol/L)组,应用Western blot和RT-PCR法分别检测各组细胞EMT指标。进一步应用细胞增殖MTS法和Transwell小室迁移法检测各组细胞的增殖和迁移能力,比较各组间差异。结果: RS4651呈浓度依赖性抑制AML12细胞EMT,TGF-β1信号通路中的SMAD7是RS4651发挥作用的关键性节点。敲低SMAD7后,RS4651对AML12细胞EMT、增殖和迁移的抑制作用减弱。结论: RS4651可以通过上调SMAD7抑制小鼠肝细胞EMT、增殖和迁移。     

慢性鼻-鼻窦炎伴鼻息肉基因表达谱的生物信息学分析

本研究从美国国立生物信息中心(NCBI)的子数据库基因表达数据库(GEO)中选择基因表达谱GSE36830数据集,采用GEO2R筛选正常钩突和鼻息肉组织之间的差异表达基因(DEGs),对关键通路和差异表达基因进行数据库挖掘和分析,经筛选后的差异表达基因采用戴维在线工具对其进行基因本体富集分析(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析,然后将DEGs导入String数据库进行蛋白质互作网络分析,绘制差异表达基因互作网络图,将其数据导入Cytoscape软件中,筛选网络中心节点和关键基因,分析关键子网络。共筛选出699个DEGs,其中475个基因为上调表达基因,224个基因为下调表达基因。在GO分析中,针对生物过程,上调的DEGs包括:炎症反应、免疫反应、细胞趋化性、炎症反应的正向调节和细胞的粘附等;下调的DEGs主要参与:唾液分泌、生物矿物组织发展、细胞氨基酸生物合成过程、视网膜内稳态及离子跨膜转运等。在KEGG分析中,上调的DEGs主要在参与造血细胞系、细胞因子-细胞因子受体相互作用、破骨细胞分化、趋化因子信号通路、癌症中的转录失调、哮喘、金黄色葡萄球菌感染等信号通路中富集,而下调的DEGs在唾液腺分泌及胆汁分泌信号通路中富集。差异表达基因互作网络图筛选出前10个关键基因:ITGAM、IL10、CD86、TLR8、ITGAX、CCL2、CCR7、SRC、EGF及ITGB2。本研究得到了一组鼻息肉差异表达基因的生物信息学分析结果,但仍需进一步用基础试验来验证。本文分析的结论为慢性鼻-鼻窦炎、鼻息肉的研究提供了新的研究方向,也为鼻息肉发病机制研究的思路提供了一定的建设性作用。     

基于CRISPR转录激活系统构建内源性着丝粒蛋白F稳定过表达的肝细胞癌细胞模型

临床研究表明着丝粒蛋白F(centromere protein F,CENPF)与肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的发生相关。由于CENPF蛋白的分子量高达358 kDa,目前有关CENPF致癌机制研究使用的体内外模型主要基于CENPF表达敲低,尚缺乏将CENPF过表达以探究其与癌变因果关系的研究,CENPF过表达改变到底是“因”还是“果”仍不清楚。本研究旨在利用包括lentiMPHv2和lentiSAMv2两个载体的CRISPR/dCas9转录激活协同激活介体(synergistic activation mediator,SAM)系统构建内源性CENPF稳定过表达的细胞模型,为阐明CENPF过表达与HCC发生发展的因果关系提供有效工具。首先设计并合成能够特异性识别CENPF基因转录起始位点的单向导核糖核酸(single guide RNAs,sgRNA),并将其插入lentiSAMv2质粒中。利用慢病毒载体将lentiMPHv2质粒导入Huh-7和HCCLM3细胞株中,用潮霉素B筛选后再用慢病毒载体将连接好的携带sgRNA序列的lentiSAMv2质粒导入细胞中,并用杀稻瘟菌素S继续筛选。对2种抗生素筛选获得的Huh-7和HCCLM3细胞株样品进行CENPF mRNA和蛋白表达水平的检测,结果显示sgRNA1和sgRNA4序列均能够激活内源CENPF的表达,其中sgRNA4诱导转录效果更加明显。本研究利用CRISPR/dCas9系统成功构建内源性CENPF稳定过表达的HCC细胞模型,为研究CENPF过表达与肿瘤发生的因果关系奠定基础,并为构建大分子量蛋白过表达的细胞模型提供参考方案。     

遗传性胆红素代谢障碍与胆汁淤积NGS方法的建立及应用

为快速准确、低成本、高通量地检测我国人群常见的遗传性胆红素代谢障碍及胆汁淤积综合征，选择了10个易感基因的全部外显子及内含子剪切区的SNP/CNV，建立了基于二代测序技术（next generation sequencing, NGS）的靶向捕获测序方法。通过6例已知突变位点的样本对该方法的准确性进行验证，准确率为100%。收集首都医科大学附属北京友谊医院遗传性胆红素代谢障碍及胆汁淤积综合征患者39例进行检测，共检测到58种突变。检测结果与HGMD、ClinVar、OMIM突变数据库比较，未报道的突变通过千人基因组数据集对比并按照哈温平衡检验（HWE_P＞0.05）和χ^２ 检验确定新突变19种。检测到的不同突变类型有效地揭示了该类疾病的遗传多样性。NGS方法的建立及应用为临床诊断提供了新的技术手段。