文本挖掘在生物医学领域中的应用文献计量学分析

目的:近年来,随着生物医学领域文献数量的急骤增长,大量隐含的规律和新知被掩埋在浩如烟海的文献之中,而将文本挖掘技术应用于生物医学领域则可以对海量生物医学文献数据进行整合、分析,从而获得有价值的信息,提高人们对生物医学现象的认识。本文就我国近十年来文本挖掘技术在生物医学领域的应用现状进行文献计量学分析,旨在为我国科研工作者对该领域的进一步研究提供参考。方法:对国内正式发表的生物医学领域文本挖掘相关文献进行检索和筛选,分别从年度变化、地区分布、研究机构、期刊来源、研究领域等方面进行分析。结果:国内生物医学文本挖掘文献总量呈上升趋势,主要集中在挖掘算法的研究和文本挖掘技术在中医药及系统生物学领域的应用方面;北京、上海、广东等地的研究处于领先地位。结论:相比其他较为成熟的研究课题来说,目前文本挖掘技术在生物医学中的应用在国内还属于一个比较新的研究领域,但国内对该领域的认识正不断提高、研究正不断深入,初步形成了一批在该领域的核心研究地区、核心研究机构和核心研究领域,而对其进一步的研究,必将为生物医学领域的发展注入新的活力。     

人源核受体hLRH-1 的表达纯化及多克隆抗体制备

目的：制备抗人源核受体hLRH-1 的多克隆抗体,为进一步研究其功能奠定基础。方法：构建含有hLRH-1基因全长克隆的 原核表达载体pET507a-hLRH-1 并用IPTG 诱导其在Rosseta2 菌株中表达重组蛋白His-hLRH-1,经亲和层析纯化后按常规方法 免疫新西兰兔制备多克隆抗体,并用Western Blot 对其特异性进行鉴定。结果：原核表达载体pET507a-hLRH-1经测序证实构建 成功,将其转化大肠杆菌Rosseta2菌株后成功诱导表达重组蛋白His-hLRH-1,经纯化免疫新西兰兔后得到抗hLRH-1 多克隆抗 体,Western blot 证实抗体具有高度特异性。结论：成功表达His-hLRH-1 重组蛋白并制备出多克隆抗体,为进一步用于hLRH-1 的 免疫学检测及其功能研究奠定了基础。     

TNFRSF13C 在单侧输尿管梗阻大鼠肾组织中的表达及其意义

目的：检测单侧输尿管梗阻（UUO）大鼠肾组织中B 细胞激活因子受体（TNFRSF13C）的表达变化,探讨其在肾间质纤维化 病变中的作用。方法：采用UUO法建立肾间质纤维化大鼠模型,20只成年雄性大鼠,随机分为4组,分别于术后0、3、7、14 天处死 大鼠。取左侧梗阻肾脏进行Masson染色,拍照后,采用双盲法评定各组肾小管间质纤维化程度。提取肾组织中总RNA,用实时荧 光定量聚合酶链反应（RT-PCR）法检测各组肾组织中TNFRSF13C基因表达情况。Pearson 检测TNFRSF13C表达量与肾小管间质 纤维化程度的相关性。结果：随着梗阻时间的延长,肾组织中TNFRSF13C 的mRNA 表达量进行性升高,与肾间质纤维化病变程 度一致,两者呈显著正相关（r=0.915,P<0.01）。结论：TNFRSF13C可能在肾间质纤维化病程中起到了重要作用,并有望成为慢性 肾脏病的临床监测指标。     

南中国海五种新纪录纤毛虫的形态学研究(原生动物,纤毛门)

从活体形态及纤毛图式水平,对采自广东大亚湾潮间带的5个南海新纪录种纤毛虫,即德卢偏体虫Dysteria derouxi,斜带齿管虫Chamydodon obliquus,恩茨伸颈虫Trachelotractus entzi,异佛氏全列虫Holosticha heterofoissneri和美丽原腹柱虫Protogastrostyla pulchra行了形态学研究,其中对德卢偏体虫银线系统、恩茨伸颈虫皮层颗粒、异佛氏全列虫的皮层颗粒和大核等进行了补足性描述.     

广东大亚湾七种腹毛类纤毛虫(原生动物,纤毛门)的形态学研究

利用活体观察和蛋白银染色技术对采自广东大亚湾沿岸水体的7个南海新纪录种:紧缩全列虫Holosticha diademata(Rees,1883)Kahl,1932、缩颈半腹柱虫Hemigastrostyla enigmatica(Dragesco & Dragesco-Kernéis,1986)Song&Wilbert,1997、念珠腹棘虫Gastrocirrhus monilifer(Ozaki & Yagiu,1942)Curds & Wu,1983、四核舍太虫Certesia quadrinudeata Fabre-Domergue,1885、斯特后尾柱虫Metaurostylopsis struederkypkeae Shao et al.,2008、盐尖毛虫Oxytricha saltans(Cohn,1866)Kahl,1932、小心毛虫Caryotricha minuta(Xu et al.,2008)Miao et al.,2009等腹毛类纤毛虫进行了形态学再研究,补充了有关活体形态学、纤毛图式以及性状变异等分类学新信息.结果显示,该7种的南海种群与我国北方海域种群之间存在不同程度的形态学差异.     

海湾型城市半城市化地区空间扩展演化——以厦门市为例

选择海湾型城市--厦门市半城市化地区为研究对象,基于研究区1987、1992、1997、2002和2007年5个时相的TM/ETM+遥感影像数据,在遥感与GIS技术支持下获取了近20a 来各期土地利用信息数据,采用景观格局转移矩阵、景观格局指数和分形理论等方法研究了厦门市半城市化地区城市化过程中的景观格局空间演变特征,详细分析了城市形态演变、城市围填海特征及政策影响.结果表明:20 a 年来厦门近郊建设用地从18.4 km2增加到108.4 km2,远郊则从35.7 km2增加到114.9 km2,分别增长为原来5.9倍和3.2倍;城市空间扩展过程通过不断侵蚀耕地、林地和大规模填海造地完成,其中耕地景观变化最大,城市扩展最高峰(2002～2007年)近郊与远郊被建设用地"蚕食"的耕地多达19.74 km2和33.11 km2;在城市空间不断扩展的过程中,近郊城市城市由不稳定形态逐步向稳定形态(填充增长)演化,但远郊形态格局尚处于以中心城市扩展为主体的时期;填海造地面积及其时空分布与政策因素密切相关,20 a来厦门半城市化地区海岸线缩短了14.3%,近郊与远郊海岸分维数分别从1.236和1.267降到1.191和1.262,岸线复杂性明显降低,逐步趋于平直;海湾型城市战略的提出对填海造地影响最为明显,2002～2007年期间填海进程明显加快,近郊与远郊分别填海13.32和9.15 km2,超越了前15 a 填海总面积.     

选择性富集沙门氏菌、副溶血弧菌和霍乱弧菌的共增菌培养基SVV

本研究通过单因素试验和响应面分析试验建立了能够选择性富集沙门氏菌、副溶血弧菌和霍乱弧菌的共增菌培养基SVV,采用平板计数法及三重荧光PCR技术验证了SVV的增菌效果。结果表明:SVV能同时富集以不同浓度比例混合的3种目标菌,37oC振荡培养18h后,菌体浓度达到105~108CFU/mL;SVV强烈抑制大部分的非目标菌;用荧光PCR方法检测经过37oC振荡培养18h的10份人工接种样品和608份实际样品,结果表明目标菌在SVV中增殖18h后菌量达到检测限以上,SVV联合荧光PCR检测方法的检出率为4.06%,比传统检测方法(3.78%)高,无假阴性和假阳性。SVV可望应用于水产品中沙门氏菌、副溶血弧菌和霍乱弧菌检测前的增菌处理,可简化检测过程,有效克服漏检,提高检出率。     

代谢水平渐变时微循环调节模拟系统的研究

目的:构建组织代谢水平渐变条件下的微循环调节动态过程模拟系统,进行毛细血管系统代谢性调节的理论研究.方法:利用计算机编程构建代谢水平渐变条件下的微循环调节动态过程模拟系统,以此分析和研究微循环代谢性调节.结果:讨论了毛细血管单元开放率和开闭频率在代谢性调节过程中的变化等基本问题,并给出了微循环系统对于代谢状态变化快速反应机制的解释.结论:构建了微循环代谢性调节的计算机模拟系统平台方面取得了初步的进展,为进一步深入地分析微循环代谢性调节机制确立了近似的模拟分析方法,进一步为阐明微循环代谢性调节机制奠定了基础,为充分利用微循环代谢性调节作用提供了便捷的工具.     

问题式教学与方法式教学在微生物学教学中的应用

微生物学是工科院校生物技术专业的专业基础课,又是一门在工业上应用非常广泛的学科。针对工科院校学生需要较强的动手能力,根据微生物学的内容特点,对理论教学的改革进行了探讨,提出了问题式和综合式教学方法,取得了较好的教学效果。     

灌浆期高温对水稻光合特性、内源激素和稻米品质的影响

以2个籼稻品种:温度钝感型品种K30和温度敏感型品种R21为材料,利用人工气候室控温,在水稻灌浆期设置高温(日均温度34.9℃)和适温(日均温度28.0℃)处理,测定不同灌浆时期(5,10,15,20,25d和30d)光合特性、内源激素含量及稻米品质的变化。结果表明,高温增强了K30的光合能力,K30高温处理净光合速率(Pn)在整个灌浆期都明显高于对照;R21在灌浆前期(5、10d和15d)高温处理与适温处理Pn差异不明显,在灌浆后期(20、25d和30d)高温处理Pn下降。高温增加了K30叶片和籽粒脱落酸(ABA)含量;而R21高温处理和适温处理叶片与籽粒ABA含量的对比不明显。高温处理对两个水稻品种叶片和籽粒赤霉素(GA3)与生长素(IAA)含量也有不同程度影响。高温胁迫降低稻米品质,但K30比R21表现出更强的温度钝感特性。