双重荧光定量一步RT-PCR法同时检测GⅠ、GⅡ型诺如病毒

建立一种可同时检测诺如病毒GⅠ和GⅡ型的双重荧光定量一步法RT-PCR方法。应用针对GⅠ型和GⅡ型诺如病毒的特异性引物以及Taqman探针,优化反应体系及条件,建立双重荧光定量一步法RT-PCR方法。对该方法的灵敏度、特异性、重复性进行评估,并对粪便标本进行检测,以传统RT-PCR方法作为参考评价此方法。结果表明,该方法特异性强,与肠道腺病毒、轮状病毒、星状病毒均无交叉反应,对GⅠ和GⅡ型诺如病毒核酸的最低检出限分别可达103拷贝/μL,具有很好的重复性。对100份粪便标本进行检测,诺如病毒的阳性率为31%,其中GⅠ型为3%,GⅡ型为28%,而传统RT-PCR法的检出率为22%。本文建立的双重荧光定量一步RT-PCR法能同时对GI和GII型诺如病毒进行快速检测,其灵敏度高、特异性好,可应用于胃肠炎病人中检测诺如病毒。     

宏基因组分析城市休闲水域九山湖的微生物群落结构和抗性基因

【背景】城市水环境正面临着严峻的抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes,ARGs)污染。然而关于城市休闲水域中ARGs的研究较少。【目的】对城市休闲水域夏冬季节的微生物群落和抗性基因组成进行研究分析,促进对休闲水域水生生态系统的认识。【方法】基于高通量测序技术,对休闲湖泊九山湖夏季和冬季的微生物及ARGs组成进行分析。【结果】在夏季和冬季样本中分别检测到148门和152门。变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)是两个季节样本的主要菌门。夏季优势属为聚球藻属(Synechococcus),冬季优势属为Liminohabitans。此外,共鉴定出449种抗性基因型(304种是两个季节所共有的抗性基因,66种是夏季特有的抗性基因,79种是冬季特有的抗性基因)。夏季样本中ARGs的相对丰度显著高于冬季。MCR-1.2和BcI分别是夏季和冬季水样的主要ARGs。九山湖样本检测到的抗性基因的耐药机制主要是抗生素外排、抗生素失活或抗生素靶位改变。冗余分析(redundancy analysis,RDA)和典型对应分析(canonical correspondence analysis,CCA)结果表明,环境因子与微生物群落和抗性基因的分布显著相关。【结论】九山湖冬季和夏季的微生物群落结构和抗性基因组成存在明显差异,为进一步认识和了解城市休闲水生生态系统的结构提供了有用的信息,并强调了水体的ARGs污染可能造成的健康危害。     

黄瓜苋科凝集素基因的表达分析与逆境调控

凝集素是一类具有特异性糖结合活性的蛋白质, 通常具有1个或多个非催化的糖结合结构域。凝集素在植物对病原菌的防御反应中发挥重要作用。由于其抗细菌、真菌、病毒和昆虫等的活性, 凝集素在农业和生物医药领域都具有很大的应用潜力。作为最小的凝集素家族之一, 苋科凝集素的研究较少。该文通过对重要经济作物黄瓜(Cucumis sativus)的基因组进行分析, 对16种苋科凝集素基因在黄瓜基因组中的分布和位置进行研究, 并分析相关基因的外显子/内含子组成。进一步通过启动子分析, 阐明了苋科凝集素基因对非生物胁迫的响应情况。最后, 通过实时荧光定量PCR, 检测了黄瓜中4种苋科凝集素基因对低温、高盐、干旱和ABA处理的响应情况。研究结果可为揭示苋科凝集素的生理功能及其在植物胁迫响应中的作用提供参考。     

185例儿童急性白血病流式细胞术免疫分型研究

目的：探讨儿童急性白血病流式细胞术免疫分型的意义。方法：采用流式细胞术三色荧光标记技术和CD45／SSC双参数散点图设门,检测185例儿童急性白血病的免疫表型,对抗原表达情况进行分析。结果：流式细胞术免疫分型和FAB分型的符合率为89．19％。185例儿童急性白血病中,ALL为121例,占AL的65．41％,B—ALL为113例,主要表达B系的CD19（99．12％）、CD22（98．13％）、CD79a（96．19％）、CD10（86．73％）。T—ALL占8例;主要表达CD5（100％）、CD7（100％）、cCD3（100％）、CD8（87．5％）。AML为47例,占25．41％,主要表达CD33（93．62％）、CD15（78．72％）、CD64（76．6％）、MPO（76．6％）、CD13（74．47％）。在B—ALL,AML,T—ALL中,敏感性最高的抗体分别是CD19,CD33,CD5和CD7,特异性最强的抗体分别是CD79a,MPO,cCD3。AMLL为17例,占9．19％,其中B／M为9例,T／B为5例,T／M为3例。My＋-ALL为54例,占ALL的44．63％,表达的髓系抗原为CD13、CD15、CD33、CD64。Ly＋-AML为18例,占AML的38．30％,表达的淋系抗原为CD19、CD4、CD7。系列非相关抗原CD34的表达率为67．57％,HLA—DR的表达率为85．41％,CD38的表达率为80．59％,TdT的表达率为62．59％。结论：流式细胞术免疫分型在白血病分型中起重要作用,是FAB分型的补充和修正,提高了儿童急性白血病诊断的准确率。有必要进一步加强流式细胞术免疫分型的标准化工作。     

BRCA-1 基因与神经干细胞

乳腺癌易感基因(Breast cancer susceptibility gene,Brca-1)是肿瘤抑制基因家族中的一员,它是乳腺癌特异性抑癌基因,1994年Miki等[1]采用定位克隆方法首次将Brca-1分离出来。Brca-1能防止细胞过快地或失去控制地生长和分化,在调节细胞进程、DNA损伤修复、细胞生长与凋亡及转录活化和抑制等多种生物学途径都发挥重要作用,Korhonen等2003年报道Brca-1基因可促进体外培养的大鼠来源的神经干细胞的增殖。     

长江口刀鲚渔汛特征及捕捞量现状

于2010-2012年,在长江南支宝山水域和北港水域设置调查断面,研究了长江口刀鲚渔获规格、渔汛特征及捕捞量.结果表明:调查期内刀鲚汛期平均全长为(316±36)mm,平均体长为(294±35) mm,平均体重为(99±37)g;单船全汛捕捞量为65.9～875.4kg,均值为338.7 kg;日均捕捞量变幅为2.3 ～23.4 kg·d-1,均值为9.4 kg·d-1;长江口刀鲚汛期有证总捕捞量为8.2～109.4 t,平均为42.3 t;宝山水域单船捕捞量各项指标均低于北港水域;2010-2012年刀鲚发汛时间最早为2月23日,最晚为3月5日,3月末-4月中旬为旺汛期,旺汛期捕捞量比例为60.96％ ～ 82.62％;刀鲚汛期捕捞量与水温和潮汛关系密切,通常水温升至12℃附近时开始进入旺汛期,各年份最高日捕捞量对应的水温介于13℃～14.5℃,平均为13.7℃;调查期间低潮期捕捞量占汛期总捕捞量的比例显著高于高潮期,其中低潮期捕捞量比例最高为82.97％,最低为62.05％.     

铁皮石斛14-3-3基因家族鉴定及表达分析

【目的】14-3-3蛋白,亦称通用调节因子（GRF）,由多基因家族编码,在植物生长发育和逆境应答发挥关键的作用。鉴定铁皮石斛（Dendrobium officinale）GRF基因家族,为铁皮石斛GRF基因功能研究及遗传改良提供理论依据。【方法】通过生物信息学的方法鉴定铁皮石斛14-3-3家族成员,分析其理化性质、染色体定位、系统进化发育、基因结构和启动子顺式作用元件等,同时通过荧光定量PCR技术检测它们在不同组织、低温处理及盐胁迫处理后的表达量。【结果】铁皮石斛有17个GRF家族成员,分为ε类和非ε类亚族,不均匀地分布在7条染色体上,且存在7对串联复制基因。同一亚族成员基因结构、保守基序和蛋白质二级结构相类似。DoGRF家族基因的启动子区域存在大量激素和环境胁迫应答相关的调控元件。DoGRF家族基因在铁皮石斛各组织中均有表达,具有组织表达特异性,大多数基因在花器官中表达最高,其次是茎和根。同时,在低温处理、盐胁迫处理下呈现差异化表达,可能受到低温和盐胁迫的调控,特别是DoGRF2在铁皮石斛逆境应答过程中起着关键的作用。【结论】在全基因组水平从铁皮石斛中鉴定出17个DoGRF家族成员,...     

传统发酵豆酱发酵过程中养分动态及细菌多样性

以山东传统发酵豆酱作为研究对象, 测定了发酵不同阶段的总酸、可溶性糖、有机碳、粗蛋白、氨基酸态氮、主要挥发性产物等指标, 对样品中细菌进行PCR-DGGE分析, 探讨了传统发酵豆酱中养分动态及细菌多样性。结果表明发酵过程中总酸含量先上升后下降而后又上升, 最后成品酱中为6.26%; 有机碳和可溶性糖含量都逐渐减少; 粗蛋白相对含量先略有平稳上升后下降; 氨基酸态氮含量一直在增加, 成品酱中为101.2 g/kg; 乳酸和甘油含量随发酵进程而增加, 成品酱中分别为5.65 g/kg和14.72 g/kg。DGGE分析表明发酵15 d时细菌种类最多, 随后一部分逐渐消失, 种类趋于稳定, 最后成品酱中出现有几种明显的优势种, 主要包括：未培养细菌(Uncultured bacterium)、乳酸乳球菌(Lactococcus lactis)、地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)的近缘种。     

绿草履虫-小球藻共生系统中共生藻对宿主细胞超微结构的影响

应用透射电镜术显示了含小球藻绿草履虫和人工诱导获得的无小球藻绿草履虫细胞的超微结构特征,无小球藻绿草履虫细胞内有大量处于不同消化阶段的食物泡及膜性小泡,在细胞质内常见有线粒体聚集分布以及内质网分布其中,细胞大核内核仁数目增多,并聚集形成多个核仁区。含小球藻绿草履虫中细胞膜性结构较少见,细胞大核中核仁数目较少。结果表明,小球藻共生体可能影响了宿主草履虫细胞中所述细胞器的功能,数量和分布,并影响了核仁的功能,数量和分布。     

脱落调节物质对植物器官脱落的调控

器官脱落是植物生命过程中重要的生理现象.植物体内的许多激素和非激素类物质(扩展蛋白、H_2O_2、细胞壁水解酶等)都参与脱落过程的调控,而且是相互协同配合,共同发挥作用.本文综述了生长素、乙烯、脱落酸、赤霉素和茉莉酸等植物激素,以及非激素类物质扩展蛋白、H_2O_2和两种主要的细胞壁水解酶(纤维素酶和多聚半乳糖醛酸酶)在植物器官脱落过程中的调控作用,并对它们在植物器官脱落调控中的相互作用进行分析,以期为相关研究提供信息.