肠道噬菌体组生物信息学分析方法的研究进展

噬菌体是感染细菌的病毒,广泛存在于各类环境中。由于传统实验研究的局限性及噬菌体基因的特异性,导致对肠道噬菌体的研究很少。随着宏基因组测序技术的发展和各种生物信息分析软件的开发,可以通过噬菌体组学,加深对肠道噬菌体的认识。噬菌体组分析流程主要包括原始数据质量控制和预处理,病毒基因组序列的拼接组装,类病毒颗粒的筛选和系统分类注释以及进化分析和预测相应宿主细菌。本文对噬菌体组分析流程和其中所需要的常用生物信息分析工具和数据库进行详细的介绍,可以为肠道噬菌体研究以及相关的研究人员提供参考。     

检测大肠杆菌(Escherichia coli) O157:H7免疫磁珠的制备、保存与应用

【背景】大肠杆菌(Escherichia coli) O157:H7是导致肠出血性大肠杆菌食源性疾病暴发的主要血清型,免疫磁珠(Immunomagnetic beads,IMBS)在E. coli O157的检测中发挥着重要作用,而免疫磁珠的稳定性、特异性、广谱性等性能指标关系着在实际应用中的使用效果。【目的】制备高效、稳定且具有广谱性的免疫磁珠,联合分子检测技术如环介导恒温扩增 (Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)技术、PCR等,提高目标菌的检出率。【方法】采用新型的磁珠活化剂MIX&GO制备E. coli O157免疫磁珠,并进行广谱性以及特异性检测;针对6种试剂牛血清白蛋白(Bovine serum albumin,BSA)、酪蛋白(Casein)、海藻糖(Trehalose)、聚乙烯吡咯烷酮(Polyvinyl pyrrolidone,PVP)、抗坏血酸(Vitamin C)和防腐剂ProClin 300,利用正交试验L18(37)优化免疫磁珠保存液组分;采用IMBS-LAMP、IMBS-PCR、IMBS-生化、菌液-LAMP、菌液-PCR、显色平板-生化鉴定6种方式对20份生猪肉样品进行检测。【结果】利用MIX&GO活化剂制备的免疫磁珠捕获率最高达到81.5%±1.3%;免疫磁珠保存液最优配方为：牛血清白蛋白15.0 g/L,酪蛋白10.0 g/L,海藻糖10.0 g/L,PVP 2.0 g/L,抗坏血酸5.0 g/L,ProClin 300 2.5 g/L,保存6个月后免疫磁珠捕获率为75.5%;在20份生猪肉样品的检测中,自制磁珠和商品化磁珠与LAMP联用均检出9例阳性样品;IMBS-LAMP在6种检测方式中具有最高的检测灵敏度,但检出的样品会因磁珠抗体的差异而有所不同。【结论】与商品化磁珠相比,实验制备的免疫磁珠具有良好的特异性和广谱性,免疫磁珠-LAMP联用提高了目标菌的检出率,是一种高灵敏度、具有应用前景的检测方法。     

乳酸菌在苹果酒酿造中的应用

乳酸菌用于苹果酒酿造中 ,可以触发苹果酸 乳酸发酵 ,通过分解苹果酸 ,产生乳酸 ,并引起其他有机酸的变化而使苹果酒的口感质量得以改善。供试的 3个乳酸菌种中 ,L3由于具有较高的苹果酸分解速率 ,发酵的苹果酒感官质量优良而成为苹果酒苹果酸 乳酸发酵的优良菌种。pH、温度、二氧化硫、酒度通过影响乳酸菌的活动而对苹果酸 乳酸发酵产生一定的影响     

鼎湖山南亚热带季风常绿阔叶林C贮量分布

在对1hm 2永久样地调查的基础上结合优势树种C含量的实测值, 对鼎湖山南亚热带季风常绿阔叶林的C贮量及其空间和种群分布特点进行了分析,结果表明 (1)鼎湖山季风常绿阔叶林现存C贮量为89.75t@hm -2 ,其中, 干、枝、叶、根分别占总量的53.09%、25.36%、2.64%和18.31%; (2)数量上小径级个体占有绝对优势,1hm 2样地内 DBH ＜20cm的个体占总数的95%,个体数量随径级的增加而迅速减少,而C贮量的径级分布则大致呈"M"形; (3)根据树木高度分为4个层次,即Ⅰ层( h ≥20m),Ⅱ层(10＜ h ≤20m),Ⅲ层(5< h ≤10m)和Ⅳ层( h ＜5m), 各亚层之间C贮量与该层次的高度呈正相关,占总C贮量的比例依次为53.97%、31.37%、 11.26%和3.40%.在垂直方向上,干、枝、根C贮量变化与总C贮量的变化趋势大体一致 ,叶的C贮量则以Ⅱ层最大; (4)优势种群对季风常绿阔叶林C贮量贡献排序为 锥栗 C astanopsis chinensis＞荷木Schima superba＞黄果厚壳桂Cryptocarya concinna＞厚壳桂 Cryptocarya chinensis＞肖蒲桃Acmena acuminatissima＞黄杞Engelhardtia roxburghi ana＞白颜树Gironniera subaequalis＞臀形果Pygeum topengii＞橄榄Canarium album＞窄叶半枫荷Pterospermum lanceaefolium＞华润楠Machilus chinensis＞鸭脚木Scheffler a octophylla＞韶子Nephelium chryseum.成熟度较高的种群 C贮量较高,起主导作用.     

若干植物分类学术语介绍及中译名商榷

为便于国内外植物分类学同行的交流,本文介绍了48个国内尚未收入的植物分类学术语,提出了建议的中译名,并对10个已有术语的定义和中译名等问题进行了讨论。     

鲈鱼生长激素的分离及其生物活性鉴定

运用葡聚糖凝胶Ｇ－１００过滤和反相高儿液相色谱纯化两步法,首镒从鲈鱼脑垂体中分离出鲈鱼生长激素,通过ＳＤＳ－聚丙烯凝胶电泳测得鲈鱼非还原性的和还原性的生长激素分子量分别为１９．２和２０．７ｋＤ;等电聚焦证实鲈鱼生长激素等电点为７．１５。Ｗｅｓｔｅｒｎ免疫印迹反应证实,鲈鱼生长激素具有与大麻哈鱼生长激素抗体发生特异性免疫交叉反应的特性,而与大麻哈鱼催乳素和生长催乳素抗体无免疫交叉反应。     

新疆博格达山上二叠统非海相网状遗迹化石

新疆博格达山上二叠统乌拉泊组和井井子沟组为一套厚逾１０００－２４００ｍ的湖泊－河流相沉积。在凝灰质砂岩、泥岩和沉凝灰岩中产生丰富的网状类遗化石,主要类别包括Ｔａｈｌａｓｓｉｎｏｉｄｅｓ？ｔｅｉｃｈｆｏｒｉｍｉｓ ｉｃｈｎｏｓｐ．ｎｏｖ．,Ｔ．？ｃｆ．ｔｅｉｃｈｆｏｒｍｉｓ ｉｃｈｎｏｓｐ．ｎｏｖ．,Ｐａｒａｄｉｄｙｍａｕｌｉｃｈｎｕｓ ｒｅｔｉｃｕ－ｌａｒｉｓ ｉｃｈｎｏｓｐ．ｎｏｖ．和节肢动物拖     

Remopleurides nasutus Lu的新认识

ＲｅｍｏｐｌｅｕｒｉｄｅｓｎａｓｕｔｕｓＬｕ的新认识袁文伟周志毅（中国科学院南京地质古生物研究所南京２１０００８）关键词三叶虫新属Ｈｅｘａｃｏｐｙｇｅ奥陶纪卢衍豪１９５７年建立了桨肋虫类三叶虫的一个新种,ＲｅｍｏｐｌｅｕｒｉｄｅｓｎａｓｕｔｕｓＬｕ...     

不同地区小菜蛾种群羧酸酯酶的毒理学性质研究

在1995～1997年对湖北武汉、河北张家口地区小菜蛾Plutella xylostella(L.)种群的抗药性进行了研究。结果表明对阿维菌素的抗性和台湾敏感种群相比,武汉种群抗性为4.3倍,张家口种群抗性为1.8倍;对马拉硫磷的抗性武汉和张家口种群分别为2.2和2.9倍;对氟铃脲的抗性分别为3.2和0.5倍;对溴氰菊酯的抗性分别为2.4和1.7倍。对羧酸酯酶(Care)的研究结果表明,三个种群幼虫CarE对a-乙酸萘酯或β-乙酸萘酯(a或β-NA)水解活性差异显著,但成虫Care活性没有明显差异。武汉和张家口种群幼虫CarE对a-NA和β-NA的亲和力没有明显差异,但是武汉种群幼虫Care对底物的亲和力高于张家口种群。敏感品系Care对a—NA的亲和力明显高于对β-NA,相差约3倍。不同类型的抑制剂对小菜蛾幼虫CarE的抑制能力不同。增效磷和对氧磷对敏感品系CarE水解a-NA具有明显的抑制作用,分别比对武汉种群Care的抑制作用大4.577倍(SVl)和2.576倍(对氧磷)。     

富勒烯的生物活性研究进展

90年代初以来,富勒烯类化合物的生物活性逐渐引起人们的注意,初步研究表明在抗艾滋病毒、酶活性抑制、切割DNA、光动力学治疗等方面具有独特的功效.此类化合物在生化、医学、药物学等领域有良好的应用前景.