龙眼顶芽转录组简单重复序列(SSR)标记信息分析及分子标记开发

随着新一代测序技术的发展,大量的转录组数据和表达序列标签(EST)成为开发简单重复序列(SSR)标记的可利用资源。本研究利用MISA软件筛选龙眼(Dimocarpus longan)顶芽转录组数据库序列,从114 445条龙眼转录组unigene序列中发现11 546个SSR位点,SSR出现频率为10.09%。其中1 975条unigene含有两个或两个以上EST-SSR位点,占所有SSR位点的比例为17.10%,SSR出现的平均距离为7.52 kb。从龙眼转录组SSR核苷酸基序类型来看,二核苷酸(52.11%)和三核苷酸(46.15%)出现频率最高,占所有核苷酸出现频率的99.26%。在龙眼转录组SSR中二核苷酸重复基元出现频率最高的是AG/CT(4 250个,占36.81%),三核苷酸重复基元出现频率最高的是AAG/CTT(1 109个,占9.61%)。对含SSR位点的9 571条unigene序列进行引物设计,共设计出了8 347对SSR位点特异引物。随机挑选合成50对EST-SSR引物,以‘石硖’、‘储良’、‘古山2号’、‘立冬本’等四份龙眼材料的基因组DNA为模板对这批引物进行PCR扩增、筛选,结果表明,其中21对引物能产生理想的PCR产物,有效扩增率为42%;16对引物扩增条带具有多态性,占有效引物的76.2%;16对多态性引物共扩增获得50个条带,其中多态性片段21个,每对引物平均产生1.31个多态性片段。     

重组猪肺表面活性蛋白A在体外可抑制PRRSV感染宿主细胞

【目的】研究重组猪肺表面活性蛋白A(SP-A)在体外对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)感染的抑制作用。【方法】采用PCR方法从含有猪SP-A基因的质粒中扩增SP-A基因,并将其插入到含有人CD5信号肽序列的真核表达载体pcDNA3.1A-CD5中,构建成SP-A基因的真核分泌型表达载体pcDNA-CD5-SPA/MH。将重组表达载体通过磷酸钙介导转染HEK293T细胞进行瞬时表达,通过Western blot方法鉴定表达产物,采用Ni-NTA琼脂糖凝胶亲和层析法从培养基中分离和纯化重组SP-A蛋白,通过ELISA方法检测SP-A蛋白与PRRSV的结合活性。将SP-A蛋白与PRRSV孵育,然后感染MARC-145细胞和猪肺泡巨噬细胞,感染72 h后测定病毒滴度,分析重组SP-A蛋白对PRRSV感染的抑制作用。【结果】结果表明构建的真核表达载体能够介导SP-A基因在HEK293T细胞中进行分泌表达;表达的重组猪SP-A蛋白能够与PRRSV进行剂量依赖性结合;用重组猪SP-A蛋白与PRRSV进行孵育,然后感染MARC-145细胞和猪肺泡巨噬细胞,结果显示SP-A处理的PRRSV感染细胞后的病变程度明显低于对照组。感染72 h后,SP-A处理组的PRRSV在MARC-145细胞和猪肺泡巨噬细胞的滴度明显低于SP-A非处理组。【结论】重组猪SP-A在体外对PRRSV的感染有明显的抑制作用,揭示SP-A具有抗PRRSV的活性。     

CD44v6编码蛋白与Thrombodulin／TM在腹水胃癌细胞的鉴别诊断

观察转移相关黏附分子拼接变异体CD44v6在腹水胃癌细胞中的表达率,评价CD44v6是否作为腹水胃癌细胞特异性标志物,探讨胃癌细胞的转移机理.用TM区分腹水中胃癌细胞与间皮细胞.并与Melano-cyte/MC进行了敏感性、特异性对比.从腹水液基薄层细胞涂片中筛查出53例胃癌细胞,28例间皮细胞进行常规细胞石蜡包埋切片,采用鼠抗人CD44v6,TM,MC特异性抗体,对53例胃癌细胞.28例间皮细胞进行了免疫组化检测,应用χ2检验.CD44v6在腹水胃癌细胞中的检出丰为96.2%(51/53),间皮细胞中的检出率为7.14%(2/28);TM,MC在间皮细胞中的检出率分别为96.4%(27/28),92.9%(26/28),胃癌细胞中的检出率为7.55%(4/53)22.6%(12/53);TM,MC对间皮细胞敏感性分别为96.4%(27/28)、92.9%(26/28);TM,MC对间皮细胞特异性为92.5%(49/53)、77.4%(41/53).薄层细胞涂片、石蜡包埋技术能够有效地开展细胞免疫化学检测,并且具有广阔发展前景.CD44v6在胃癌细胞中的检出率明显高于间皮细胞,提示参与了胃癌细胞的浸润转移,可作为胃癌细胞的标志物.TM对间皮细胞检测的敏感性、特异性要高于MC.CD44v6协同TM对于胃癌细胞和间皮细胞的鉴别诊断有重要的意义.     

犬β防御素-1真核表达载体的构建及其在HEK293T细胞中的表达

哺乳动物的β-防御素是一类具有广谱抗微生物活性的阳离子小肽.为了克隆和分析犬β防御素-1基因,并建立一套在HEK293T细胞中高效表达犬β防御素-1的方法,本研究采用RT-PCR方法从犬睾丸组织中扩增出犬β防御素-1(cBD-1)的cDNA基因,并将其克隆到pcDNA3.1A载体中,构建了犬β防御素-1基因的真核表达载体pcDNA3.1A-cBD-1,经磷酸钙介导转染HEK293T细胞进行表达.结果表明:克隆的犬β防御素-1基因序列与已发表序列(GenBank 编号:NM-001024641)的同源性为99.7%.表达犬β防御素-1经Western-blot检测,证明构建的犬β防御素-1基因表达载体能够在真核细胞中表达,表达产物能够分泌到细胞外.为进一步研究犬β防御素的功能奠定了基础.     

核酸适配体在胰腺癌中的应用研究进展

胰腺癌(pancreatic adenocarcinoma,PAC)是死亡率最高的癌症之一,实现PAC的早期诊断和早期治疗具有重大意义。核酸适配体(aptamer,Apt)是通过指数富集的配体系统进化技术(systematic evolution of ligands by exponential enrichment,SELEX)筛选得到的具有高亲和性、高特异性识别靶标分子的单链DNA或RNA,被称为化学抗体,其不仅具有类似抗体的特点,同时还有易修饰、生产成本低、无免疫源性、识别范围广等优点,因此在肿瘤诊断和治疗中具有很好的应用前景。目前,已筛选得到的多个识别PAC的核酸适配体被广泛应用在PAC的诊断和靶向治疗中。文中主要综述了与PAC相关的核酸适配体,对这一领域最新的研究进展进行了总结,并对目前存在的问题和挑战进行了深入的讨论。     

基于Cell-SELEX技术鉴别肿瘤标志物的研究进展

新的肿瘤标志物的鉴别对推进研究肿瘤发生发展机制以及早期诊断具有极其重要的意义。而基于Cell-SELEX(细胞指数富集配体系统进化)方法得到的核酸适体具有特异性区分肿瘤细胞、非肿瘤细胞以及肿瘤干细胞、不同分化程度的肿瘤细胞的特性。本篇概述了近年来基于Cell-SELEX技术筛选得到的核酸适体进行肿瘤标志物鉴别的系统方法,探讨了Cell-SELEX技术用于鉴别潜在肿瘤标志物的可行性,回顾了近年来基于该方法鉴别肿瘤标志物的发展进程,并总结了目前此方法面临的困难与挑战及可能的改善方法。     

新型抑菌蛋白APn5抑制胡萝卜软腐欧文氏菌

[目的]魔芋软腐病是一种由胡萝卜软腐欧文氏菌引起的病害,严重影响了魔芋产业的发展.枯草芽胞杆菌BSn5所产生的蛋白APn5对胡萝卜欧文氏菌具有良好的抑菌效果,本文将对该蛋白进行鉴定和性质分析.[方法]用饱和度为30%的硫酸铵沉淀和超滤离心的方法从枯草芽胞杆菌BSn5的发酵上清液中分离纯化APn5蛋白.以滤纸片法检测APn5蛋白的抑菌谱.用不同的温度、pH条件和蛋白酶处理APn5蛋白,并检测其抑菌活性变化.测定菌株BSn5的生长周期,同步检测其发酵上清液的抑菌活性.利用基质协助激光解吸附离子化-飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)和电喷雾四极杆飞行时间串联质谱(Q-TOF)分析APn5蛋白.[结果]APn5蛋白对于魔芋软腐病菌具有较好的抑菌活性,抑菌谱较窄,主要对细菌性植物病原菌具有较强的抑制作用;对高温敏感,对蛋白酶E敏感,对蛋白酶K和胰蛋白酶部分敏感;在酸性环境下其抑菌活性稳定,碱性环境下活性不稳定.在菌株BSn5的生长周期中,该蛋白的抑菌活性不能稳定存在,其发酵上清液在对数生长期抑菌活性逐渐升高,进入稳定期后抑菌活性开始下降,直至完全消失.质谱分析未发现其与已知蛋白具有高度相关性.[结论]APn5蛋白具有不同于已报道的枯草芽胞杆菌所产生的抑菌物质的性质,推测为一种新型的抑菌蛋白.     

干扰素在重度淋巴水肿综合治疗中的临床评价

目的:探讨干扰素在重度淋巴水肿综合治疗中的临床疗效。方法:将58例重度淋巴水肿患者分为两组:对照组及加用干扰素治疗组。治疗时间为2个月。结果:对照组及干扰素治疗组的缓解率为100%。对照组显效率及有效率为别为42.9%及57.1%,干扰素治疗组显效率及有效率分别为63.3%和36.7%,统计学分析,两组之间有显著性差异(P<0.05)。结论:加用干扰素的综合治疗可提高重度淋巴水肿的缓解率。